PDB-3v2l: Structure of Anopheles gambiae odorant binding protein 20 bound t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3v2l

タイトル

Structure of Anopheles gambiae odorant binding protein 20 bound to polyethylene glycol

要素

AGAP005208-PA

キーワード

ODORANT-BINDING PROTEIN / odorant binding olfaction / General odorant Binding Protein / Transport / secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

odorant binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Ziemba, B.P. / Jones, D.N.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2013
タイトル: A novel mechanism of ligand binding and release in the odorant binding protein 20 from the malaria mosquito Anopheles gambiae.
著者: Ziemba, B.P. / Murphy, E.J. / Edlin, H.T. / Jones, D.N.

履歴

登録	2011年12月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月7日	Group: Database references
改定 1.2	2012年12月26日	Group: Database references
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3v2l.cif.gz	64.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3v2l.ent.gz	47.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3v2l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3v2l_validation.pdf.gz	425.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3v2l_full_validation.pdf.gz	425.5 KB	表示
XML形式データ	3v2l_validation.xml.gz	9 KB	表示
CIF形式データ	3v2l_validation.cif.gz	11.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/3v2l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/3v2l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vb1C 4f7fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1opc-d 3m9k-2 5j7d-8 6q6v-1 3ush-1 4x43-1 4oo4-2 6vgb-d 2vlv-1 6q6u-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AGAP005208-PA

ヘテロ分子

13.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.577, 38.229, 89.912
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	AGAP005208-PA 分子量: 13450.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Antenna 由来: (組換発現) Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ) 遺伝子: AgaP_AGAP005208, OBP20 / プラスミド: pET13a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7Q9J3
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.32 %
結晶化	温度: 276 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 29% PEG 3350, 0.1M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 276K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月29日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→38.23 Å / Num. all: 16173 / Num. obs: 11263 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.13 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 7.7 / Scaling rejects: 505

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.6-1.66	4.17	0.429	2.5	6679	1598	0.96	100
1.66-1.72	4.15	0.367	2.9	6689	1607	0.99	100
1.72-1.8	4.17	0.313	3.2	6690	1601	0.97	100
1.8-1.9	4.18	0.265	3.8	6779	1620	1.01	100
1.9-2.02	4.07	0.223	4.9	6635	1619	1.11	99.9
2.02-2.17	4.03	0.152	7	6565	1607	1.02	99.4
2.17-2.39	4.15	0.145	7.4	6769	1616	0.91	98.8
2.39-2.74	4.18	0.1	11.9	6841	1621	0.94	98.4
2.74-3.45	4.22	0.085	14.9	6914	1625	0.88	97.2
3.45-38.23	4	0.077	18.2	6772	1659	1.06	94.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.9.7LDz	データスケーリング
d*TREK	9.9.7LDz	データ削減
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
Blu-Ice		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.507 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2423	1123	10 %	RANDOM
R_work	0.1942	-	-	-
obs	0.1991	11263	97.11 %	-
all	-	16173	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 71.58 Å² / B_iso mean: 35.2965 Å² / B_iso min: 20.38 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.64 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	916	0	13	100	1029

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	974
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.218	2.002	1309
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.717	5	127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.033	26.111	36
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.287	15	195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.59	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	697
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.612	1.5	622
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.064	2	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.902	3	352
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.174	4.5	303

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.313	90	-
R_work	0.222	741	-
all	-	831	-
obs	-	-	99.28 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3503	-0.8291	-0.6449	3.5404	-0.3236	3.8298	-0.0405	0.1271	0.0098	-0.1709	-0.0423	-0.1194	0.0276	-0.3575	0.0828	0.1951	-0.0524	-0.0274	0.2854	-0.0536	0.1287	-6.4346	3.3984	-21.1669
2	5.1965	-2.1222	-0.5398	5.884	1.9031	4.3289	-0.0536	0.379	-0.0639	0.0289	-0.0747	0.0405	-0.0887	-0.0932	0.1283	0.054	0.0154	-0.0287	0.0763	-0.0269	0.0212	-10.596	6.0037	-10.8481
3	8.5785	0.9033	-3.001	0.7355	2.4945	18.0982	-0.1457	0.6269	-0.3727	-0.1555	-0.1268	0.0307	0.2752	0.3783	0.2725	0.3013	0.1861	-0.024	0.3415	-0.0394	0.2837	0.1712	-3.1741	-7.3621
4	4.1539	2.2948	-1.606	4.2634	-2.5866	5.3186	0.0232	0.4786	-0.2923	-0.2365	0.0726	0.1813	0.2302	0.1433	-0.0959	0.09	0.0429	-0.0208	0.1005	-0.0533	0.0973	9.3704	3.1258	-12.0121
5	4.6158	1.0966	-0.8254	1.197	0.0406	1.1737	0.0042	0.1619	-0.0079	-0.0064	-0.0215	-0.0101	0.0359	-0.0265	0.0173	0.0563	0.0176	-0.0106	0.0161	-0.0088	0.0279	0.3494	8.7996	-6.1455

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	32 - 50
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	51 - 60
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	61 - 76
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	77 - 120

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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