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万見
- PDB-3v20: Crystal structure of Type IIF restriction endonuclease Bse634I wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v20
タイトルCrystal structure of Type IIF restriction endonuclease Bse634I with cognate DNA
要素
  • DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*CP*G)-3')
  • Endonuclease Bse634IR
キーワードDNA BINDING PROTEIN / HYDROLASE/DNA / RESTRICTION ENDONUCLEASE / protein-DNA complex / HYDROLASE / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Restriction Endonuclease - #10 / Restriction endonuclease, type II, Cfr10I/Bse634I / Cfr10I/Bse634I restriction endonuclease / Restriction Endonuclease / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7PE / DNA / DNA (> 10) / Endonuclease Bse634IR
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Manakova, E.N. / Grazulis, S. / Golovenko, D. / Tamulaitiene, G.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Structural mechanisms of the degenerate sequence recognition by Bse634I restriction endonuclease.
著者: Manakova, E. / Grazulis, S. / Zaremba, M. / Tamulaitiene, G. / Golovenko, D. / Siksnys, V.
履歴
登録2011年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月14日Group: Database references
改定 1.22020年3月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen ...diffrn_source / entity_src_gen / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_biol / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endonuclease Bse634IR
B: Endonuclease Bse634IR
C: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,8898
ポリマ－75,4634
非ポリマー4264
水1,910106
1
A: Endonuclease Bse634IR
C: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子

A: Endonuclease Bse634IR
C: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,23410
ポリマ－75,4634
非ポリマー7726
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area11250 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area27410 Å2
手法PISA
2
B: Endonuclease Bse634IR
D: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子

B: Endonuclease Bse634IR
D: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5436
ポリマ－75,4634
非ポリマー802
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area10220 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area27280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.937, 87.387, 125.127
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Endonuclease Bse634IR


分子量: 33762.758 Da / 分子数: 2 / 変異: R226A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
株: 1422 / 遺伝子: bse634IR / プラスミド: pUC18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2267
参照: UniProt: Q8RT53, type II site-specific deoxyribonuclease
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*CP*G)-3')


分子量: 3968.573 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 110分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-7PE / 2-(2-(2-(2-(2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL FRAGMENT / 3,6,9,12,15,18-ヘキサオキサイコサン-1-オ-ル


分子量: 310.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE RESIDUES AT POSITION 110, 111, AND 130 ARE CORRECTLY IDENTIFIED AND THE ...AUTHORS STATE THAT THE RESIDUES AT POSITION 110, 111, AND 130 ARE CORRECTLY IDENTIFIED AND THE BIOCHEMICAL DATA SHOWS THAT THE PROTEIN IS ACTIVE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.7 %
結晶化温度: 293 K / pH: 5.5
詳細: 100mM Na-acetate pH 4.25-5.5, 10mM CaCl2 or CaAc2, 4-8% (w/v) of PEG8000, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8148
検出器タイプ: MAR555 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月25日
放射モノクロメーター: SI (111), HORIZONTALLY FOCUSSING / プロトコル: SINGLE WAVELENGT / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8148 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.336→55.556 Å / Num. obs: 30943 / % possible obs: 90.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 2.34→2.46 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.332 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.332 / % possible all: 64.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.5データスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MOLREP位相決定
精密化開始モデル: 1KNV

1knv


解像度: 2.35→55.556 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 19.258 / SU ML: 0.209 / SU R Cruickshank DPI: 0.576 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.561 / ESU R Free: 0.324 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29343 3156 10.2 %RANDOM
Rwork0.2403 ---
obs0.2457 27769 91.58 %-
all-34081 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.628 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.09 Å20 Å20 Å2
2--3.28 Å20 Å2
3----1.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→55.556 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4687 526 24 106 5343
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225439
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1862.0887460
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3045586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.42324.956226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.15715921
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6811524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2844
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213846
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4131.52919
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.78624760
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.13432520
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8164.52700
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.346→2.407 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.445 164 -
Rwork0.376 1370 -
obs--61.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7469-1.3151-2.15042.49072.00416.9688-0.0746-0.42070.10130.5120.2041-0.2367-0.31020.7046-0.12950.2124-0.026-0.08240.3530.00050.105816.68757.844582.2172
21.1863-0.0609-0.38020.36280.55933.3722-0.0644-0.11810.04650.18330.0057-0.0976-0.07860.61490.05870.1783-0.0214-0.06350.33680.00650.153118.53585.093870.9686
32.44840.36441.74842.2793-0.3042.3644-0.14560.11760.33490.15510.0880.0289-0.6399-0.08540.05760.28920.01870.05450.22440.06120.14334.632915.655747.4935
41.17760.0809-0.26120.5154-0.01022.4236-0.01680.1622-0.0080.0675-0.0387-0.0821-0.08480.42210.05550.04880.0003-0.01350.24450.00010.145715.71622.230354.0958
59.6299-5.2249-2.63822.8421.470911.16120.32780.1780.3005-0.2177-0.0966-0.1858-1.54060.1535-0.23120.5995-0.03020.06130.18420.00470.10966.858916.9721-18.9037
61.1039-0.0012-1.13140.94930.96557.26380.01170.26720.1662-0.7049-0.2520.0803-1.3354-1.14070.24030.63230.3084-0.14390.5389-0.04680.1168-4.73216.9726-17.373
70.31060.38520.22511.1224-0.20212.7841-0.0336-0.08290.0924-0.1606-0.15020.024-0.51840.23590.18380.22460.0793-0.03840.398-0.03190.12784.765816.74319.7887
80.64810.05620.10951.02510.07992.1412-0.0706-0.17690.1506-0.1782-0.12560.1657-0.4205-0.2470.19620.18010.1665-0.05660.3465-0.05520.1401-3.555214.876710.9919
91.99721.523-0.57732.8477-4.800411.45790.1479-0.48710.14870.7659-0.14730.1187-1.6795-0.4749-0.00060.51050.0319-0.01870.1569-0.07280.4048-0.428717.84568.9526
102.7823-0.29270.52062.0387-0.01160.1008-0.1011-0.47570.0985-0.01810.0831-0.18650.0013-0.09070.0180.18780.0078-0.00160.1642-0.0080.14174.17350.921470.9732
1117.07051.2909-0.75440.6707-2.74312.6394-0.27010.3978-1.042-0.15310.1352-0.09220.6787-0.52630.13490.1897-0.02970.06090.0964-0.03540.1969-6.4268-14.174274.1811
122.11951.61212.20897.15673.82293.0767-0.67290.21740.129-0.73880.8385-0.7298-0.77450.4725-0.16560.2557-0.07590.06620.4739-0.06680.271714.68747.0315-2.8897
131.3713-3.2668-1.53718.26923.18042.24550.24050.2031-0.1111-0.8079-0.57560.0935-0.1385-0.2190.33510.27520.1298-0.03150.3531-0.02120.136-2.50273.3712-7.0423
145.3789-2.2926-0.69597.3795-1.182417.6504-0.2739-0.2848-0.28560.08220.49940.66620.8904-1.1306-0.22550.23540.0095-0.00640.32330.01990.1325-10.2921-11.2707-8.5278
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 50
2X-RAY DIFFRACTION2A51 - 107
3X-RAY DIFFRACTION3A108 - 145
4X-RAY DIFFRACTION4A146 - 292
5X-RAY DIFFRACTION5B5 - 35
6X-RAY DIFFRACTION6B36 - 67
7X-RAY DIFFRACTION7B68 - 154
8X-RAY DIFFRACTION8B155 - 292
9X-RAY DIFFRACTION9C1 - 4
10X-RAY DIFFRACTION10C5 - 9
11X-RAY DIFFRACTION11C10 - 13
12X-RAY DIFFRACTION12D1 - 5
13X-RAY DIFFRACTION13D6 - 9
14X-RAY DIFFRACTION14D10 - 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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