PDB-3v1t: Crystal structure of a putative ketoacyl reductase (FabG4) from M...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3v1t

タイトル

Crystal structure of a putative ketoacyl reductase (FabG4) from Mycobacterium tuberculosis H37Rv at 1.9 Angstrom resolution

要素

3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / Ketoreductase / High Molecular Weight FabG (HMwFabG)

機能・相同性

機能・相同性情報

long-chain fatty-acyl-CoA metabolic process / short-chain fatty acid metabolic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / peptidoglycan-based cell wall / response to antibiotic / nucleotide binding / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Dutta, D. / Bhattacharyya, S. / Das, A.K.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative ketoacyl reductase (FabG4) from Mycobacterium tuberculosis H37Rv at 1.9 Angstrom resolution
著者: Dutta, D. / Bhattacharyya, S. / Das, A.K.

履歴

登録	2011年12月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3v1t.cif.gz	311.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3v1t.ent.gz	249.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3v1t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/3v1t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/3v1t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3q6iS 3lls 3m1l 3v1u 4fw8 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4fw8-2 3lls-d 3q6i-2 3u0b-1 3v1u-1 5vp5-1 3mg3-d 5aqj-2 4jyb-d 4nl8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (4) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

C: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase

D: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase

95.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.388, 57.594, 71.488
Angle α, β, γ (deg.)	99.240, 102.980, 117.040
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase / PROBABLE 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER PROTEIN] REDUCTASE FABG4 (3-KETOACYL-ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE) 分子量: 47851.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: fabG-1, fabG4, MT0256, Rv0242c / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 参照: UniProt: O53665, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 664 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase / PROBABLE 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER PROTEIN] REDUCTASE FABG4 (3-KETOACYL-ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE)

分子量: 47851.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: fabG-1, fabG4, MT0256, Rv0242c / プラスミド: pQE30 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15
参照: UniProt: O53665, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 664 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.78 % / Mosaicity: 0 °
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 45%(v/v) polypropylene glycol, 0.1M MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 103 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年12月2日

放射

モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.876→66.392 Å / Num. all: 56389 / Num. obs: 56389 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 1.9 % / R_sym value: 0.057 / Net I/σ(I): 8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) all	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.88-1.98	1.8	0.527	0.372	2.1	12261	6666	0.372	0.527	0.372	1.7	73.3
1.98-2.1	1.9	0.34	0.24	3.2	14723	7788	0.24	0.34	0.24	2.7	91.2
2.1-2.24	1.9	0.226	0.16	4.9	14067	7419	0.16	0.226	0.16	3.9	92.1
2.24-2.42	1.9	0.165	0.116	6.6	13270	6981	0.116	0.165	0.116	5.1	93.2
2.42-2.65	1.9	0.119	0.084	9.2	12338	6467	0.084	0.119	0.084	6.6	94.1
2.65-2.97	1.9	0.084	0.06	12.3	11298	5921	0.06	0.084	0.06	9.2	95
2.97-3.43	1.9	0.056	0.04	17.6	10063	5279	0.04	0.056	0.04	13.3	95.7
3.43-4.2	1.9	0.046	0.032	19.5	8564	4488	0.032	0.046	0.032	17.8	96.7
4.2-5.93	1.9	0.048	0.034	17.6	6662	3489	0.034	0.048	0.034	19.3	97.5
5.93-19.627	1.9	0.047	0.033	12.8	3602	1891	0.033	0.047	0.033	20.3	95.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.9	データスケーリング
REFMAC	5.5.0095	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
StructureStudio		データ収集
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3Q6I

3q6i

解像度: 1.88→66.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 8.623 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2525	2284	4.1 %	RANDOM
R_work	0.1805	-	-	-
obs	0.1834	56360	90.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 117.49 Å² / B_iso mean: 26.298 Å² / B_iso min: 4.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.27 Å²	1.79 Å²	1.54 Å²
2-	-	0.25 Å²	1.35 Å²
3-	-	-	0.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→66.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5826	0	0	664	6490

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	5905
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.833	1.972	8034
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.486	5	809
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.344	23.881	219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.917	15	885
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.224	15	43
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.123	0.2	957
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	4463
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.082	1.5	4005
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.653	2	6329
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.884	3	1900
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.33	4.5	1705

LS精密化シェル

解像度: 1.876→1.925 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.28	101	-
R_work	0.252	2581	-
all	-	2682	-
obs	-	-	58.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8521	-0.1065	-0.3758	0.5984	-0.1698	0.8406	-0.0078	0.1927	-0.0267	-0.1322	-0.0115	0.0425	0.0749	-0.0933	0.0193	0.0697	-0.0207	-0.023	0.0637	-0.0211	0.0468	0.9154	-0.3501	-16.1898
2	0.8169	-0.1881	-0.3558	0.6678	-0.1796	1.0333	-0.0022	-0.1973	-0.0373	0.1823	0.0264	0.0221	-0.0266	0.0923	-0.0243	0.0962	-0.0249	-0.0083	0.0817	-0.0165	0.0446	-0.7757	0.2208	16.2639

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	C	29 - 454
2	X-RAY DIFFRACTION	2	D	29 - 454

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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