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- PDB-3v0r: Crystal structure of Alternaria alternata allergen Alt a 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v0r
タイトルCrystal structure of Alternaria alternata allergen Alt a 1
要素Major allergen Alt a 1
キーワードUNKNOWN FUNCTION / beta-barrel / cell wall
機能・相同性
機能・相同性情報


ascospore wall / extracellular region
類似検索 - 分子機能
AOC barrel-like - #20 / Alternaria alternata allergen 1 / Alternaria alternata allergen 1 / Alt a 1 (AA1)-like domain profile. / AOC barrel-like / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,5,6-triaminopyrimidin-4-ol / 8-aminooctanoic acid / Major allergen Alt a 1
類似検索 - 構成要素
生物種Alternaria alternata (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Chruszcz, M. / Solberg, R. / Osinski, T. / Chapman, M.D. / Minor, W.
引用ジャーナル: J.Allergy Clin.Immunol. / 年: 2012
タイトル: Alternaria alternata allergen Alt a 1: a unique beta-barrel protein dimer found exclusively in fungi.
著者: Chruszcz, M. / Chapman, M.D. / Osinski, T. / Solberg, R. / Demas, M. / Porebski, P.J. / Majorek, K.A. / Pomes, A. / Minor, W.
履歴
登録2011年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major allergen Alt a 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,57213
ポリマ－14,6051
非ポリマー96712
水2,828157
1
A: Major allergen Alt a 1
ヘテロ分子

A: Major allergen Alt a 1
ヘテロ分子

A: Major allergen Alt a 1
ヘテロ分子

A: Major allergen Alt a 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,28852
ポリマ－58,4214
非ポリマー3,86748
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_545y+1/2,x-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation10_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation16_555-y+1/2,-x+1/2,-z+1/21
Buried area9660 Å2
ΔGint-182 kcal/mol
Surface area25380 Å2
手法PISA
2
A: Major allergen Alt a 1
ヘテロ分子

A: Major allergen Alt a 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,14426
ポリマ－29,2102
非ポリマー1,93424
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,-y+1/2,-z+1/41
Buried area3950 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area13570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.016, 70.016, 179.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-208-

UNX

21A-209-

0FU

31A-209-

0FU

41A-210-

0FU

51A-452-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Major allergen Alt a 1


分子量: 14605.165 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-157 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Alternaria alternata (菌類) / 遺伝子: ALTA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P79085

-
非ポリマー , 5種, 169分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-0FU / 2,5,6-triaminopyrimidin-4-ol / 4-hydroxy-2,5,6-triaminopyrimidine / 2,5,6-トリアミノピリミジン-4(3H)-オン


分子量: 141.131 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7N5O
#5: 化合物 ChemComp-8AC / 8-aminooctanoic acid / 8-aminocaprylic acid / 8-アミノオクタン酸


分子量: 159.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.29 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50% saturated ammonium sulfate, 12.5% of additive mixture (saturated solution of 4-hydroxy-2,5,5-triaminopyrimidine, alpha-lipoic acid, caffeine, 8-aminocaprylic acid, threonine, carnitine ...詳細: 50% saturated ammonium sulfate, 12.5% of additive mixture (saturated solution of 4-hydroxy-2,5,5-triaminopyrimidine, alpha-lipoic acid, caffeine, 8-aminocaprylic acid, threonine, carnitine and quinine HCl), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-BM10.979
シンクロトロンAPS 21-ID-G20.9786
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 210r1CCD2011年7月6日
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2011年10月20日
放射モノクロメーター: diamond laue monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.97861
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 18157 / Num. obs: 18157 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 59.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.777 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 878 / Rsym value: 0.777 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
MD2データ収集
HKL-3000SHELXC/D/E位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
PARROT位相決定
RESOLVEモデル構築
ARP/wARPモデル構築
CCP4モデル構築
REFMAC5.6.0117精密化
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→32.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 4.475 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1896 923 5.1 %RANDOM
Rwork0.16707 ---
all0.16815 17140 --
obs0.16815 17140 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å20 Å20 Å2
2--0.41 Å20 Å2
3----0.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数993 0 65 157 1215
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.021100
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0270.02701
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9191.9921501
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.973.0121703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3535135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.49824.68147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.59715157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.606153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2157
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211232
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02225
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 68 -
Rwork0.246 1109 -
obs--99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.6932-10.82350.541835.3296-5.1511.20330.0390.09-0.5159-0.4180.14531.43170.0986-0.0853-0.18430.1994-0.0148-0.03860.1170.01920.205617.22912.99319.066
21.34661.04641.3072.6723.14735.71770.0813-0.1462-0.04890.2411-0.0214-0.07620.2143-0.1046-0.060.1680.0176-0.00450.03440.020.104428.70212.0336.735
30.76990.2703-0.61970.2854-0.00141.7713-0.041-0.07410.02350.080.038-0.0480.00560.04160.00310.18520.0285-0.01160.05210.00040.126932.22715.60732.905
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A28 - 36
2X-RAY DIFFRACTION2A37 - 81
3X-RAY DIFFRACTION3A82 - 156

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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