PDB-3v0b: 3.9 angstrom crystal structure of BoNT/Ai in complex with NTNHA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3v0b

タイトル

3.9 angstrom crystal structure of BoNT/Ai in complex with NTNHA

要素

BoNT/A
NTNH

キーワード

TOXIN / VHH free inlocked complex / Botulinum neurotoxin

機能・相同性

機能・相同性情報

bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.9 Å

データ登録者

Gu, S. / Rumpel, S. / Zhou, J. / Strotmeier, J. / Bigalke, H. / Perry, K. / Shoemaker, C.B. / Rummel, A. / Jin, R.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Botulinum neurotoxin is shielded by NTNHA in an interlocked complex.
著者: Gu, S. / Rumpel, S. / Zhou, J. / Strotmeier, J. / Bigalke, H. / Perry, K. / Shoemaker, C.B. / Rummel, A. / Jin, R.

履歴

登録	2011年12月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月25日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3v0b.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3v0b.ent.gz	856.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3v0b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3v0b_validation.pdf.gz	449.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3v0b_full_validation.pdf.gz	504.1 KB	表示
XML形式データ	3v0b_validation.xml.gz	92.1 KB	表示
CIF形式データ	3v0b_validation.cif.gz	117.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/3v0b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/3v0b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3v0aC 3v0cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zkt-3 4zkt-2 4zkt-1 6qnw-1 6qpf-4 6qpf-1 6qpf-2 6qpf-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: BoNT/A

B: NTNH

ヘテロ分子

288 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	282.232, 282.232, 374.818
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

#1: タンパク質	BoNT/A / Bont/A1 / Botulinum neurotoxin type A / Neurotoxin A / Neurotoxin BoNT 分子量: 149449.828 Da / 分子数: 1 / 断片: Inactive full length BoNT/A1 / 変異: E224Q,R363A,Y366F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: bont/a, boNT/A, bonta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7B8V4, UniProt: P0DPI1*PLUS
#2: タンパク質	NTNH / Type A progenitor toxin nontoxic-nonHA 分子量: 138450.266 Da / 分子数: 1 / 断片: Full length NTNHA1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: ant, ntnh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q45914
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 7.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 83.57 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 5.8 詳細: 1.5M sodium malonate, 100mM MgSO4, 0.5% w/v n-dodecyl-N,N-dimethylamine-N-oxide, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97945
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月26日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.9→50 Å / Num. obs: 73988 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 3.9→4 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.673 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.9→48.47 Å / SU ML: 1.19 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.28	3736	5.05 %
R_work	0.252	-	-
obs	0.253	73988	92.1 %
all	-	74110	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 114.43 Å² / k_sol: 0.31 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.0128 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.0128 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.0257 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.9→48.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19828	0	2	0	19830

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	20254
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.978	27433
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.844	7509
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	3020
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3540

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.9001-3.9494	0.3673	172	0.3396	2570	X-RAY DIFFRACTION	93
3.9494-4.0013	0.3643	132	0.3218	2577	X-RAY DIFFRACTION	93
4.0013-4.0561	0.3793	150	0.3111	2590	X-RAY DIFFRACTION	93
4.0561-4.1141	0.3241	120	0.3094	2610	X-RAY DIFFRACTION	93
4.1141-4.1754	0.318	136	0.3052	2610	X-RAY DIFFRACTION	94
4.1754-4.2406	0.3292	131	0.2966	2621	X-RAY DIFFRACTION	94
4.2406-4.3101	0.3367	144	0.2962	2603	X-RAY DIFFRACTION	93
4.3101-4.3844	0.3267	140	0.2854	2622	X-RAY DIFFRACTION	94
4.3844-4.4641	0.2928	142	0.2757	2618	X-RAY DIFFRACTION	93
4.4641-4.5499	0.3489	141	0.2659	2603	X-RAY DIFFRACTION	94
4.5499-4.6427	0.2851	143	0.2544	2628	X-RAY DIFFRACTION	94
4.6427-4.7435	0.2643	135	0.2493	2615	X-RAY DIFFRACTION	94
4.7435-4.8538	0.264	133	0.2442	2636	X-RAY DIFFRACTION	94
4.8538-4.975	0.3073	137	0.2471	2613	X-RAY DIFFRACTION	93
4.975-5.1094	0.2711	131	0.2502	2621	X-RAY DIFFRACTION	93
5.1094-5.2596	0.3041	139	0.2521	2624	X-RAY DIFFRACTION	93
5.2596-5.4291	0.2626	128	0.2456	2616	X-RAY DIFFRACTION	93
5.4291-5.6229	0.2657	145	0.2474	2608	X-RAY DIFFRACTION	93
5.6229-5.8477	0.2789	138	0.2435	2616	X-RAY DIFFRACTION	93
5.8477-6.1133	0.3043	139	0.2586	2607	X-RAY DIFFRACTION	92
6.1133-6.4349	0.2905	147	0.2566	2591	X-RAY DIFFRACTION	91
6.4349-6.8371	0.2627	118	0.2621	2615	X-RAY DIFFRACTION	92
6.8371-7.3633	0.2941	138	0.242	2578	X-RAY DIFFRACTION	91
7.3633-8.1012	0.2478	148	0.2379	2561	X-RAY DIFFRACTION	89
8.1012-9.2664	0.2192	139	0.213	2562	X-RAY DIFFRACTION	89
9.2664-11.6478	0.2384	143	0.1993	2548	X-RAY DIFFRACTION	87
11.6478-48.4772	0.2731	127	0.2585	2589	X-RAY DIFFRACTION	83

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0265	0.1672	-0.0788	1.0148	-0.8074	0.6277	0.0827	0.1928	0.2663	-0.267	0.3449	0.698	0.0961	-0.4179	0.0011	1.0359	0.1843	-0.3931	1.2597	0.138	1.8396	85.3493	-27.2772	73.8038
2	0.6037	0.3675	0.5058	0.5301	-0.1667	0.96	-0.1523	0.207	0.1367	-0.6389	0.3371	0.1478	0.2592	-0.2019	0.0424	1.1673	0.0149	-0.3866	0.7776	-0.2113	1.0916	111.161	-30.2491	68.3713
3	0.6173	0.0159	-0.1321	0.9837	-0.6125	0.3718	0.1237	-0.0549	-0.0452	0.1294	-0.052	0.3455	-0.0258	-0.0051	0	0.8087	0.0155	0.0149	0.6435	-0.1669	0.6815	116.5254	-49.2586	104.6788
4	0.3771	-0.2307	-0.1377	0.1606	0.0453	0.1194	0.0793	-0.1153	0.0364	-0.0967	-0.145	-0.0833	0.2114	-0.3024	-0	1.2329	-0.1293	0.0274	0.9205	-0.0974	0.8246	135.7991	-37.3949	116.8882
5	0.7735	-0.4842	-0.2581	0.4242	-0.037	1.0385	-0.0276	-0.382	0.1557	-0.0439	0.0743	-0.3547	0.0894	0.373	-0.0009	0.6443	0.1408	-0.1054	0.6908	-0.2468	0.3975	162.0808	-59.0182	95.9867
6	0.1579	0.0181	-0.525	0.1896	0.005	0.9689	-0.059	0.1195	-0.0236	-0.0826	0.05	0.0979	-0.0058	-0.1808	0.0032	0.7739	0.1869	-0.0971	0.5956	-0.1065	0.456	135.7576	-57.1996	85.6247
7	0.4392	-0.0043	-0.2895	0.59	-0.0119	0.3745	0.0214	-0.1092	0.1999	-0.0591	-0.1343	0.3074	-0.0467	0.1476	-0.0557	0.4403	0.3433	0.2866	0.1665	-0.2946	0.627	119.4866	-17.5121	98.5997

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:628)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 629:825)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 826:1194)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 1195:1295)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 1:536)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 537:853)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 854:1194)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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