PDB-3v05: 2.4 Angstrom Crystal Structure of Superantigen-like Protein from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3v05

タイトル

2.4 Angstrom Crystal Structure of Superantigen-like Protein from Staphylococcus aureus.

要素

Superantigen-like Protein

キーワード

TOXIN / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / superantigen-like protein

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Filippova, E.V. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. ...

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 2.4 Angstrom Crystal Structure of Superantigen-like Protein from Staphylococcus aureus.
著者: Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Filippova, E.V. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural ...

履歴

登録	2011年12月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3v05.cif.gz	338.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3v05.ent.gz	279.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3v05.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3v05_validation.pdf.gz	456.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3v05_full_validation.pdf.gz	462.7 KB	表示
XML形式データ	3v05_validation.xml.gz	30 KB	表示
CIF形式データ	3v05_validation.cif.gz	41.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/3v05 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/3v05	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3uryS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3i6g-1 4rgt-d 3kyo-2 3o3d-2 4rfb-2 3o3a-2 5nq3-1 1tvb-1 3o3b-2 6uk2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Superantigen-like Protein

B: Superantigen-like Protein

C: Superantigen-like Protein

D: Superantigen-like Protein

ヘテロ分子

103 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Superantigen-like Protein

B: Superantigen-like Protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Superantigen-like Protein

D: Superantigen-like Protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.640, 106.504, 162.085
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Superantigen-like Protein 分子量: 25661.123 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 31-231 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / 遺伝子: SAOUHSC_00391 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q2G1S5
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.47 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: Protein: 7.4mG/mL, 0.25M Sodium chloride, 0.01M Tris-HCl (pH 8.3); Screen: PACT (D6), 0.1M MMT buffer (pH 9.0), 25% (w/v) PEG 1500., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月2日 / 詳細: Beryllium lenses
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 31397 / Num. obs: 31397 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 58.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 21.8
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.523 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 1519 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3URY

3ury

解像度: 2.4→29.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 12.283 / SU ML: 0.134
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.699 / ESU R Free: 0.3 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25967	1569	5 %	RANDOM
R_work	0.19486	-	-	-
all	0.19809	29519	-	-
obs	0.19809	29519	99.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.916 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.76 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.46 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6357	0	2	222	6581

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	6490
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4755
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.219	1.987	8650
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.708	3	11650
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.363	5	762
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	23.477	25.147	307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	8.522	15	1406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.54	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	914
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	6946
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.674	1.5	3798
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.162	1.5	1566
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.264	2	6144
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.112	3	2692
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.309	4.5	2506

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.254	119	-
R_work	0.192	2129	-
obs	-	2129	99.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6309	-0.5971	0.031	2.6338	-0.5618	2.3906	-0.0329	-0.2093	0.1174	0.1015	0.1135	-0.1289	-0.0125	0.1416	-0.0806	0.0178	0.0008	-0.0072	0.0868	-0.0167	0.0145	22.746	-0.6004	-5.4957
2	20.8382	-5.1756	8.1816	5.2487	-1.844	7.2033	-1.1194	-0.974	0.9973	0.4114	0.6571	0.0004	-1.3104	-0.6874	0.4622	0.5027	0.0328	0.0163	0.1681	-0.1138	0.5032	10.4501	22.7314	-5.8975
3	8.2476	-0.858	-0.2022	3.6058	-0.2898	3.4	-0.2037	0.1685	0.7232	-0.1234	0.1591	0.2077	-0.6149	-0.1023	0.0446	0.2087	0.0145	-0.0242	0.0157	0.0287	0.171	11.5128	14.0805	-11.363
4	2.7054	-0.311	-0.1811	2.647	-0.5909	2.8288	0.0435	-0.009	-0.1095	-0.0335	-0.0238	0.2849	0.0191	-0.0509	-0.0197	0.0037	0.0044	-0.0008	0.0097	0.0071	0.0762	16.0854	-13.7671	-21.3013
5	14.5816	5.6264	-2.8855	5.6643	-0.9728	5.2327	-0.6768	0.7305	-0.0881	-1.5204	0.2491	-0.2771	0.1845	0.4712	0.4277	0.5539	0.0519	0.0358	0.3441	0.0722	0.1534	27.8862	-9.8425	-44.373
6	4.8255	0.4064	-0.2265	3.2115	-0.605	3.2525	-0.0452	0.276	0.2826	-0.4205	-0.0295	-0.0874	-0.1759	0.246	0.0747	0.0907	-0.0134	0.0075	0.0609	0.0334	0.026	27.0281	-5.2066	-34.9018
7	4.8396	0.0448	1.1938	1.8825	-0.1762	2.416	-0.0446	0.2816	0.315	-0.1357	-0.1778	-0.2258	0.0184	0.2577	0.2223	0.0793	0.0468	0.0218	0.0692	0.0297	0.2096	34.5835	-32.0709	-25.4795
8	23.6895	7.2435	2.985	4.058	0.9529	5.6706	-0.9161	1.5978	1.0043	-1.0851	0.2482	0.1954	-0.3801	0.6381	0.6679	0.6893	0.1172	-0.0051	0.7895	0.2816	0.3562	25.9531	-29.2299	-48.5405
9	9.7814	-0.7587	1.4128	4.3352	-0.086	5.0188	0.1212	1.2906	-0.0865	-0.6379	-0.0802	0.0494	0.3128	0.2124	-0.041	0.2917	0.0889	-0.061	0.2448	-0.0326	0.0529	23.3351	-37.2909	-40.5351
10	4.1798	-1.5263	0.0647	3.1124	0.465	2.3399	0.0716	-0.1313	0.1191	-0.1671	-0.0161	0.0902	-0.068	-0.142	-0.0555	0.0843	0.0257	-0.0072	0.1264	0.0055	0.0143	26.4432	-47.9123	-12.317
11	22.0656	-5.5276	-6.8932	7.4185	2.7817	7.8654	-0.2886	0.1398	-0.885	0.064	0.268	0.1335	1.1823	0.477	0.0206	0.4933	0.0681	-0.1063	0.1588	0.0404	0.2742	34.8934	-72.4542	-16.6656
12	6.9715	-1.2752	-0.1733	3.6563	1.0595	4.4752	0.1978	0.1713	-0.5259	-0.3086	-0.0464	-0.1493	0.3517	0.1565	-0.1514	0.2664	0.0509	-0.0142	0.0717	-0.0128	0.06	35.393	-62.7184	-21.18

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	38 - 125
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	126 - 156
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	157 - 231
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	38 - 125
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	126 - 156
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	157 - 231
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	38 - 125
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	126 - 156
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	157 - 231
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	38 - 125
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	126 - 156
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	157 - 231

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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