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- PDB-3uzz: Crystal structure of 5beta-reductase (AKR1D1) E120H mutant in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uzz
タイトルCrystal structure of 5beta-reductase (AKR1D1) E120H mutant in complex with NADP+ and delta4-androstenedione
要素3-oxo-5-beta-steroid 4-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALDO-KETO REDUCTASE / STEROID AND BILE ACID METABOLISM / CATALYTIC TETRAD MUTANT / Tim Barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase / steroid dehydrogenase activity / bile acid catabolic process / C21-steroid hormone metabolic process / Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase activity / ketosteroid monooxygenase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / bile acid biosynthetic process / : / cholesterol catabolic process ...Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase / steroid dehydrogenase activity / bile acid catabolic process / C21-steroid hormone metabolic process / Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase activity / ketosteroid monooxygenase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / bile acid biosynthetic process / : / cholesterol catabolic process / aldose reductase (NADPH) activity / androgen metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / digestion / steroid binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 1 member D1 / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily ...Aldo-keto reductase family 1 member D1 / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-ANDROSTENE-3-17-DIONE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / TESTOSTERONE / Aldo-keto reductase family 1 member D1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Chen, M. / Christianson, D.W. / Penning, T.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Conversion of Human Steroid 5beta-Reductase (AKR1D1) into 3β-Hydroxysteroid Dehydrogenase by Single Point Mutation E120H: EXAMPLE OF PERFECT ENZYME ENGINEERING.
著者: Chen, M. / Drury, J.E. / Christianson, D.W. / Penning, T.M.
履歴
登録2011年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月27日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxo-5-beta-steroid 4-dehydrogenase
B: 3-oxo-5-beta-steroid 4-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3147
ポリマ－79,2172
非ポリマー2,0975
水9,080504
1
A: 3-oxo-5-beta-steroid 4-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6764
ポリマ－39,6081
非ポリマー1,0673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 3-oxo-5-beta-steroid 4-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6383
ポリマ－39,6081
非ポリマー1,0302
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.046, 110.088, 129.619
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 3-oxo-5-beta-steroid 4-dehydrogenase / Aldo-keto reductase family 1 member D1 / Delta(4)-3-ketosteroid 5-beta-reductase / Delta(4)-3- ...Aldo-keto reductase family 1 member D1 / Delta(4)-3-ketosteroid 5-beta-reductase / Delta(4)-3-oxosteroid 5-beta-reductase


分子量: 39608.289 Da / 分子数: 2 / 変異: E120H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKR1D1, SRD5B1 / プラスミド: PET28A-AKR1D1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3)
参照: UniProt: P51857, Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase

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非ポリマー , 5種, 509分子

#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-TES / TESTOSTERONE / テストステロン


分子量: 288.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H28O2 / コメント: ホルモン*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-ASD / 4-ANDROSTENE-3-17-DIONE / アンドロステンジオン


分子量: 286.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H26O2 / コメント: ホルモン*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.42 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl, 14-20% polyethylene glycol 4000, 10% isopropanol, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月11日
放射モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→50 Å / Num. all: 64884 / Num. obs: 58850 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 0.943 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.82-1.894.90.46162200.761196.9
1.89-1.964.50.32359371.006193.4
1.96-2.054.90.21662590.882197.5
2.05-2.164.90.15362930.94197.8
2.16-2.294.50.13940170.983162.6
2.29-2.474.90.08963531.018198.6
2.47-2.724.90.06463751198.7
2.72-3.114.90.05164541.007198.9
3.11-3.924.60.05245500.965169.3
3.92-504.80.02863920.894193.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3UZW

3uzw


解像度: 1.82→32.704 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8432 / SU ML: 0.25 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.16 / 位相誤差: 22.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2459 2845 5.06 %RANDOM
Rwork0.191 ---
all0.207 58803 --
obs0.1937 56182 86.34 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.967 Å2 / ksol: 0.311 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 95.55 Å2 / Biso mean: 21.5823 Å2 / Biso min: 4.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1583 Å2-0 Å20 Å2
2---1.6024 Å2-0 Å2
3---1.4441 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.21 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→32.704 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5256 0 139 504 5899
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065591
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0597623
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065828
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006969
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.4372189
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8204-1.85180.29571330.23742454258780
1.8518-1.88550.29511140.23932566268084
1.8855-1.92170.32451510.27132336248777
1.9217-1.96090.27571300.23722550268084
1.9609-2.00360.25451310.21712834296591
2.0036-2.05020.23961390.21222832297193
2.0502-2.10140.30141870.21652842302994
2.1014-2.15830.26711730.21572898307195
2.1583-2.22170.25621730.21962512268585
2.2217-2.29340.3282580.23131062112044
2.2934-2.37540.25691390.20582917305695
2.3754-2.47050.23721490.18473008315797
2.4705-2.58290.25681690.19222987315698
2.5829-2.7190.2451590.19393018317798
2.719-2.88920.24761510.19463047319898
2.8892-3.11210.26861680.1823068323699
3.1121-3.4250.22581400.18773065320598
3.425-3.91990.2098710.16781302137342
3.9199-4.9360.17951490.13772877302692
4.936-32.70970.181610.1453162332395

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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