PDB-3uy4: Crystal Structure of Pantoate--Beta-Alanine Ligase from Campyloba...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uy4

タイトル

Crystal Structure of Pantoate--Beta-Alanine Ligase from Campylobacter jejuni complexed with AMP and vitamin B5

要素

Pantothenate synthetase

キーワード

LIGASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta-alpha structure / cytosol

機能・相同性

機能・相同性情報

pantoate-beta-alanine ligase (AMP-forming) / pantoate-beta-alanine ligase activity / pantothenate biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.851 Å

データ登録者

Kim, Y. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Pantoate--Beta-Alanine Ligase from Campylobacter jejuni complexed with AMP and vitamin B5
著者: Kim, Y. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2011年12月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uy4.cif.gz	131.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uy4.ent.gz	108.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uy4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3uy4_validation.pdf.gz	785 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3uy4_full_validation.pdf.gz	785 KB	表示
XML形式データ	3uy4_validation.xml.gz	14.3 KB	表示
CIF形式データ	3uy4_validation.cif.gz	20.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/3uy4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/3uy4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mxt
類似構造データ	1v8f-d 1lrj-1 3imc-d 5gy7-d 5ucr-d 4ef6-d 1i3k-d 4ddk-d 4e3l-d 3q10-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP90800

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Pantothenate synthetase

ヘテロ分子

33.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pantothenate synthetase

ヘテロ分子

A: Pantothenate synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.401, 83.401, 150.162
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-462- HOH

#1: タンパク質	Pantothenate synthetase / PS / Pantoate--beta-alanine ligase / Pantoate-activating enzyme 分子量: 32917.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター) 株: NCTC 11168 / 遺伝子: Cj0297c, panC / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic 参照: UniProt: Q9PIK2, pantoate-beta-alanine ligase (AMP-forming)
#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物	ChemComp-PAU / PANTOTHENOIC ACID / N-[(2R)-2,4-DIHYDROXY-3,3-DIMETHYLBUTANOYL]-BETA-ALANINE / パントテン酸タイプ: peptide-like / 分子量: 219.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₇NO₅
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.29 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20 %(w/v) PEG8000, HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97911 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月11日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 26959 / Num. obs: 26959 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 21.94 Å² / R_sym value: 0.068 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1277 / R_sym value: 0.771 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELXS		位相決定
MLPHARE		位相決定
BUCCANEER		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: dev_851)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
BUCCANEER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.851→40.18 Å / SU ML: 0.39 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.94 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.201	1283	4.99 %	random
R_work	0.171	-	-	-
obs	0.172	25712	95.08 %	-
all	-	25712	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 35.63 Å² / k_sol: 0.354 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.8877 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.8877 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.7753 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.851→40.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2253	0	44	195	2492

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2394
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.968	3235
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.332	920
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	367
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	414

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.8514-1.9256	0.2495	90	0.1973	1663	1753	60
1.9256-2.0132	0.2109	134	0.192	2667	2801	96
2.0132-2.1193	0.2505	145	0.1784	2803	2948	100
2.1193-2.2521	0.212	155	0.1707	2802	2957	100
2.2521-2.426	0.2119	144	0.1651	2817	2961	100
2.426-2.6701	0.2192	160	0.1747	2834	2994	100
2.6701-3.0563	0.1979	152	0.1777	2855	3007	100
3.0563-3.8501	0.1933	144	0.1694	2907	3051	100
3.8501-40.1894	0.1745	159	0.1603	3081	3240	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4711	0.8905	-0.9729	3.2904	-0.9315	4.734	0.4676	0.9081	-0.8245	-0.7936	0.0963	1.0065	0.197	-1.3576	0.4744	0.1398	-0.0017	-0.2804	0.2425	-0.1431	0.4603	-6.5562	79.9725	4.746
2	2.2349	-1.5068	0.4193	2.1798	-0.4731	1.8717	0.2092	0.0573	-0.3875	-0.2947	-0.0554	0.324	0.3966	-0.0819	-0.0619	0.1816	-0.0211	-0.0501	0.1001	-0.0144	0.1445	8.4924	76.9149	11.762
3	1.737	-1.1494	0.4131	2.748	-0.5091	0.6917	0.0701	0.067	-0.0986	-0.1083	-0.1018	0.0466	0.0075	-0.0232	0.0409	0.1146	0.004	0.0103	0.1012	0.0019	0.0772	8.7364	89.7274	12.11
4	0.8906	-1.2409	0.481	1.9957	-0.4342	0.2764	-0.1606	-0.1079	-0.2147	0.1952	0.2367	0.3722	-0.0589	-0.0719	-0.0626	0.1951	0.0092	0.0369	0.1624	0.0269	0.1666	4.1416	90.819	22.6074
5	1.7385	-0.0075	-0.0992	1.2363	-0.4151	1.6844	0.137	0.0447	-0.278	-0.1057	-0.0273	-0.0354	0.4822	0.1703	-0.1207	0.2044	0.0281	-0.0298	0.1125	0.0244	0.1421	20.4601	72.1687	20.4921
6	2.0803	-1.2358	0.5526	3.2176	-0.5857	2.9694	-0.249	-0.2665	0.2058	0.6265	0.1809	-0.3787	-0.1015	0.0256	0.0352	0.1976	0.0098	-0.0544	0.1069	0.0021	0.1455	24.4975	82.554	31.9197

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 0:20)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 21:84)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 85:149)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 150:172)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 173:191)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 192:282)

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