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- PDB-3uxv: Crystal Structure of 7-cyano-7-deazaguanine reductase, QueF from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uxv
タイトルCrystal Structure of 7-cyano-7-deazaguanine reductase, QueF from Vibrio cholerae complexed with NADP and PreQ
要素NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta structure / tunneling fold / reductase / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


preQ1 synthase / preQ1 synthase activity / tRNA modification / tRNA queuosine(34) biosynthetic process / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase, QueF type 2 / NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase, N-terminal / Nitrile reductase, 7-cyano-7-deazaguanine-reductase N-term / NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase QueF / : / QueF-like protein / GTP Cyclohydrolase I, domain 2 / GTP cyclohydrolase I, C-terminal domain/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I, C-terminal/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANINE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase / NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Kim, Y. / Zhou, M. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of 7-cyano-7-deazaguanine reductase, QueF from Vibrio cholerae complexed with NADP and PreQ
著者: Kim, Y. / Zhou, M. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / CSGID
履歴
登録2011年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
B: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
C: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
D: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,50715
ポリマ－133,1334
非ポリマー2,37411
水14,988832
1
A: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
B: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7077
ポリマ－66,5672
非ポリマー1,1415
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6450 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area19840 Å2
手法PISA
2
C: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
D: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7998
ポリマ－66,5672
非ポリマー1,2336
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6300 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area19680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.368, 71.387, 71.359
Angle α, β, γ (deg.)109.89, 119.61, 99.46
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細two dimers in the asymmetric unit; chains A and B and chains C and D

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase / 7-cyano-7-carbaguanine reductase / NADPH-dependent nitrile oxidoreductase / PreQ(0) reductase


分子量: 33283.262 Da / 分子数: 4 / 変異: C194A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
株: N16961 / 遺伝子: queF, VCM66_0859 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic
参照: UniProt: C3LTF1, UniProt: Q9KTK0*PLUS, preQ1 synthase

-
非ポリマー , 5種, 843分子

#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#5: 化合物 ChemComp-GUN / GUANINE / グアニン


分子量: 151.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 832 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.69 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium potassium phosphate pH 6.2, 20 % (w/v) PEG-1000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97903 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→50 Å / Num. all: 141956 / Num. obs: 141956 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.56→1.59 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 5293 / Rsym value: 0.346 / % possible all: 70.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXS位相決定
MLPHARE位相決定
BUCCANEERモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_920)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
BUCCANEER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.56→30.958 Å / SU ML: 0.2 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.63 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.189 7148 5.04 %random
Rwork0.161 ---
all0.162 141843 --
obs0.162 141843 94.69 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.303 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7233 Å2-2.4272 Å22.6301 Å2
2---2.5824 Å2-3.1761 Å2
3---1.8592 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→30.958 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8244 0 139 832 9215
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0179471
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.79313012
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8973591
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1221384
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091753
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.56-1.57770.2991550.26133089324465
1.5777-1.59630.27571960.24683655385177
1.5963-1.61580.27592280.23584203443189
1.6158-1.63620.23812100.22844426463692
1.6362-1.65770.25752350.21184406464193
1.6577-1.68040.24752540.2144456471095
1.6804-1.70450.22032430.19744595483895
1.7045-1.72990.23572450.1874434467996
1.7299-1.75690.2192360.18324508474496
1.7569-1.78570.20792440.1784633487795
1.7857-1.81650.23332180.18064548476696
1.8165-1.84950.22242460.16914524479096
1.8495-1.88510.2082390.16514617485696
1.8851-1.92360.20012610.15734527478897
1.9236-1.96540.20212460.15444546479297
1.9654-2.01110.19092320.15164590482297
2.0111-2.06140.1682560.15124604486097
2.0614-2.11710.17162450.15234558480397
2.1171-2.17940.18092690.15734620488997
2.1794-2.24970.19012270.15344645487297
2.2497-2.33010.1982620.15644561482398
2.3301-2.42340.1922550.15474667492298
2.4234-2.53360.20132380.16374640487898
2.5336-2.66710.19772640.1664615487998
2.6671-2.83410.19442400.16014649488998
2.8341-3.05280.18132330.16924652488598
3.0528-3.35960.18992240.15754708493299
3.3596-3.8450.16252470.14254686493399
3.845-4.84130.14212520.12344725497799
4.8413-30.96430.18222480.17494608485698
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7956-2.8954-1.95273.4643.05823.00260.22710.03250.4164-0.49520.0212-0.4174-0.37650.139-0.25360.1312-0.03850.02030.156600.19137.336447.891513.6873
21.62980.1307-0.0711.69520.62740.91050.0003-0.15150.03430.10940.0329-0.0749-0.00650.0922-0.03430.08030.0077-0.01490.13370.01430.088431.618534.920417.5745
31.12450.28770.47032.4684-0.14842.1277-0.0545-0.05350.1981-0.01180.03870.118-0.206-0.09490.00210.09470.0216-0.00680.0915-0.01070.155810.629356.112215.3932
43.3855-1.31772.58253.4599-0.06413.0592-0.01910.1880.2857-0.1832-0.045-0.2297-0.21790.27760.02620.1153-0.01840.02930.10870.01540.182917.971759.049115.1436
50.9607-0.1818-0.10773.37662.30153.19050.0156-0.12930.05040.18350.0555-0.07190.05870.0366-0.05580.10040.0138-0.00990.13080.00680.130719.156545.503519.1417
62.7368-2.6418-0.84548.60070.57062.14150.08520.04520.1846-0.4028-0.0232-0.6163-0.01620.0966-0.09020.137-0.00920.02080.13540.04280.066918.478436.126-14.7995
70.5605-0.0878-0.04671.20160.20551.25620.00470.06740.0441-0.1337-0.02730.0285-0.0655-0.06850.02230.10080.0032-0.01430.10980.01690.09639.164538.1803-4.4342
82.30950.6928-0.16511.83810.90711.3263-0.0117-0.0169-0.0554-0.09380.0243-0.0777-0.03140.126-0.00690.10090.0167-0.0030.0880.02990.132425.192714.98772.093
92.2978-1.02581.39112.24960.22812.2603-0.02360.12330.1056-0.18430.0286-0.2987-0.12880.1490.00680.11220.00230.04370.12260.01710.143125.207814.9817-4.5939
101.09670.96150.47325.53093.07092.4813-0.0396-0.0391-0.0584-0.0511-0.04280.08140.0788-0.0960.09560.10310.0057-0.0090.09880.02230.104414.512222.4584-0.0616
111.0245-0.2820.00721.25320.40731.02690.00510.00810.0592-0.0779-0.04490.0692-0.043-0.0940.04520.08990.0016-0.01660.11050.01290.092-13.373218.3972-0.9376
121.57880.6757-0.6532.56310.43031.36520.0061-0.1696-0.01330.0658-0.04770.0960.0161-0.0020.04340.112-0.0162-0.01430.14370.00890.0714-4.213721.483825.5254
130.27540.064-0.08912.1121.07081.98860.0254-0.07630.0368-0.0334-0.0740.1246-0.0307-0.09030.05030.0851-0.0098-0.01550.14570.0010.1221-6.929324.06618.6646
141.1320.4597-0.38412.50780.7621.6411-0.0383-0.0291-0.12230.0886-0.02110.01640.1735-0.01290.04960.11010.00990.00680.10640.03730.0864-6.9429-5.597219.6302
151.64850.42190.5081.57320.43731.6906-0.03970.1405-0.1022-0.19080.01930.01550.12150.02040.03290.1502-0.00520.01250.11460.00040.0801-3.4508-6.0348-8.7729
160.8143-0.14931.19673.8324-1.65784.88920.006-0.0306-0.0756-0.05580.01230.18640.1274-0.3012-0.00490.1172-0.03760.00850.143-0.02040.106-9.0482-12.8153-6.5025
171.145-0.8051-0.46764.70082.16722.3968-0.05170.016-0.09430.17340.0315-0.11610.17970.07530.01030.12250.0031-0.00020.12460.01650.096-1.3259-7.06133.4859
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 27:48)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 49:147)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 148:212)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 213:248)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 249:287)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 29:48)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 49:147)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 148:212)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 213:248)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 249:287)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resseq 29:147)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resseq 148:212)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resseq 213:287)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resseq 29:142)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resseq 143:212)
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resseq 213:248)
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resseq 249:287)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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