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- PDB-3uxu: The structure of the catalytic domain of the Sulfolobus Spindle-s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uxu
タイトルThe structure of the catalytic domain of the Sulfolobus Spindle-shaped viral integrase reveals an evolutionarily conserved catalytic core and supports a mechanism of DNA cleavage in trans
要素Probable integrase
キーワードRECOMBINATION / SSV1 / Archaea / Archaeal virus / hyperthermophilic / Integrase / Disulfide
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / transferase activity / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / symbiont entry into host cell / DNA binding
類似検索 - 分子機能
ORF D-335-like / Integrase SSV1, C-terminal / ORF D-335-like protein / Archaeal phage integrase / Intergrase catalytic core / hpI Integrase; Chain A / Core-binding (CB) domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Core-binding (CB) domain profile. / Integrase, catalytic domain ...ORF D-335-like / Integrase SSV1, C-terminal / ORF D-335-like protein / Archaeal phage integrase / Intergrase catalytic core / hpI Integrase; Chain A / Core-binding (CB) domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Core-binding (CB) domain profile. / Integrase, catalytic domain / Integrase-like, catalytic domain superfamily / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Integrase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus virus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.706 Å
データ登録者Eilers, B.J. / Young, M.J. / Lawrence, C.M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2012
タイトル: The Structure of an Archaeal Viral Integrase Reveals an Evolutionarily Conserved Catalytic Core yet Supports a Mechanism of DNA Cleavage in trans.
著者: Eilers, B.J. / Young, M.J. / Lawrence, C.M.
履歴
登録2011年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable integrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1162
ポリマ－20,0211
非ポリマー951
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.963, 73.963, 176.251
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Probable integrase


分子量: 20021.246 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain (176-334) / 変異: V215I, T307A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus virus 1 (ウイルス) / 株: Sulfolobus solfataricus / 遺伝子: d335 / プラスミド: pDEST14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P20214
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.61 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 3350, 1% Tryptone, and 0.1 M HEPES at pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL11-110.84917
シンクロトロンSSRL BL11-120.97891, 0.91837, 0.97939
検出器
タイプID検出器日付詳細
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2009年12月5日Rh coated flat mirror
DECTRIS PILATUS 6M2PIXEL2009年12月5日Rh coated flat mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degsMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.849171
20.978911
30.918371
40.979391
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 8414 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 10.2 / Observed criterion σ(I): 595.3 / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.299 / Mean I/σ(I) obs: 42.3 / Rsym value: 0.315 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceICEデータ収集
AutoSol位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.706→36.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 19.855 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.399 / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21442 410 4.9 %RANDOM
Rwork0.19286 ---
obs0.19394 7900 99.14 %-
all-8310 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.971 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.81 Å20.41 Å20 Å2
2--0.81 Å20 Å2
3----1.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.706→36.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1329 0 5 17 1351
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221386
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.02998
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4961.9661874
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86832407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4295162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.38421.87564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.33715257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7981513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2201
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021491
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02315
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9641.5799
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1141.5320
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.53621300
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6973587
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.4724.5572
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.706→2.776 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 31 -
Rwork0.268 550 -
obs--95.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4759-1.4461.63172.1833-2.1613.98990.20370.0957-0.2393-0.1593-0.24620.05630.40640.13020.04250.22630.0016-0.0660.26370.070.237418.258717.06181.2491
27.0582-0.941.40883.9663-1.37996.145-0.0774-0.3195-0.12070.17950.39080.3498-0.1058-0.4316-0.31340.116-0.00950.0220.3450.13850.21451.879722.65496.453
35.1766-12.84944.006532.0989-9.89853.117-0.2514-0.06550.27070.14440.0958-0.6992-0.2307-0.0050.15570.5419-0.1304-0.06330.5332-0.00750.2803-0.212234.50885.1862
44.2847-0.56212.23090.1633-0.76214.126-0.2594-0.4903-0.06460.05710.09710.0397-0.3019-0.17270.16230.3068-0.0231-0.07840.25320.10970.285612.882518.78310.1428
56.81850.02076.26673.4335-2.57387.72410.07410.40950.03250.0894-0.302-0.2211-0.04510.59780.22790.1815-0.019-0.02670.40220.02770.203320.179123.5081-1.1197
66.1199-2.8777-3.35251.64850.65184.78610.13960.13150.20130.0069-0.0751-0.0708-0.29570.0759-0.06440.2186-0.0071-0.09130.25950.07410.28682.011433.2072-5.3289
76.8785-4.64510.03956.78260.5232.20050.20910.0675-0.4096-0.2102-0.16440.42260.1022-0.0853-0.04470.1751-0.0042-0.12220.27670.03750.25650.709323.0852-7.9168
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A176 - 210
2X-RAY DIFFRACTION2A211 - 238
3X-RAY DIFFRACTION3A239 - 248
4X-RAY DIFFRACTION4A249 - 268
5X-RAY DIFFRACTION5A269 - 290
6X-RAY DIFFRACTION6A291 - 312
7X-RAY DIFFRACTION7A313 - 334

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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