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万見
- PDB-3uxp: Co-crystal Structure of Rat DNA polymerase beta Mutator I260Q: En... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uxp
タイトルCo-crystal Structure of Rat DNA polymerase beta Mutator I260Q: Enzyme-DNA-ddTTP
要素
  • DNA 5'-D(P*AP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*A)-3'
  • DNA 5'-D(P*AP*TP*GP*TP*GP*AP*G)-3'
  • DNA polymerase beta
キーワードTRANSFERASE / LYASE/DNA / pol beta / repair polymerase / BER / LYASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / somatic diversification of immunoglobulins / Ub-specific processing proteases / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ ...Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / somatic diversification of immunoglobulins / Ub-specific processing proteases / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / homeostasis of number of cells / pyrimidine dimer repair / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / response to hyperoxia / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / lymph node development / salivary gland morphogenesis / spleen development / base-excision repair, gap-filling / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / response to gamma radiation / spindle microtubule / base-excision repair / double-strand break repair via nonhomologous end joining / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / neuron apoptotic process / response to ethanol / microtubule binding / in utero embryonic development / microtubule / DNA-directed DNA polymerase / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / lyase activity / inflammatory response / apoptotic process / DNA damage response / enzyme binding / protein-containing complex / DNA binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain ...Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase, thumb domain superfamily / DNA polymerase beta thumb / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA polymerase beta
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.723 Å
データ登録者Gridley, C.L. / Jaeger, J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Structural Changes in the Hydrophobic Hinge Region Adversely Affect the Activity and Fidelity of the I260Q Mutator DNA Polymerase beta.
著者: Gridley, C.L. / Rangarajan, S. / Firbank, S. / Dalal, S. / Sweasy, J.B. / Jaeger, J.
履歴
登録2011年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase beta
B: DNA polymerase beta
P: DNA 5'-D(P*AP*TP*GP*TP*GP*AP*G)-3'
T: DNA 5'-D(P*AP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*A)-3'
D: DNA 5'-D(P*AP*TP*GP*TP*GP*AP*G)-3'
E: DNA 5'-D(P*AP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,62315
ポリマ－86,5306
非ポリマー1,0939
水73941
1
A: DNA polymerase beta
P: DNA 5'-D(P*AP*TP*GP*TP*GP*AP*G)-3'
T: DNA 5'-D(P*AP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8238
ポリマ－43,2653
非ポリマー5585
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4050 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area18170 Å2
手法PISA
2
B: DNA polymerase beta
D: DNA 5'-D(P*AP*TP*GP*TP*GP*AP*G)-3'
E: DNA 5'-D(P*AP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8007
ポリマ－43,2653
非ポリマー5354
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area18500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.321, 56.607, 93.144
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA polymerase beta


分子量: 38403.734 Da / 分子数: 2 / 変異: I260Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Polb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P06766, DNA-directed DNA polymerase, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 PDTE

#2: DNA鎖 DNA 5'-D(P*AP*TP*GP*TP*GP*AP*G)-3'


分子量: 2177.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Primer DNA Strand
#3: DNA鎖 DNA 5'-D(P*AP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*A)-3'


分子量: 2683.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Template DNA Strand

-
非ポリマー , 3種, 50分子

#4: 化合物 ChemComp-D3T / 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / ddTTP


タイプ: DNA OH 3 prime terminus / 分子量: 466.169 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O13P3
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.85 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Peg3350, NaCl, Glycerol, Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月14日
放射モノクロメーター: Monochromator: Double silicon(111) crystal monochromator with cryogenically-cooled first crystal and sagittally-bent second crystal horizontally-focusing at 3.3:1 ...モノクロメーター: Monochromator: Double silicon(111) crystal monochromator with cryogenically-cooled first crystal and sagittally-bent second crystal horizontally-focusing at 3.3:1 demagnification. Mirror: Meridionally-bent fused silica mirror with palladium and uncoated stripes vertically-focusing at 6.6:1 demagnification.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.723→27.195 Å / Num. obs: 25030 / % possible obs: 90.08 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.7226-2.7907166
2.7907-2.866178
2.866-2.9503179
2.9503-3.0454182
3.0454-3.1541187
3.1541-3.2801191

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.723→27.195 Å / SU ML: 0.85 / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 35.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 2008 8.02 %random
Rwork0.2182 ---
all0.24 ---
obs0.2248 25030 90.08 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.015 Å2 / ksol: 0.271 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.8835 Å2-0 Å22.5565 Å2
2---13.1072 Å2-0 Å2
3---23.9908 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.723→27.195 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5248 624 63 41 5976
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096136
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4798402
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.6932420
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.096912
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005982
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7226-2.79070.45491020.35141202X-RAY DIFFRACTION66
2.7907-2.8660.39931260.34881426X-RAY DIFFRACTION78
2.866-2.95030.43631420.32671403X-RAY DIFFRACTION79
2.9503-3.04540.37761250.31021466X-RAY DIFFRACTION82
3.0454-3.15410.37291380.2821563X-RAY DIFFRACTION87
3.1541-3.28010.3271380.26431673X-RAY DIFFRACTION91
3.2801-3.42920.34751460.26231655X-RAY DIFFRACTION92
3.4292-3.60960.38281440.25871747X-RAY DIFFRACTION95
3.6096-3.83510.32051600.22441753X-RAY DIFFRACTION97
3.8351-4.13030.2991510.18341763X-RAY DIFFRACTION96
4.1303-4.54420.24361560.16141815X-RAY DIFFRACTION99
4.5442-5.19780.24821570.17081824X-RAY DIFFRACTION98
5.1978-6.53370.28251550.20731817X-RAY DIFFRACTION99
6.5337-27.19590.25871680.19941915X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.31470.4113-0.09883.53110.3093.93750.29450.1087-0.17520.1357-0.12960.55450.846-0.2816-0.14160.5719-0.0692-0.0780.40890.03710.591-13.7385-11.4364-14.7591
22.6522-2.9223-0.76745.8095-0.19380.18170.0364-0.26020.08280.0993-0.1078-1.0255-0.06990.11780.10870.4917-0.0361-0.09220.5298-0.11210.916659.04213.5147-25.4678
36.13461.9349-2.44256.0563-1.86633.7915-0.14570.7499-0.6453-0.1342-0.1776-0.29420.2710.27950.2710.4091-0.0592-0.04170.5482-0.13270.49379.672-1.0881-24.7163
49.28872.2768-0.93945.80030.06022.9518-0.57930.89160.8937-0.62690.25140.5870.3458-0.68350.37120.5071-0.11220.03350.72090.04030.694335.469613.843-35.1046
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 9:150 )A9 - 150
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 9:150 )B9 - 150
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 151:334 ) OR ( CHAIN P AND RESID 1:7 )A151 - 334
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 151:334 ) OR ( CHAIN P AND RESID 1:7 )P1 - 7
5X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 151:334 ) OR ( CHAIN D AND RESID 1:7 )B151 - 334
6X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 151:334 ) OR ( CHAIN D AND RESID 1:7 )D1 - 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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