PDB-3uwt: Crystal structure of a RNA binding domain of poly-U binding splic...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uwt

タイトル

Crystal structure of a RNA binding domain of poly-U binding splicing factor 60KDa (PUF60) from Homo sapiens at 2.50 A resolution

要素

Poly(U)-binding-splicing factor PUF60

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / RNA recognition motive / RRM / RNA binding domain / splicing / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY / Partnership for T-Cell Biology / TCELL

機能・相同性

機能・相同性情報

mRNA splice site recognition / alternative mRNA splicing, via spliceosome / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / cell junction / cadherin binding / ribonucleoprotein complex / apoptotic process / DNA binding / RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG) / Partnership for T-Cell Biology (TCELL)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a RNA binding domain of poly-U binding splicing factor 60KDa (PUF60) from Homo sapiens at 2.50 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) / Partnership for T-Cell Biology (TCELL)

履歴

登録	2011年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月21日	Group: Structure summary
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uwt.cif.gz	93.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uwt.ent.gz	70.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uwt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3uwt_validation.pdf.gz	425 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3uwt_full_validation.pdf.gz	425.3 KB	表示
XML形式データ	3uwt_validation.xml.gz	9.3 KB	表示
CIF形式データ	3uwt_validation.cif.gz	11.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/3uwt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/3uwt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5kwq-2 1m4v-2 5pzi-1 3kvd-d 2y7s-2 3w9y-d 5pxp-1 3phw-3 3u5p-2 3fu1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 422547

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (2) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Poly(U)-binding-splicing factor PUF60

ヘテロ分子

22.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.173, 64.173, 80.337
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Poly(U)-binding-splicing factor PUF60 / 60 kDa poly(U)-binding-splicing factor / FUSE-binding protein-interacting repressor / FBP- ...60 kDa poly(U)-binding-splicing factor / FUSE-binding protein-interacting repressor / FBP-interacting repressor / Ro-binding protein 1 / RoBP1 / Siah-binding protein 1 / Siah-BP1 分子量: 22278.254 Da / 分子数: 1 / 断片: RNA binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BC008875, FIR, PUF60, ROBPI, SIAHBP1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q9UHX1
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THIS CONSTRUCT (RESIDUES 118-316) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE ...THIS CONSTRUCT (RESIDUES 118-316) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. RESIDUE NUMBERING IS BASED ON ISOFORM 1 OF UNIPROTKB Q9UHX1.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 0.2M sodium chloride, 1.26M ammonium sulfate, 0.1M CHES pH 9.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9537,0.9796,0.9793

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月16日 / 詳細: KOHZU: Double Crystal Si(111)

放射

モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9537	1
2	0.9796	1
3	0.9793	1

反射

解像度: 2.5→29.798 Å / Num. all: 6937 / Num. obs: 6937 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 68.061 Å² / R_sym value: 0.094 / Net I/σ(I): 11.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all	R_merge(I) obs
2.5-2.57	6.9	1.6	3532	514	1.377	99.9
2.57-2.64	6.8	0.7	3254	478	1.003	99.6	0.014
2.64-2.71	6.7	1	3205	475	0.724	99.7	0.014
2.71-2.8	6.8	1.3	3200	473	0.595	99.8	0.014
2.8-2.89	6.8	1.9	2982	439	0.406	99.8	0.014
2.89-2.99	6.7	2.5	2871	430	0.304	99.8	0.014
2.99-3.1	6.8	3.2	2887	426	0.237	100	0.014
3.1-3.23	6.7	4.6	2691	402	0.163	99.8	0.014
3.23-3.37	6.6	5.8	2613	395	0.13	99.8	0.014
3.37-3.54	6.6	7.4	2502	377	0.098	99.8	0.014
3.54-3.73	6.3	5.8	2221	353	0.118	99.9	0.014
3.73-3.95	6.4	9.6	2222	348	0.071	99.9	0.014
3.95-4.23	6.4	11	2015	314	0.061	100	0.014
4.23-4.56	6.4	12.9	1919	301	0.05	99.9	0.014
4.56-5	6.1	12	1728	281	0.051	99.8	0.014
5-5.59	5.9	10.6	1492	251	0.055	99.9	0.014
5.59-6.46	5.6	9.1	1310	234	0.071	99.7	0.014
6.46-7.91	6.1	8.8	1209	197	0.07	99.9	0.014
7.91-11.18	6.2	12.1	970	157	0.052	99.7	0.014
11.18-29.798	5.5	13.9	508	92	0.045	94.7	0.014

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SHELX		位相決定
SHARP		位相決定
SCALA	3.3.20	データスケーリング
BUSTER-TNT	2.10.0	精密化
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
BUSTER	2.10.0	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.5→29.798 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9446 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9143 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2399	327	4.74 %	RANDOM
R_work	0.2025	-	-	-
obs	0.2042	6896	99.18 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 148.14 Å² / B_iso mean: 71.9912 Å² / B_iso min: 32.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.1785 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.1785 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.3569 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.427 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.798 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1496	0	1	27	1524

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	720	SINUSOIDAL	6
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	37	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	232	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	1544	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	203	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	1771	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	1544	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	2091	HARMONIC	2	1.14
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.89
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				2.38

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.79 Å / Total num. of bins used: 5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2922	103	5.31 %
R_work	0.2308	1835	-
all	0.2341	1938	-
obs	-	-	99.18 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 10.5861 Å / Origin y: 36.9312 Å / Origin z: 9.2179 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.2767 Å²	0.0924 Å²	0.0136 Å²	-	-0.0076 Å²	-0.0808 Å²	-	-	-0.193 Å²
L	2.8485 °²	-0.306 °²	-0.8064 °²	-	4.5125 °²	-0.2793 °²	-	-	3.2206 °²
S	0.0157 Å °	0.341 Å °	0.2655 Å °	-0.1349 Å °	-0.0479 Å °	-0.0563 Å °	-0.1806 Å °	-0.1963 Å °	0.0322 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|0 - 313 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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