PDB-3uwp: Crystal structure of Dot1l in complex with 5-iodotubercidin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uwp

タイトル

Crystal structure of Dot1l in complex with 5-iodotubercidin

要素

Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific

キーワード

TRANSFERASE / histone / methyltransferase / epigenetics / tubercidin / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

[histone H3]-lysine79 N-trimethyltransferase / histone H3K79 methyltransferase activity / histone H3K79 trimethyltransferase activity / regulation of transcription regulatory region DNA binding / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / histone H3 methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / subtelomeric heterochromatin formation / telomere organization / DNA damage checkpoint signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Yu, W. / Tempel, W. / Smil, D. / Schapira, M. / Li, Y. / Vedadi, M. / Nguyen, K.T. / Wernimont, A.K. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2012
タイトル: Catalytic site remodelling of the DOT1L methyltransferase by selective inhibitors.
著者: Yu, W. / Chory, E.J. / Wernimont, A.K. / Tempel, W. / Scopton, A. / Federation, A. / Marineau, J.J. / Qi, J. / Barsyte-Lovejoy, D. / Yi, J. / Marcellus, R. / Iacob, R.E. / Engen, J.R. / ...

履歴

登録	2011年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.2	2018年5月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uwp.cif.gz	155 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uwp.ent.gz	119.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uwp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/3uwp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/3uwp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4eqzC 4er0C 4er3C 4er5C 4er6C 4er7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4eqz-d 4er5-d 4yjl-5 4dlp-2 4er7-d 4lun-d 5iza-d 3liu-1 5d3w-d 4dlp-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific

ヘテロ分子

50.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.784, 149.784, 53.521
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific / DOT1-like protein / Histone H3-K79 methyltransferase / H3-K79-HMTase / Lysine N-methyltransferase 4 分子量: 50124.016 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 1-420 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DOT1L, KIAA1814, KMT4 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q8TEK3, histone-lysine N-methyltransferase

#1: タンパク質

Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific / DOT1-like protein / Histone H3-K79 methyltransferase / H3-K79-HMTase / Lysine N-methyltransferase 4

分子量: 50124.016 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 1-420 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DOT1L, KIAA1814, KMT4 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q8TEK3, histone-lysine N-methyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 76分子

#2: 化合物	ChemComp-5ID / (2R,3R,4S,5R)-2-(4-AMINO-5-IODO-7H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-7-YL)-5-(HYDROXYMETHYL)TETRAHYDROFURAN-3,4-DIOL / 5-IODOTUBERCIDIN / 5-ヨ-ドツベルシジン分子量: 392.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₃IN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.43 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 詳細: 3.5M sodium formate, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, vapor diffusion, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.91963 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91963 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 43269 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.098 / Χ²: 1.905 / Net I/σ(I): 8.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.05-2.12	4.5	0.973	4142	1.45	1	96.7
2.12-2.21	5.3	0.718	4320	1.488	1	99.5
2.21-2.31	5.8	0.534	4306	1.669	1	99.9
2.31-2.43	6.1	0.425	4304	1.684	1	100
2.43-2.58	6.2	0.307	4315	1.739	1	100
2.58-2.78	6.3	0.209	4351	1.645	1	100
2.78-3.06	6.3	0.134	4331	1.766	1	100
3.06-3.51	6.3	0.09	4346	2.427	1	100
3.51-4.42	6.3	0.058	4392	2.471	1	100
4.42-50	6.1	0.046	4462	2.43	1	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

解像度: 2.05→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / WR_factor R_free: 0.213 / WR_factor R_work: 0.186 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 6.927 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2231	2092	4.853 %	FROM PDB ENTRY 3QOW
R_work	0.1951	41013	-	-
obs	0.196	43105	99.407 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.57 Å² / B_iso mean: 35.82 Å² / B_iso min: 19.16 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.959 Å²	-0.98 Å²	0 Å²
2-	-	-1.959 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.939 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2669	0	29	66	2764

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.02	2808
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1851
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.327	1.952	3839
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.879	3.001	4498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.435	5	352
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.233	23.769	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.411	15	439
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.8	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	423
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3161
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	588

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.05-2.103	0.308	135	0.296	2785	0.296	3034	96.243	0.281
2.103-2.161	0.307	118	0.272	2821	0.274	2987	98.393	0.255
2.161-2.223	0.318	144	0.24	2726	0.244	2873	99.896	0.22
2.223-2.291	0.259	143	0.227	2646	0.228	2797	99.714	0.205
2.291-2.366	0.269	133	0.23	2592	0.232	2734	99.671	0.203
2.366-2.449	0.261	131	0.232	2507	0.234	2645	99.735	0.204
2.449-2.541	0.241	111	0.226	2408	0.227	2526	99.723	0.198
2.541-2.644	0.283	128	0.217	2329	0.22	2460	99.878	0.189
2.644-2.761	0.25	108	0.229	2198	0.23	2310	99.827	0.201
2.761-2.895	0.269	104	0.22	2124	0.223	2234	99.731	0.196
2.895-3.051	0.233	99	0.217	2027	0.218	2130	99.812	0.2
3.051-3.235	0.235	111	0.203	1892	0.205	2004	99.95	0.19
3.235-3.457	0.256	93	0.192	1772	0.195	1870	99.733	0.186
3.457-3.731	0.191	80	0.184	1664	0.184	1746	99.885	0.181
3.731-4.084	0.163	94	0.15	1512	0.151	1613	99.566	0.152
4.084-4.56	0.159	90	0.135	1340	0.136	1437	99.513	0.141
4.56-5.254	0.162	47	0.148	1222	0.148	1270	99.921	0.158
5.254-6.407	0.213	57	0.195	999	0.196	1059	99.717	0.204
6.407-8.947	0.258	45	0.188	766	0.191	816	99.387	0.21
8.947-40	0.156	12	0.189	426	0.188	441	99.32	0.235

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 27.179 Å / Origin y: 58.314 Å / Origin z: 3.235 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0182 Å²	0.0071 Å²	0.0015 Å²	-	0.0205 Å²	-0.0022 Å²	-	-	0.0396 Å²
L	3.6851 °²	-1.4903 °²	0.0403 °²	-	1.2583 °²	-0.1079 °²	-	-	0.4925 °²
S	-0.0168 Å °	0.0761 Å °	-0.0151 Å °	-0.0469 Å °	-0.0137 Å °	0.062 Å °	0.0572 Å °	-0.0295 Å °	0.0305 Å °

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関連情報:EMDBヘッダ

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