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万見
- PDB-3uv9: Structure of the rhesus monkey TRIM5alpha deltav1 PRYSPRY domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uv9
タイトルStructure of the rhesus monkey TRIM5alpha deltav1 PRYSPRY domain
要素Tripartite motif-containing protein 5
キーワードLIGASE / domain swap / antiretroviral / HIV Capsid
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of viral entry into host cell / regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / suppression of viral release by host / host-mediated suppression of symbiont invasion / negative regulation of viral transcription / negative regulation of viral genome replication / pattern recognition receptor activity / protein K63-linked ubiquitination / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / activation of innate immune response ...regulation of viral entry into host cell / regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / suppression of viral release by host / host-mediated suppression of symbiont invasion / negative regulation of viral transcription / negative regulation of viral genome replication / pattern recognition receptor activity / protein K63-linked ubiquitination / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / activation of innate immune response / P-body / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / RING-type E3 ubiquitin transferase / autophagy / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / regulation of gene expression / regulation of protein localization / defense response to virus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / innate immune response / protein kinase binding / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, RING-type, eukaryotic / SPRY domain / RING-type zinc-finger / : / Butyrophylin-like, SPRY domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / SPRY domain ...Zinc finger, RING-type, eukaryotic / SPRY domain / RING-type zinc-finger / : / Butyrophylin-like, SPRY domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tripartite motif-containing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.549 Å
データ登録者Biris, N. / Yang, Y. / Taylor, A.B. / Tomashevskii, A. / Guo, M. / Hart, P.J. / Diaz-Griffero, F. / Ivanov, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structure of the rhesus monkey TRIM5alpha PRYSPRY domain, the HIV capsid recognition module.
著者: Biris, N. / Yang, Y. / Taylor, A.B. / Tomashevski, A. / Guo, M. / Hart, P.J. / Diaz-Griffero, F. / Ivanov, D.N.
履歴
登録2011年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tripartite motif-containing protein 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7391
ポリマ－20,7391
非ポリマー00
水2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Tripartite motif-containing protein 5

A: Tripartite motif-containing protein 5

A: Tripartite motif-containing protein 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2183
ポリマ－62,2183
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area9880 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area24390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.570, 86.570, 77.338
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細MONOMERIC, UNSWAPPED

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要素

#1: タンパク質 Tripartite motif-containing protein 5 / TRIM5alpha


分子量: 20739.434 Da / 分子数: 1 / 断片: SPRY domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 遺伝子: TRIM5 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta 2
参照: UniProt: Q0PF16, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE AUTHORS STATE THAT RESIDUES 326-349 WERE DELETED AND WERE REPLACED WITH AN ALA-GLY LINKER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.17 M magnesium formate, 15% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→30 Å / Num. obs: 31006 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 31.4
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 3089 / Rsym value: 0.456 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WL1

2wl1


解像度: 1.549→26.915 Å / SU ML: 0.18 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 19.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 1939 6.5 %random
Rwork0.1478 ---
obs0.151 29851 95.02 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.457 Å2 / ksol: 0.431 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.017 Å20 Å20 Å2
2--3.017 Å20 Å2
3----2.1911 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.549→26.915 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1445 0 0 155 1600
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051507
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9492057
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.618537
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07224
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003263
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5491-1.58780.29451230.21271812X-RAY DIFFRACTION87
1.5878-1.63070.27261240.2031905X-RAY DIFFRACTION90
1.6307-1.67870.23571310.15881877X-RAY DIFFRACTION90
1.6787-1.73290.22661400.15111953X-RAY DIFFRACTION92
1.7329-1.79480.22591400.13851970X-RAY DIFFRACTION93
1.7948-1.86670.22121380.13191960X-RAY DIFFRACTION95
1.8667-1.95160.20181440.12452023X-RAY DIFFRACTION96
1.9516-2.05440.19561430.13152054X-RAY DIFFRACTION98
2.0544-2.18310.17821400.12972071X-RAY DIFFRACTION99
2.1831-2.35160.19191430.12452068X-RAY DIFFRACTION99
2.3516-2.58810.1811470.14832097X-RAY DIFFRACTION100
2.5881-2.96210.18451450.1532102X-RAY DIFFRACTION100
2.9621-3.73040.18331460.14322092X-RAY DIFFRACTION100
3.7304-26.91910.19741350.16421928X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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