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万見
- PDB-3utx: Crystal structure of bacteriorhodopsin mutant T46A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3utx
タイトルCrystal structure of bacteriorhodopsin mutant T46A
要素Bacteriorhodopsin
キーワードPROTON TRANSPORT / MEMBRANE PROTEIN / PHOTORECEPTOR PROTEIN / RETINAL PROTEIN / ION TRANSPORT / SENSORY TRANSDUCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


light-driven active monoatomic ion transmembrane transporter activity / photoreceptor activity / phototransduction / monoatomic ion channel activity / proton transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DODECANE / RETINAL / Bacteriorhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Halobacterium sp. (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Cao, Z. / Bowie, J.U.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Shifting hydrogen bonds may produce flexible transmembrane helices.
著者: Cao, Z. / Bowie, J.U.
履歴
登録2011年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月16日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriorhodopsin
B: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5385
ポリマ－53,7992
非ポリマー7393
水19811
1
A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1842
ポリマ－26,8991
非ポリマー2841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3543
ポリマ－26,8991
非ポリマー4552
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.347, 108.671, 56.182
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.56, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Bacteriorhodopsin / BR / Bacterioopsin / BO


分子量: 26899.473 Da / 分子数: 2 / 変異: T46A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Halobacterium sp. (好塩性) / 株: ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1 / 遺伝子: bop, VNG_1467G / 発現宿主: Halobacterium salinarum (好塩性) / 株 (発現宿主): L33 / 参照: UniProt: P02945
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物 ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.85 %
結晶化温度: 310 K
手法: bicelles, 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
pH: 4
詳細: 0.65M sodium phosphate, 0.95% triethylene glycerol, 0.008M 1,6-hexanediol, 4.3% DMPC, 1.5% CHAPSO, BICELLES, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月22日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.47→90 Å / Num. all: 18034 / Num. obs: 18034 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.47→2.56 Å / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
CNS1.3精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.47→51.5 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.249 939 RANDOM
Rwork0.2086 --
all0.2107 17949 -
obs0.2107 17808 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.47→51.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3508 0 52 11 3571
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.748
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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