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- PDB-3utw: Crystal structure of bacteriorhodopsin mutant P50A/Y57F -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3utw
タイトルCrystal structure of bacteriorhodopsin mutant P50A/Y57F
要素Bacteriorhodopsin
キーワードPROTON TRANSPORT / MEMBRANE PROTEIN / PHOTORECEPTOR PROTEIN / RETINAL PROTEIN / ION TRANSPORT / SENSORY TRANSDUCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


light-driven active monoatomic ion transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / RETINAL / Bacteriorhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Halobacterium sp. (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Cao, Z. / Bowie, J.U.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Shifting hydrogen bonds may produce flexible transmembrane helices.
著者: Cao, Z. / Bowie, J.U.
履歴
登録2011年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月16日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1424
ポリマ－26,8871
非ポリマー1,2553
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子

A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2848
ポリマ－53,7752
非ポリマー2,5096
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area21410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.281, 103.059, 128.879
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Bacteriorhodopsin / BR / Bacterioopsin / BO


分子量: 26887.463 Da / 分子数: 1 / 変異: P50A, Y57F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Halobacterium sp. (好塩性) / 株: ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1 / 遺伝子: bop, VNG_1467G / 発現宿主: Halobacterium salinarum (好塩性) / 株 (発現宿主): L33 / 参照: UniProt: P02945
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物 ChemComp-MC3 / 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE


分子量: 677.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H72NO8P / コメント: リン脂質*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.01 %
結晶化温度: 310 K
手法: bicelles, 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
pH: 4
詳細: 0.65M sodium phosphate, 0.95% triethylene glycerol, 0.008M 1,6-hexanediol, 4.3% DMPC, 1.5% CHAPSO , BICELLES, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97916 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月13日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→100 Å / Num. all: 11638 / Num. obs: 11638 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→47.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 14.055 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.38 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24575 929 8 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.20644 10704 95.65 %-
all-10704 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.269 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20 Å20 Å2
2---0.65 Å20 Å2
3---0.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1753 0 86 9 1848
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.021886
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.021263
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4892.0112562
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.32233081
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6085226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.54822.06958
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.42515284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.969157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2550.2300
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021995
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02418
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5541.51123
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9031.5468
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.80521798
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.9353764
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.9554.5764
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.466 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 58 -
Rwork0.206 696 -
obs--91.95 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.2704 Å / Origin y: -14.8971 Å / Origin z: 3.1538 Å
111213212223313233
T0.0406 Å20.0131 Å2-0.0016 Å2-0.0164 Å2-0.004 Å2--0.0602 Å2
L0.8196 °2-0.0647 °2-0.021 °2-0.8953 °2-0.0068 °2--0.4764 °2
S0.0003 Å °0.0771 Å °-0.0344 Å °-0.1329 Å °-0.0211 Å °-0.0047 Å °0.0813 Å °0.0623 Å °0.0208 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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