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- PDB-3ut0: Crystal structure of exo-1,3/1,4-beta-glucanase (EXOP) from Pseud... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ut0
タイトルCrystal structure of exo-1,3/1,4-beta-glucanase (EXOP) from Pseudoalteromonas sp. BB1
要素Exo-1,3/1,4-beta-glucanase
キーワードHYDROLASE / (ALPHA/BETA)8 BARREL / (ALPHA/BETA)6 SHEET / BETA-SANDWICH
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan catabolic process / beta-glucosidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ExoP, galactose-binding-like domain / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding lectin / : / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal ...ExoP, galactose-binding-like domain / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding lectin / : / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Exo-1,3/1,4-beta-glucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudoalteromonas sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Nakatani, Y. / Cutfield, S.M. / Cutfield, J.F.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2011
タイトル: Structure and activity of exo-1,3/1,4-beta-glucanase from marine bacterium Pseudoalteromonas sp. BB1 showing a novel C-terminal domain
著者: Nakatani, Y. / Cutfield, S.M. / Cowieson, N.P. / Cutfield, J.F.
履歴
登録2011年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2011年12月21日ID: 3F93
改定 1.02011年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exo-1,3/1,4-beta-glucanase
B: Exo-1,3/1,4-beta-glucanase
C: Exo-1,3/1,4-beta-glucanase
D: Exo-1,3/1,4-beta-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)365,02639
ポリマ－362,4864
非ポリマー2,54035
水14,916828
1
A: Exo-1,3/1,4-beta-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,35111
ポリマ－90,6221
非ポリマー73010
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Exo-1,3/1,4-beta-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,28910
ポリマ－90,6221
非ポリマー6689
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Exo-1,3/1,4-beta-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,28910
ポリマ－90,6221
非ポリマー6689
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Exo-1,3/1,4-beta-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,0978
ポリマ－90,6221
非ポリマー4757
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.908, 257.821, 85.605
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNLEULEUchain 'A' and (resseq 5:63 or resseq 80:626 or resseq 634:769 )AA5 - 636 - 64
12THRTHRPROPROchain 'A' and (resseq 5:63 or resseq 80:626 or resseq 634:769 )AA80 - 62681 - 627
13SERSERASPASPchain 'A' and (resseq 5:63 or resseq 80:626 or resseq 634:769 )AA634 - 769635 - 770
21GLNGLNLEULEUchain 'B' and (resseq 5:63 or resseq 80:626 or resseq 634:769 )BB5 - 636 - 64
22THRTHRPROPROchain 'B' and (resseq 5:63 or resseq 80:626 or resseq 634:769 )BB80 - 62681 - 627
23SERSERASPASPchain 'B' and (resseq 5:63 or resseq 80:626 or resseq 634:769 )BB634 - 769635 - 770
31GLNGLNLEULEUchain 'C' and (resseq 5:63 or resseq 80:626 or resseq 634:769 )CC5 - 636 - 64
32THRTHRPROPROchain 'C' and (resseq 5:63 or resseq 80:626 or resseq 634:769 )CC80 - 62681 - 627
33SERSERASPASPchain 'C' and (resseq 5:63 or resseq 80:626 or resseq 634:769 )CC634 - 769635 - 770
41GLNGLNLEULEUchain 'D' and (resseq 5:63 or resseq 80:626 or resseq 634:769 )DD5 - 636 - 64
42THRTHRPROPROchain 'D' and (resseq 5:63 or resseq 80:626 or resseq 634:769 )DD80 - 62681 - 627
43SERSERASPASPchain 'D' and (resseq 5:63 or resseq 80:626 or resseq 634:769 )DD634 - 769635 - 770

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Exo-1,3/1,4-beta-glucanase


分子量: 90621.570 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 28-840 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudoalteromonas sp. (バクテリア)
株: BB1 / 遺伝子: exoP / プラスミド: PET21(D) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) PLYSS
参照: UniProt: Q0QJA3, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素

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非ポリマー , 5種, 863分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 828 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.29 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES-NAOH, PH7.5, 2% PEG 400, 2.0M AMMONIUM SULFATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月13日
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. all: 144061 / Num. obs: 143421 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 41.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.405 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 20491 / Rsym value: 0.405 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3USZ, 3F95

3usz

3f95


解像度: 2.3→38.328 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.746 / SU ML: 0.76 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2701 7201 5.03 %RANDOM
Rwork0.2227 ---
obs0.2252 143281 97.76 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.517 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 109.47 Å2 / Biso min: 3.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.8362 Å2-0 Å20.7984 Å2
2---9.3615 Å2-0 Å2
3---24.1857 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.328 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24780 0 134 828 25742
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00725468
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03734563
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6719146
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0713795
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054460
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A5773X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.052
12B5773X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.052
13C5773X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.057
14D5773X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.056
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3-2.38220.37597200.30931326996
2.3822-2.47760.35717000.28541334796
2.4776-2.59030.33166870.25941356597
2.5903-2.72680.34437090.26251349097
2.7268-2.89760.33457600.25631357198
2.8976-3.12120.3247280.25961367598
3.1212-3.43520.31646890.25311377499
3.4352-3.93180.25697440.21861357598
3.9318-4.9520.19937620.16621382299
4.952-38.33320.20797020.18761399299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7339-0.1571-0.07050.7193-0.08030.52460.269-0.1622-0.60.43020.13870.63710.0015-0.29080.1665-0.3299-0.02930.1453-0.07730.0602-0.2305100.4332-8.137230.9391
20.53440.19250.12020.32730.00590.4630.01080.1220.1474-0.16070.03670.0712-0.1275-0.0330.04080.20220.03110.05660.02910.1295-0.0537110.104125.051911.0915
30.1739-0.00070.14360.15550.0040.12640.14961.0964-0.3372-0.62320.2056-0.585-0.04070.94790.2722-1.65640.63850.1364-1.4263-0.6034-1.002368.4127-14.8646-0.4648
40.2801-0.34330.1390.8365-0.28950.52150.0029-0.13220.14690.5175-0.0308-0.3032-0.24960.0720.00940.298-0.0927-0.03360.2044-0.03750.145467.126519.273919.2041
50.22570.10690.02450.41550.15090.055-0.1999-0.22450.23590.1771-0.12890.6206-0.2188-0.6282-0.3755-0.62590.0061-0.0313-1.2579-0.38090.205993.2094-62.65833.3778
60.44320.09370.10061.03390.1820.36120.072-0.1175-0.07310.3833-0.034-0.29880.21540.09310.04130.25470.03570.02660.09620.05290.1343117.4196-93.56866.0647
70.13910.07020.15390.61050.24590.1377-0.02120.69430.1307-0.98450.4351-0.3086-0.24671.13880.2604-0.5945-1.09860.1297-2.48320.0991-0.8414106.8005-56.127345.2101
80.105-0.0819-0.00120.8141-0.06480.2336-0.02540.1614-0.0339-0.61740.04040.2591-0.0266-0.0525-0.02180.5202-0.0929-0.1210.0627-0.05170.10990.53-91.948441.023
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resseq 5:626))
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ((resseq 632:816))
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and ((resseq 5:626))
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and ((resseq 634:814))
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and ((resseq 5:626))
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and ((resseq 634:814))
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and ((resseq 5:626))
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and ((resseq 634:815))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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