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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3uso | ||||||
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タイトル | Crystal structure of LeuT bound to L-selenomethionine in space group P21212 from lipid bicelles | ||||||
![]() | Transporter | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Leucine transporter | ||||||
機能・相同性 | Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / sodium ion transmembrane transport / plasma membrane / SELENOMETHIONINE / Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family)![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, H. / Elferich, J. / Gouaux, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of LeuT in bicelles define conformation and substrate binding in a membrane-like context. 著者: Wang, H. / Elferich, J. / Gouaux, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 201.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 162.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 453.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 465.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 35.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 47.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58077.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NA / #3: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.27 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 詳細: 100 mM NaAc, 32% MPD, 8.5% PEG400, 50 mM MgCl2, 100 mM Urea, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月4日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4.5→40 Å / Num. all: 94996 / Num. obs: 10449 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 18.4 |
反射 シェル | 解像度: 4.5→4.66 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / % possible all: 83.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 2A65 解像度: 4.5→34.529 Å / SU ML: 0.51 / σ(F): 0 / 位相誤差: 34.19 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: DUE TO LOW RESOLUTION THE REFINEMENT HAS BEEN PERFORMED HAS RIGID BODY ONLY
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80 Å2 / ksol: 0.272 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.5→34.529 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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