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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3us6 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Histidine-containing Phosphotransfer Protein MtHPt1 from Medicago truncatula | ||||||
![]() | Histidine-containing Phosphotransfer Protein type 1, MtHPt1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / helix bundle / PLANT HORMONE SIGNAL TRANSDUCTION / CYTOKININ SIGNAL TRANSDUCTION / PHOSPHORYLATION / PHOSPHATE TRANSFER RELAY / RESPONSE REGULATOR / SIGNALING PROTEIN / CYTOKININ RECEPTOR CRE1 | ||||||
機能・相同性 | ![]() multidimensional cell growth / embryo sac development / protein histidine kinase binding / cytokinin-activated signaling pathway / histidine phosphotransfer kinase activity / phosphorelay signal transduction system / phosphorylation / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ruszkowski, M. / Brzezinski, K. / Jedrzejczak, R. / Dauter, M. / Dauter, Z. / Sikorski, M. / Jaskolski, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Medicago truncatula histidine-containing phosphotransfer protein: Structural and biochemical insights into the cytokinin transduction pathway in plants. 著者: Ruszkowski, M. / Brzezinski, K. / Jedrzejczak, R. / Dauter, M. / Dauter, Z. / Sikorski, M. / Jaskolski, M. #1: ジャーナル: Plant Cell / 年: 2006 タイトル: The Arabidopsis histidine phosphotransfer proteins are redundant positive regulators of cytokinin signaling. 著者: Hutchison, C.E. / Li, J. / Argueso, C. / Gonzalez, M. / Lee, E. / Lewis, M.W. / Maxwell, B.B. / Perdue, T.D. / Schaller, G.E. / Alonso, J.M. / Ecker, J.R. / Kieber, J.J. #2: ![]() タイトル: Crystal structure of the histidine-containing phosphotransfer protein ZmHP2 from maize. 著者: Sugawara, H. / Kawano, Y. / Hatakeyama, T. / Yamaya, T. / Kamiya, N. / Sakakibara, H. #3: ![]() タイトル: Conservation of structure and function among histidine-containing phosphotransfer (HPt) domains as revealed by the crystal structure of YPD1. 著者: Xu, Q. / West, A.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 79.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 59.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1yviS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17782.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: MtHPt / プラスミド: pMCSG9 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: B7FGU6, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 含窒素基に移すもの |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.17 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M BIS-TRIS, 25% PEG 3350, 0.2M AMMONIUM ACETATE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月25日 / 詳細: FOCUSING MIRRORS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.446→50 Å / Num. all: 25816 / Num. obs: 25816 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.81 % / Biso Wilson estimate: 22.723 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 14.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1yvi 解像度: 1.446→31.037 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / SU ML: 0.33 / 交差検証法: Rfree / 位相誤差: 17.8 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.53 Å / VDWプローブ半径: 0.7 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.291 Å2 / ksol: 0.405 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 151.57 Å2 / Biso mean: 23.0623 Å2 / Biso min: 7.97 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.446→31.037 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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