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万見
- PDB-3urp: Re-refinement of PDB entry 5RNT - ribonuclease T1 with guanosine-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3urp
タイトルRe-refinement of PDB entry 5RNT - ribonuclease T1 with guanosine-3',5'-diphosphate and phosphate ion bound
要素Guanyl-specific ribonuclease T1
キーワードHYDROLASE / ROLL / ENDORIBONUCLEASE / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


hyphal tip / ribonuclease T1 activity / ribonuclease T1 / cell septum / endonuclease activity / lyase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / ribonuclease / Microbial ribonucleases / Ribonuclease/ribotoxin / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-3',5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Guanyl-specific ribonuclease T1
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus oryzae (米麹菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Smart, O.S. / Womack, T.O. / Flensburg, C. / Keller, P. / Sharff, A. / Paciorek, W. / Vonrhein, C. / Bricogne, G.
引用ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1993
タイトル: Three-dimensional structure of the ternary complex between ribonuclease T1, guanosine 3 ,5 -bisphosphate and inorganic phosphate at 0.19 nm resolution
著者: Lenz, A. / Choe, H.W. / Granzin, J. / Heinemann, U. / Saenger, W.
履歴
登録2011年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月20日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 0THIS ENTRY 3URP REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA OF R5RNTSF ...THIS ENTRY 3URP REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA OF R5RNTSF DETERMINED BY THE AUTHORS OF THE PDB ENTRY 5RNT: W.SAENGER,U.HEINEMANN,A.LENZ

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanyl-specific ribonuclease T1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6334
ポリマ－11,0951
非ポリマー5383
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.470, 86.470, 86.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 Guanyl-specific ribonuclease T1 / RNase T1


分子量: 11094.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: P00651, EC: 3.1.27.3
#2: 化合物 ChemComp-PGP / GUANOSINE-3',5'-DIPHOSPHATE / グアノシン3′,5′-ビスりん酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.34 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 5RNT.

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER-TNTBUSTER 2.13.0精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MOLREP位相決定
BUSTER2.13.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SYU

3syu


解像度: 3.19→43.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.857 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber EH99
詳細: 1. X-RAY WEIGHT 8.00. 2. HYDROPHOBIC VOID CORRECTION ON. 3. PGP RESTRAINTS FROM GRADE 1.1.1 USING MOGUL AND RM1 QM. 4. SIMILARITY, NCS REPRESENTATION: NONE, TARGET RESTRAINTS: LSSR WEIGHT 1.5 ...詳細: 1. X-RAY WEIGHT 8.00. 2. HYDROPHOBIC VOID CORRECTION ON. 3. PGP RESTRAINTS FROM GRADE 1.1.1 USING MOGUL AND RM1 QM. 4. SIMILARITY, NCS REPRESENTATION: NONE, TARGET RESTRAINTS: LSSR WEIGHT 1.5 TARGET STRUCTURE 3SYU.PDB.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2372 102 5.44 %RANDOM
Rwork0.2018 ---
obs0.2035 1874 98.89 %-
原子変位パラメータBiso max: 79.17 Å2 / Biso mean: 26.6536 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.465 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.19→43.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数776 0 34 8 818
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d261SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes24HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes140HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it846HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion103SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact906SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d846HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1171HARMONIC21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.47
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.3
LS精密化 シェル解像度: 3.19→3.57 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2665 31 5.92 %
Rwork0.2305 493 -
all0.2325 524 -
obs--98.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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