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万見
- PDB-3uqd: Crystal structure of the Phosphofructokinase-2 from Escherichia c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uqd
タイトルCrystal structure of the Phosphofructokinase-2 from Escherichia coli in complex with substrates and products
要素6-phosphofructokinase isozyme 2
キーワードTRANSFERASE / PHOSPHOFRUCTOKINASES / PFK-2 / GLYCOLYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


tagatose-6-phosphate kinase activity / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / glycolytic process / DNA damage response / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tagatose/fructose phosphokinase / pfkB family of carbohydrate kinases signature 1. / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / ATP-dependent 6-phosphofructokinase isozyme 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Pereira, H.M. / Caniuguir, A. / Baez, M. / Cabrera, R. / Babul, J.
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2019
タイトル: Studying the phosphoryl transfer mechanism of theE. coliphosphofructokinase-2: from X-ray structure to quantum mechanics/molecular mechanics simulations.
著者: Murillo-Lopez, J. / Zinovjev, K. / Pereira, H. / Caniuguir, A. / Garratt, R. / Babul, J. / Recabarren, R. / Alzate-Morales, J. / Caballero, J. / Tunon, I. / Cabrera, R.
履歴
登録2011年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-phosphofructokinase isozyme 2
B: 6-phosphofructokinase isozyme 2
C: 6-phosphofructokinase isozyme 2
D: 6-phosphofructokinase isozyme 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,17720
ポリマ－129,9484
非ポリマー4,22916
水12,286682
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17460 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area44890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.885, 155.189, 224.989
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-558-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
6-phosphofructokinase isozyme 2 / Phosphofructokinase-2


分子量: 32486.900 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b1723, JW5280, PFK2, pfkB / プラスミド: PET21-D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06999, 6-phosphofructokinase

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糖 , 2種, 4分子

#3: 糖 ChemComp-F6P / 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / FRUCTOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-fructose / 6-O-phosphono-D-fructose / 6-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
b-D-Fruf6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#5: 糖 ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14O12P2
識別子タイププログラム
b-D-Fruf1PO36PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 4種, 694分子

#2: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 682 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.75
詳細: 23% PEG 4000, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.75, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月25日
放射モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.45 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→20 Å / Num. all: 67552 / Num. obs: 64935 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 41.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 11.35
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.14-2.270.6252.24188.6
2.27-2.430.4333.54196.4
2.43-2.620.2845.45197.3
2.62-2.860.1828.1197.7
2.86-3.190.1112.2197.9
3.19-3.670.06818.41198.3
3.67-4.460.05123.72198.6
4.46-6.150.04625.54198.9
6.150.03728.11194.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
直接法位相決定
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3CQD

3cqd


解像度: 2.14→19.79 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.19 / SU ML: 0.62 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 3247 5 %
Rwork0.195 --
obs0.198 64934 96.3 %
all-67552 -
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.7 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.1313 Å20 Å20 Å2
2---5.3644 Å2-0 Å2
3----2.6745 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→19.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9057 0 256 682 9995
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0069457
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87512914
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8493688
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521534
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031660
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.14-2.17490.36541020.31971945X-RAY DIFFRACTION70
2.1749-2.20890.36691370.27692596X-RAY DIFFRACTION96
2.2089-2.2450.33711410.26812683X-RAY DIFFRACTION96
2.245-2.28370.34111370.26122602X-RAY DIFFRACTION96
2.2837-2.32510.29691410.25152674X-RAY DIFFRACTION97
2.3251-2.36980.32321400.23922660X-RAY DIFFRACTION97
2.3698-2.41810.3211410.23662677X-RAY DIFFRACTION97
2.4181-2.47060.29331390.22932643X-RAY DIFFRACTION97
2.4706-2.52790.28531410.22862693X-RAY DIFFRACTION97
2.5279-2.5910.30371440.22272718X-RAY DIFFRACTION97
2.591-2.66090.30471410.20642695X-RAY DIFFRACTION98
2.6609-2.7390.26451420.21192700X-RAY DIFFRACTION98
2.739-2.82720.28021430.20542707X-RAY DIFFRACTION98
2.8272-2.92790.29861430.20862711X-RAY DIFFRACTION98
2.9279-3.04470.24751440.20412743X-RAY DIFFRACTION98
3.0447-3.18280.27691420.19652703X-RAY DIFFRACTION98
3.1828-3.34980.28321440.19462731X-RAY DIFFRACTION98
3.3498-3.55860.24791440.18532740X-RAY DIFFRACTION98
3.5586-3.83150.25111460.17042766X-RAY DIFFRACTION98
3.8315-4.21370.17671460.15012774X-RAY DIFFRACTION99
4.2137-4.81570.19171460.13922783X-RAY DIFFRACTION99
4.8157-6.03860.22431490.18452833X-RAY DIFFRACTION99
6.0386-19.78850.21311540.18652910X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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