PDB-3upx: Calcium-Dependent Protein Kinase 1 from Toxoplasma gondii (TgCDPK...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3upx

タイトル

Calcium-Dependent Protein Kinase 1 from Toxoplasma gondii (TgCDPK1) in complex with inhibitor UW1300

要素

Calmodulin-domain protein kinase 1

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / serine/threonine protein kinase / transferase / calcium-binding / ATP-binding / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.27 Å

データ登録者

Merritt, E.A. / Larson, E.T.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Multiple Determinants for Selective Inhibition of Apicomplexan Calcium-Dependent Protein Kinase CDPK1.
著者: Larson, E.T. / Ojo, K.K. / Murphy, R.C. / Johnson, S.M. / Zhang, Z. / Kim, J.E. / Leibly, D.J. / Fox, A.M. / Reid, M.C. / Dale, E.J. / Perera, B.G. / Kim, J. / Hewitt, S.N. / Hol, W.G. / ...

履歴

登録	2011年11月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月18日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3upx.cif.gz	190.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3upx.ent.gz	152.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3upx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3upx_validation.pdf.gz	732.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3upx_full_validation.pdf.gz	735.3 KB	表示
XML形式データ	3upx_validation.xml.gz	17.3 KB	表示
CIF形式データ	3upx_validation.cif.gz	23.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/3upx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/3upx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sx9C 3sxfC 3t3uC 3t3vC 3upzC 3uqfC 3uqgC 3v51C 3v5pC 3v5tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3v5p-d 5w80-d 4ih8-d 5w91-d 5t6a-d 5jn2-d 5w9e-d 5jms-d 4yjn-d 4ihp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Calmodulin-domain protein kinase 1

ヘテロ分子

55.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.290, 72.930, 66.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.020, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Calmodulin-domain protein kinase 1 / Calmodulin-domain protein kinase / putative 分子量: 55226.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: residues 1-29 were replaced with a cleavable His-tag plus linker during cloning; tag was cleaved prior to crystallization 由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 遺伝子: AAG53993, CDPK1, TGGT1_059880, TGVEG_042030 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9BJF5, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-B6A / [2-amino-1-(piperidin-4-ylmethyl)-1H-benzimidazol-6-yl](phenyl)methanone 分子量: 334.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₂N₄O
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.27 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 24% PEG 3350, 0.275 M ammonium citrate, 5 mM DTT, 2 mM UW1300, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97945 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月27日

放射

モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97945 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.271→39.743 Å / Num. all: 20869 / Num. obs: 20869 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.1 % / R_sym value: 0.089 / Net I/σ(I): 6.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.27-2.39	4.1	0.615	1.2	12358	3003	0.615	98.1
2.39-2.54	4.2	0.404	1.9	12014	2875	0.404	98.2
2.54-2.71	4.2	0.312	1.9	11131	2669	0.312	98.4
2.71-2.93	4.2	0.173	4.4	10502	2511	0.173	98.6
2.93-3.21	4.2	0.108	6.8	9777	2346	0.108	98.8
3.21-3.59	4.2	0.081	7.6	8656	2085	0.081	99
3.59-4.15	4.1	0.072	5.6	7784	1876	0.072	98.9
4.15-5.08	4.1	0.043	14.6	6518	1575	0.043	99.1
5.08-7.18	4.1	0.043	13.8	5079	1235	0.043	98.9
7.18-39.743	4	0.043	10.5	2764	694	0.043	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.27→36.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / WR_factor R_free: 0.2777 / WR_factor R_work: 0.2117 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8123 / SU B: 18.088 / SU ML: 0.212 / SU R Cruickshank DPI: 0.3854 / SU R_free: 0.2609 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.261 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2639	1073	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2043	-	-	-
obs	0.2075	20868	98.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 119.8 Å² / B_iso mean: 52.067 Å² / B_iso min: 21.72 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.68 Å²	0 Å²	-1.19 Å²
2-	-	-0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.27→36.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3520	0	25	36	3581

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.02	3614
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2468
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.093	1.975	4870
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.816	3.001	6003
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.17	5	445
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.471	24.699	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.529	15	668
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.128	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	545
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3985
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	718

LS精密化シェル

解像度: 2.271→2.33 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	64	-
R_work	0.292	1398	-
all	-	1462	-
obs	-	-	97.47 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7642	-1.3328	1.0336	5.0992	-1.879	4.1015	-0.1123	-0.0633	0.1904	0.3779	0.0266	-0.1122	-0.3416	0.0739	0.0857	0.2126	-0.0326	-0.052	0.0506	-0.0413	0.0694	19.81	14.755	40.271
2	1.9331	-0.0024	0.2881	1.6368	-0.9523	3.7805	-0.0036	-0.0141	-0.0593	-0.0379	-0.0516	-0.1971	0.0332	0.2084	0.0552	0.0473	0.0104	-0.0018	0.0156	-0.0057	0.1286	19.449	13.023	24.948
3	3.7042	0.3941	-0.0528	2.6481	-0.0248	2.1645	-0.053	0.3673	-0.0245	-0.3761	-0.0394	-0.1142	0.1836	0.144	0.0925	0.0775	0.0296	0.0182	0.0903	-0.0019	0.0124	17.583	20.654	8.408
4	0.2263	-0.6669	-2.6864	4.184	10.8555	35.8797	0.0616	0.0653	-0.024	0.4897	-0.1238	-0.1062	0.1656	-0.8084	0.0622	0.2487	0.0493	-0.0649	0.2062	0.0368	0.189	33.702	33.498	36.073
5	3.8796	-1.2382	-1.7437	10.0105	0.8538	2.0562	0.0068	0.2156	-0.1837	0.3129	-0.0175	-0.1627	0.1968	-0.1544	0.0107	0.5486	0.0342	-0.1775	0.3281	0.0087	0.3718	36.99	27.483	53.377
6	9.7832	-3.2385	-2.9604	4.2258	2.6822	6.9592	0.1078	0.0098	0.4888	0.0788	0.1422	-0.1354	-0.4108	0.0655	-0.2501	0.0479	-0.0032	-0.0045	0.0284	0.0476	0.1246	40.231	36.536	21.881

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	44 - 99
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	100 - 214
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	215 - 335
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	336 - 363
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	364 - 436
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	437 - 507

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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