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- PDB-3upf: Crystal structure of murine norovirus RNA-dependent RNA polymeras... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3upf
タイトルCrystal structure of murine norovirus RNA-dependent RNA polymerase bound to NF023
要素RNA-dependent RNA polymerase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / murine norovirus / RNA-dependent RNA polymerase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


calicivirin / host cell mitochondrion / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell endosome membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication ...calicivirin / host cell mitochondrion / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell endosome membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / RNA binding / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3230 / Viral polyprotein, Caliciviridae N-terminal / Viral polyprotein N-terminal / Norovirus 3C-like protease (NV 3CLpro) domain profile. / Norovirus peptidase C37 / Southampton virus-type processing peptidase / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3230 / Viral polyprotein, Caliciviridae N-terminal / Viral polyprotein N-terminal / Norovirus 3C-like protease (NV 3CLpro) domain profile. / Norovirus peptidase C37 / Southampton virus-type processing peptidase / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Helix non-globular / Special / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0BU / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Milani, M. / Mastrangelo, E. / Bolognesi, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structure-Based Inhibition of Norovirus RNA-Dependent RNA Polymerases.
著者: Mastrangelo, E. / Pezzullo, M. / Tarantino, D. / Petazzi, R. / Germani, F. / Kramer, D. / Robel, I. / Rohayem, J. / Bolognesi, M. / Milani, M.
履歴
登録2011年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-dependent RNA polymerase
B: RNA-dependent RNA polymerase
C: RNA-dependent RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,37313
ポリマ－178,6073
非ポリマー3,76510
水11,259625
1
A: RNA-dependent RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6633
ポリマ－59,5361
非ポリマー1,1272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA-dependent RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7594
ポリマ－59,5361
非ポリマー1,2233
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: RNA-dependent RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9516
ポリマ－59,5361
非ポリマー1,4155
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
A: RNA-dependent RNA polymerase
B: RNA-dependent RNA polymerase
C: RNA-dependent RNA polymerase
ヘテロ分子

A: RNA-dependent RNA polymerase
B: RNA-dependent RNA polymerase
C: RNA-dependent RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)364,74526
ポリマ－357,2146
非ポリマー7,53120
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area15380 Å2
ΔGint-259 kcal/mol
Surface area121470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.860, 195.950, 109.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 RNA-dependent RNA polymerase


分子量: 59535.738 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 1174-1684 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q80J95
#2: 化合物 ChemComp-0BU / 8-({3-[({3-[(4,6,8-trisulfonaphthalen-1-yl)carbamoyl]phenyl}carbamoyl)amino]benzoyl}amino)naphthalene-1,3,5-trisulfonic acid / NF023


分子量: 1030.985 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H26N4O21S6
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 625 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 11 % glycerol, 50 mM TRIS pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月17日
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→45 Å / Num. all: 70871 / Num. obs: 70871 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xCUBEデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 22.969 / SU ML: 0.222 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.294 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26062 3578 5 %RANDOM
Rwork0.1985 ---
all0.20167 67276 --
obs0.20167 67276 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.882 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.44 Å20 Å2-0.82 Å2
2--0.5 Å20 Å2
3----1.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11376 0 233 625 12234
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02211900
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2671.99316165
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.51351419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.09523.117539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.158152011
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.75415108
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21697
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0219099
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1781.57141
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.246211507
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.59934759
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6244.54657
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 256 -
Rwork0.289 4954 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.54180.0665-0.11110.28340.33920.40680.08980.0235-0.02470.0381-0.0401-0.05930.0108-0.0615-0.04970.08210.0497-0.02250.09020.01740.011915.91-49.95433.149
20.03810.0879-0.0080.4056-0.34760.4930.0012-0.0197-0.0009-0.01710.0217-0.0226-0.008-0.0186-0.02290.09550.03730.02170.0730.01860.056936.181-46.883-11.116
30.1985-0.0277-0.04350.2665-0.18560.2321-0.00650.00860.02390.00850.0062-0.010.01560.00140.00030.12950.020.03010.06120.00050.0467-7.1430.35823.143
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 488
2X-RAY DIFFRACTION1A600
3X-RAY DIFFRACTION2B2 - 488
4X-RAY DIFFRACTION2B600
5X-RAY DIFFRACTION3C5 - 488
6X-RAY DIFFRACTION3C600

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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