PDB-3upb: 1.5 Angstrom Resolution Crystal Structure of Transaldolase from F...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3upb

タイトル

1.5 Angstrom Resolution Crystal Structure of Transaldolase from Francisella tularensis in Covalent Complex with Arabinose-5-Phosphate

要素

Transaldolase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Alpha-Beta Barrel/TIM Barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

transaldolase / transaldolase activity / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch / carbohydrate metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Light, S.H. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2014
タイトル: Arabinose 5-phosphate covalently inhibits transaldolase.
著者: Light, S.H. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2011年11月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月5日	Group: Database references
改定 1.2	2014年4月9日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3upb.cif.gz	274.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3upb.ent.gz	221.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3upb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/3upb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/3upb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3igxS 3te9 3tk7 3tkf 3tno S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4e0c-d 3tkf-d 4s2b-d 2j14-d 5u3x-d 3sls-d 5u40-d 6ovx-d 3c3p-d 2eg8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP02095

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transaldolase

B: Transaldolase

ヘテロ分子

78.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.045, 86.197, 140.547
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Transaldolase 分子量: 38476.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア) 株: SCHU S4 / 遺伝子: FTT_1093c, talA / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: Q5NFX0, transaldolase

-
非ポリマー , 5種, 730分子

#2: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-A5P / ARABINOSE-5-PHOSPHATE / D-アラビニト-ル5-りん酸分子量: 232.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₃O₈P
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 723 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.22 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: Protein: 11.2 mg/ml, 0.5 M sodium chloride, 0.01 M Tris-HCl, Screen: Pegs H1 (Qiagen), 0.2 M K/Na tartrate, 20% (w/v) PEG 3350 Crystals were soaked in a mother liquor containing 20 mM ...詳細: Protein: 11.2 mg/ml, 0.5 M sodium chloride, 0.01 M Tris-HCl, Screen: Pegs H1 (Qiagen), 0.2 M K/Na tartrate, 20% (w/v) PEG 3350 Crystals were soaked in a mother liquor containing 20 mM arabinose-5-phosphate for 2 hours before being flash frozen for data collection, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K, pH 8.3

結晶

マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.22 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: Protein: 11.2 mg/ml, 0.5 M sodium chloride, 0.01 M Tris-HCl, Screen: Pegs H1 (Qiagen), 0.2 M K/Na tartrate, 20% (w/v) PEG 3350 Crystals were soaked in a mother liquor containing 20 mM ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月2日 / 詳細: Beryllium lenses
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 106919 / Num. obs: 106919 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 20.2
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.556 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 5295 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3IGX

3igx

解像度: 1.5→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 1.939 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17527	5316	5 %	RANDOM
R_work	0.15056	-	-	-
all	0.15181	106919	-	-
obs	0.15181	101536	99.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.775 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.37 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4847	0	79	723	5649

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.02	5210
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3556
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.057	1.987	7073
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.04	3	8846
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.407	5	686
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.259	26.182	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.269	15	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.272	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	849
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	5667
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	921
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.502→1.541 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.232	345	-
R_work	0.202	6707	-
obs	-	-	94.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2079	-0.0124	0.2268	0.1182	-0.0105	0.3031	-0.083	0.0453	-0.0152	-0.0009	0.0229	0.0004	-0.1454	0.0283	0.0601	0.156	-0.0183	-0.0422	0.1046	-0.0049	0.125	-1.0374	22.5427	-14.5954
2	3.9907	0.1914	-1.6373	7.3547	3.6288	2.6386	0.4465	0.9252	0.3657	-0.4322	-0.4435	0.2934	-0.4445	-0.8233	-0.003	0.164	0.2087	-0.0308	0.6432	0.0587	0.0821	-22.7378	12.5689	-24.9235
3	0.1013	0.0775	-0.0017	0.2772	-0.1284	0.6087	-0.0506	0.0154	-0.0196	-0.0389	0.0066	-0.0278	0.0336	-0.0178	0.044	0.1173	-0.0093	0.0061	0.1008	-0.0029	0.0998	-5.5031	3.3552	-17.6389
4	0.2325	0.2256	0.2558	0.3754	0.1562	0.3442	0.0038	0.0046	0.0207	0.0611	-0.0501	0.0054	-0.0525	0.0518	0.0462	0.1249	-0.0317	-0.0053	0.1049	-0.0077	0.1093	2.9022	15.9749	-1.2081
5	0.0137	0.051	-0.0764	0.2348	-0.3456	0.5493	0.0021	-0.0168	-0.0118	0.0505	-0.0377	-0.0072	-0.0378	0.0065	0.0356	0.113	-0.013	-0.0066	0.1072	-0.0013	0.1127	-3.7589	4.0515	-1.1491
6	13.6274	-2.1856	6.0826	1.0142	1.7193	13.6673	0.5083	0.1828	-0.442	-0.1666	-0.2505	0.0632	-0.0972	-0.7397	-0.2578	0.0481	0.0805	-0.0555	0.2691	-0.0651	0.1249	-27.6381	9.8101	-17.6328
7	0.4615	0.0322	-0.4412	0.0077	-0.0513	0.8498	-0.0185	-0.1032	-0.0217	0.0148	-0.0137	-0.0013	0.1082	0.0465	0.0322	0.1172	-0.0271	0.0086	0.1406	0.004	0.0872	-19.8082	-19.8451	28.4047
8	2.7922	-0.996	-1.5191	0.4987	0.8582	1.6396	-0.0299	-0.2824	0.0216	0.0568	0.0871	-0.0764	0.1308	0.0461	-0.0572	0.072	0.0337	-0.0006	0.1629	-0.0139	0.1506	5.1794	-24.0805	25.8945
9	0.188	-0.0313	-0.1537	0.1474	-0.1141	0.3285	-0.0162	-0.0184	-0.0295	-0.0289	-0.0056	-0.008	0.0211	0.0088	0.0218	0.1051	-0.007	0.0069	0.1082	0.0013	0.1069	-11.7574	-20.0804	13.1096
10	0.0667	0.0846	-0.0771	0.1408	-0.0631	0.4182	0.0216	-0.0153	0.0104	0.0256	-0.0084	0.0637	-0.0263	-0.047	-0.0131	0.1006	-0.0065	0.0095	0.1338	-0.014	0.1048	-26.6891	-10.7752	18.786
11	0.7556	-0.321	-0.116	2.3347	-0.7893	0.3586	-0.0335	0.0483	0.0355	0.1095	0.1783	0.3141	-0.0654	-0.152	-0.1448	0.0737	0.0692	0.0467	0.3172	0.007	0.0837	-36.6194	-12.5275	25.7792
12	0.1112	0.0367	-0.0816	0.2021	-0.2495	0.3908	0.0186	-0.0459	0.0188	-0.0199	0.005	-0.039	-0.041	0.009	-0.0235	0.1066	-0.011	0.0085	0.1153	-0.0122	0.1212	-7.2372	-9.0849	10.7373

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 44
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	45 - 70
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	71 - 176
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	177 - 261
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	262 - 313
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	314 - 321
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	3 - 44
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	45 - 76
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	77 - 194
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	195 - 258
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	259 - 268
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	279 - 321

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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