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万見
- PDB-3uow: Crystal Structure of PF10_0123, a GMP Synthetase from Plasmodium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uow
タイトルCrystal Structure of PF10_0123, a GMP Synthetase from Plasmodium Falciparum
要素GMP synthetase
キーワードLIGASE / Structural Genomics Consortium / SGC / purine nucleotide biosynthetic process
機能・相同性
機能・相同性情報


Purine ribonucleoside monophosphate biosynthesis / Azathioprine ADME / GMP synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / GMP synthase activity / GMP synthase (glutamine-hydrolysing) / purine nucleotide biosynthetic process / GMP biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
GMP synthase / GMP synthase, C-terminal / GMP synthetase ATP pyrophosphatase domain / GMP synthase C terminal domain / GMP synthetase ATP pyrophosphatase (GMPS ATP-PPase) domain profile. / GMP synthase, glutamine amidotransferase / NAD/GMP synthase / NAD synthase / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #10 / Glutamine amidotransferase ...GMP synthase / GMP synthase, C-terminal / GMP synthetase ATP pyrophosphatase domain / GMP synthase C terminal domain / GMP synthetase ATP pyrophosphatase (GMPS ATP-PPase) domain profile. / GMP synthase, glutamine amidotransferase / NAD/GMP synthase / NAD synthase / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #10 / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase class-I / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Class I glutamine amidotransferase-like / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
XANTHOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP synthase [glutamine-hydrolyzing]
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Dong, A. / Hills, T. / Amani, M. / Perieteanu, A. / Lin, Y.H. / Loppnau, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. ...Wernimont, A.K. / Dong, A. / Hills, T. / Amani, M. / Perieteanu, A. / Lin, Y.H. / Loppnau, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Hui, R. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of PF10_0123, a GMP Synthetase from Plasmodium Falciparum
著者: Wernimont, A.K. / Dong, A. / Hills, T. / Amani, M. / Perieteanu, A. / Lin, Y.H. / Loppnau, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Hui, R.
履歴
登録2011年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999AUTHOR STATES THAT IS THE REMAINING GLYCINE FROM TEV CLEAVAGE

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GMP synthetase
B: GMP synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,9075
ポリマ－128,1362
非ポリマー7713
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3880 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area41950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.158, 67.760, 99.825
Angle α, β, γ (deg.)103.070, 99.360, 94.330
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / Refine code: 2

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNAA86 - 9387 - 94
21GLNGLNBB86 - 9387 - 94
12LEULEUAA156 - 183157 - 184
22LEULEUBB156 - 183157 - 184

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 GMP synthetase


分子量: 64068.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: PF10_0123 / プラスミド: pET15mlh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3
参照: UniProt: Q8IJR9, GMP synthase (glutamine-hydrolysing)
#2: 化合物 ChemComp-XMP / XANTHOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / 5-MONOPHOSPHATE-9-BETA-D-RIBOFURANOSYL XANTHINE


分子量: 365.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 16% PEG3350 0.2 M CaAcet 5 mM MgCl2 2.5 mM XMP 2 mM TCEP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9179 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→35 Å / Num. obs: 28348 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 74.8 Å2 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / Num. unique all: 1428 / Rsym value: 0.76 / % possible all: 98.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
macChessデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GPM

1gpm


解像度: 2.72→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / WRfactor Rfree: 0.2843 / WRfactor Rwork: 0.2486 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7631 / SU B: 16.873 / SU ML: 0.352 / SU Rfree: 0.4358 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.436 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2964 1449 5.1 %RANDOM
Rwork0.2585 ---
all0.2605 28992 --
obs0.2605 28331 97.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 124 Å2 / Biso mean: 57.1479 Å2 / Biso min: 29.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å20.19 Å20 Å2
2---0.39 Å22.78 Å2
3---1.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7393 0 49 32 7474
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0227595
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8541.95810352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.875977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.17524.423312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.53151067
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.7721522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0510.21204
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0215775
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2331.54938
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.43227816
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.37432657
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.6634.52536
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
132TIGHT POSITIONAL0.010.05
129MEDIUM POSITIONAL0.010.5
132TIGHT THERMAL0.060.5
129MEDIUM THERMAL0.032
2112TIGHT POSITIONAL0.010.05
281MEDIUM POSITIONAL0.010.5
2112TIGHT THERMAL0.030.5
281MEDIUM THERMAL0.022
LS精密化 シェル解像度: 2.72→2.79 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 91 -
Rwork0.355 1603 -
all-1694 -
obs--80.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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