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万見
- PDB-3uoa: Crystal structure of the MALT1 paracaspase (P21 form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uoa
タイトルCrystal structure of the MALT1 paracaspase (P21 form)
要素
  • Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
  • Z-Val-Arg-Pro-DL-Arg-fluoromethylketone
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Paracaspase / Lymphoma / NF-KB Signalling / Caspase fold / Immunoglobulin fold / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


polkadots / B-1 B cell differentiation / positive regulation of T-helper 17 cell differentiation / CBM complex / regulation of T cell receptor signaling pathway / response to fungus / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / CLEC7A/inflammasome pathway / nuclear export / B cell activation ...polkadots / B-1 B cell differentiation / positive regulation of T-helper 17 cell differentiation / CBM complex / regulation of T cell receptor signaling pathway / response to fungus / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / CLEC7A/inflammasome pathway / nuclear export / B cell activation / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / small molecule binding / T cell proliferation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-2 production / proteolysis involved in protein catabolic process / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of protein ubiquitination / Activation of NF-kappaB in B cells / positive regulation of T cell cytokine production / CLEC7A (Dectin-1) signaling / fibrillar center / defense response / FCERI mediated NF-kB activation / ubiquitin-protein transferase activity / : / Downstream TCR signaling / peptidase activity / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / T cell receptor signaling pathway / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protease binding / endopeptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / cysteine-type endopeptidase activity / innate immune response / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / proteolysis / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3360 / Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT1, death domain / MALT1 immunoglobulin-like domain / MALT1 Ig-like domain / Rossmann fold - #1460 / Immunoglobulin domain / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : ...Immunoglobulin-like - #3360 / Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT1, death domain / MALT1 immunoglobulin-like domain / MALT1 Ig-like domain / Rossmann fold - #1460 / Immunoglobulin domain / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Immunoglobulin domain / Death-like domain superfamily / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-valyl-N~5~-[amino(iminio)methyl]-L-ornithyl-N-[(3R)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-fluoro-2-oxohexan-3-yl]-L-prolinamide / Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Jeffrey, P.D. / Yu, J.W. / Shi, Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation 1 (MALT1) paracaspase region.
著者: Yu, J.W. / Jeffrey, P.D. / Ha, J.Y. / Yang, X. / Shi, Y.
履歴
登録2011年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月15日Group: Database references
改定 1.22012年12月12日Group: Other
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
C: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
L: Z-Val-Arg-Pro-DL-Arg-fluoromethylketone
M: Z-Val-Arg-Pro-DL-Arg-fluoromethylketone
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,3076
ポリマ－90,2594
非ポリマー492
水6,431357
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area30970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.475, 75.735, 87.831
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 88.980, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21B
12C
22B
13C
23B
14C
24B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROTYRTYRCHAIN C AND RESID 431:434CB431 - 43494 - 97
21PROPROTYRTYRCHAIN B AND RESID 431:434BA431 - 43494 - 97
12THRTHRASPASPCHAIN C AND RESID 473:478CB473 - 478136 - 141
22THRTHRASPASPCHAIN B AND RESID 473:478BA473 - 478136 - 141
13ALAALAHISHISCHAIN C AND RESID 581:584CB581 - 584244 - 247
23ALAALAHISHISCHAIN B AND RESID 581:584BA581 - 584244 - 247
14LEULEUALAALACHAIN C AND RESID 639:646CB639 - 646302 - 309
24LEULEUALAALACHAIN B AND RESID 639:646BA639 - 646302 - 309

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質 Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT lymphoma-associated translocation / Paracaspase


分子量: 44432.090 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 339-719 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MALT1, MLT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UDY8
#2: タンパク質・ペプチド Z-Val-Arg-Pro-DL-Arg-fluoromethylketone / MALT1 Inhibitor / Z-VRPR-FMK


タイプ: Oligopeptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 697.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was chemically synthesized.
参照: N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-valyl-N~5~-[amino(iminio)methyl]-L-ornithyl-N-[(3R)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-fluoro-2-oxohexan-3-yl]-L-prolinamide
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.43 % / Mosaicity: 0.241 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M MES (pH 6.0), 0.2M calcium acetate, 2% benzamidine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.97891 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月28日
放射モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97891 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 83571 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 1.035 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.75-1.813.80.48382681.057199.1
1.81-1.893.80.35582981.078199.2
1.89-1.973.80.23683121.126199.4
1.97-2.073.80.16683151.11199.5
2.07-2.23.80.12183641.088199.6
2.2-2.383.80.09383841.079199.8
2.38-2.613.80.07483671.018199.9
2.61-2.993.80.05584380.9551100
2.99-3.773.80.03984200.893199.9
3.77-503.70.03784050.949198

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→36.415 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8479 / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2255 3969 4.96 %RANDOM
Rwork0.1941 ---
all0.1957 79952 --
obs0.1957 79952 95.3 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.195 Å2 / ksol: 0.445 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 137.31 Å2 / Biso mean: 33.5764 Å2 / Biso min: 8.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8031 Å2-0 Å25.1566 Å2
2--0.2842 Å20 Å2
3----3.0873 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→36.415 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5783 0 2 357 6142
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075884
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0637951
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067918
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051012
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0342209
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11C63X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.241
12B63X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.241
21C97X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.095
22B97X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.095
31C43X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.453
32B43X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.453
41C115X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.265
42B115X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.265
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.75-1.77140.33081200.25282386250685
1.7714-1.79380.29621330.23262426255986
1.7938-1.81740.27581390.22772481262088
1.8174-1.84230.28771470.22162525267289
1.8423-1.86860.26371400.21192529266990
1.8686-1.89650.23031610.1962521268290
1.8965-1.92610.24341420.18912626276892
1.9261-1.95770.22531280.18572633276193
1.9577-1.99150.23391230.18042687281094
1.9915-2.02770.21591260.17462705283195
2.0277-2.06670.19011360.17262722285896
2.0667-2.10880.21961300.17012803293397
2.1088-2.15470.18491420.17652706284897
2.1547-2.20480.25581370.17162756289398
2.2048-2.25990.21681560.17842762291897
2.2599-2.3210.22131550.17852744289997
2.321-2.38930.21821500.17782786293698
2.3893-2.46640.25821620.19372772293498
2.4664-2.55450.21941200.19172823294398
2.5545-2.65680.25391520.19672830298299
2.6568-2.77770.24491460.18822835298199
2.7777-2.92410.241430.19452845298899
2.9241-3.10720.20591490.1972818296799
3.1072-3.34690.22511490.208728663015100
3.3469-3.68340.19961380.197928633001100
3.6834-4.21580.19131590.173828583017100
4.2158-5.30880.20341400.17722860300099
5.3088-36.42250.26171460.26092815296196
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.10760.149-0.46890.63330.29362.7253-0.07560.0963-0.1619-0.0405-0.078-0.0350.1632-0.0110.14890.1165-0.00720.03280.0816-0.00310.1297-10.49179.8927-31.1655
21.18220.5282-1.30710.7341-0.85272.2853-0.07820.016-0.03020.08020.01090.0528-0.10120.11640.03470.1321-0.01470.02540.1921-0.01030.13512.471412.0286-62.9995
30.8412-0.1669-0.21020.9381-0.34481.6787-0.004-0.0232-0.04860.007-0.0387-0.0328-0.0158-0.02780.03930.0567-0.0033-0.00920.0718-0.01420.0811-21.511410.126-5.1747
41.5958-0.69380.0610.74270.15011.1562-0.259-0.5657-0.0470.1830.10170.06720.0153-0.26110.10730.18290.04060.00140.4388-0.02350.121-34.770212.615225.1584
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN L OR (CHAIN B AND RESID 338:565)L0
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND RESID 580:715B580 - 715
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN M OR (CHAIN C AND RESID 338:565)M0
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN C AND RESID 577:718C577 - 718

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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