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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3un9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of an immune receptor | ||||||
![]() | NLR family member X1 | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / Leucine rich repeat (LRR) / antiviral signaling / MAVS / TRAF6 / IKK / UQCRC2 | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of RIG-I signaling pathway / negative regulation of interferon-beta production / negative regulation of type I interferon production / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of innate immune response / viral process / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / negative regulation of inflammatory response ...negative regulation of RIG-I signaling pathway / negative regulation of interferon-beta production / negative regulation of type I interferon production / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of innate immune response / viral process / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / negative regulation of inflammatory response / cell junction / mitochondrial outer membrane / intracellular signal transduction / innate immune response / mitochondrion / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hong, M. / Yoon, S.I. / Wilson, I.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and Functional Characterization of the RNA-Binding Element of the NLRX1 Innate Immune Modulator. 著者: Hong, M. / Yoon, S.I. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 348.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 287.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 459.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 476.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Refine code: 3
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40615.336 Da / 分子数: 3 / 断片: RNA-binding element (UNP residues 629-975) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: pAcGP67 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-PT / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.75 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 18% PEG 1000 and 200 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 273 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月14日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: mirror / プロトコル: Platinum / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.65→77.24 Å / Num. obs: 25742 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 10.17 / Observed criterion σ(I): 2.7 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.719 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.282 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Num. unique all: 25742 / % possible all: 97.85 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 77.892 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→77.24 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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