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- PDB-3un5: Bacillus cereus phosphopentomutase T85E variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3un5
タイトルBacillus cereus phosphopentomutase T85E variant
要素Phosphopentomutase
キーワードISOMERASE / alkaline phosphatase family
機能・相同性
機能・相同性情報


metabolic compound salvage / phosphopentomutase / phosphopentomutase activity / 2-deoxyribose 1-phosphate catabolic process / 5-phosphoribose 1-diphosphate biosynthetic process / nucleotide metabolic process / manganese ion binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphopentomutase / Phosphopentomutase / Phosphopentomutase DeoB cap domain superfamily / Metalloenzyme / Metalloenzyme superfamily / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich ...Phosphopentomutase / Phosphopentomutase / Phosphopentomutase DeoB cap domain superfamily / Metalloenzyme / Metalloenzyme superfamily / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Phosphopentomutase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Iverson, T.M. / Birmingham, W.R. / Panosian, T.D. / Nannemann, D.P. / Bachmann, B.O.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Molecular Differences between a Mutase and a Phosphatase: Investigations of the Activation Step in Bacillus cereus Phosphopentomutase.
著者: Iverson, T.M. / Panosian, T.D. / Birmingham, W.R. / Nannemann, D.P. / Bachmann, B.O.
履歴
登録2011年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月21日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Advisory / Data collection / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phosphopentomutase
B: Phosphopentomutase
C: Phosphopentomutase
D: Phosphopentomutase
E: Phosphopentomutase
F: Phosphopentomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)268,59328
ポリマ－267,2366
非ポリマー1,35722
水33,5801864
1
A: Phosphopentomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9067
ポリマ－44,5391
非ポリマー3676
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phosphopentomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7044
ポリマ－44,5391
非ポリマー1653
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Phosphopentomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7414
ポリマ－44,5391
非ポリマー2023
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Phosphopentomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7414
ポリマ－44,5391
非ポリマー2023
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Phosphopentomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7044
ポリマ－44,5391
非ポリマー1653
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Phosphopentomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7965
ポリマ－44,5391
非ポリマー2574
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.447, 76.829, 182.841
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Phosphopentomutase / Phosphodeoxyribomutase


分子量: 44539.336 Da / 分子数: 6 / 変異: T85E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: deoB, BC_4087 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q818Z9, phosphopentomutase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1864 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, 50 mM manganese chloride, 17% PEG3350, 75 mM ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月21日
放射モノクロメーター: Diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 261280 / Num. obs: 254487 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / % possible all: 84.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
CNS精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 4.552 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19281 12792 5 %RANDOM
Rwork0.16669 ---
obs0.16802 241530 100 %-
all-254487 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.652 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20 Å20.79 Å2
2---0.88 Å20 Å2
3---1.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18356 0 42 1864 20262
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02218910
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0321.98525556
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.38552371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.3325.045888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.803153386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2321597
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.22773
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02114437
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3571.511705
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.733218882
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.39537205
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4174.56674
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.848 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 824 -
Rwork0.245 14608 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.60330.10330.04921.05680.06390.7755-0.006-0.04680.00620.1372-0.00910.21440.0221-0.14850.01510.0197-0.00110.02570.0360.00220.0719-39.6333-18.315190.4746
20.9211-0.2084-0.53960.28110.15291.6168-0.01390.20660.0473-0.088-0.0450.0388-0.0021-0.06630.05890.0702-0.0148-0.01560.05690.02050.0303-25.2519-5.826265.6389
32.5818-1.7504-0.8763.19240.9091.7171-0.04460.03530.02730.0108-0.0424-0.00590.06050.14650.0870.0535-0.00350.00260.06620.02630.0118-15.2126-8.290464.9618
40.47360.10210.10671.06140.06220.58230.0033-0.0145-0.02520.10130.00550.0018-0.01980.0042-0.00880.02320.002100.0183-0.00050.0295-26.9167-14.871990.6029
52.87910.6986-1.94310.443-0.23331.99410.157-0.4504-0.02790.1666-0.1624-0.0722-0.10540.24040.00550.1096-0.0106-0.02280.19480.07240.04931.31088.727243.0228
61.43360.3196-0.62651.679-0.30770.98420.0463-0.4495-0.14150.1848-0.1443-0.103-0.09920.22180.0980.0607-0.0316-0.02620.22030.07630.03092.34465.270545.3173
71.46650.10160.22491.01710.06512.49760.0317-0.1106-0.05610.06080.00040.0403-0.0612-0.2158-0.03220.02280.0265-0.00080.06460.01970.0364-23.39668.635324.1909
81.61580.3538-0.88270.7842-0.34911.0786-0.0248-0.2761-0.19040.0287-0.0889-0.129-0.00890.1720.11370.0287-0.0069-0.01950.09570.05540.05025.32137.593934.5005
90.7898-0.0325-0.04530.823-0.12870.5858-0.0312-0.15050.00450.24550.04310.010.0145-0.014-0.01190.10570.00890.00760.03270.00020.0087-0.4236-30.724712.8423
101.32110.38141.67141.55970.98463.51910.03-0.34380.07880.1554-0.17490.2652-0.0639-0.60290.14490.0390.00910.05060.1466-0.00840.127-27.2328-20.5929-3.017
111.52070.72360.37071.32590.39022.10180.0018-0.0074-0.0478-0.0153-0.01220.0751-0.0472-0.18180.01040.00270.00820.00270.0355-0.00720.0752-23.6374-23.7974-11.5128
120.4808-0.0799-0.13460.74450.00310.554-0.0321-0.0195-0.0020.08810.0235-0.00290.03220.00210.00870.0436-0.0072-0.00280.009-0.00210.03772.531-30.42672.1347
130.8813-0.03090.01130.7121-0.11490.6986-0.0283-0.2039-0.05470.19030.0476-0.03530.03820.0273-0.01930.0750.0161-0.0170.05320.00950.016829.0622-31.1025102.8245
141.62960.33250.68670.28390.3030.92270.0009-0.14880.0140.0267-0.03610.03140.0025-0.19080.03520.01850.00620.00850.04860.00110.05265.9867-18.392486.4307
151.3890.73270.33882.02880.91941.99390.01230.0094-0.0340.0003-0.0283-0.0466-0.0079-0.04410.0160.00290.00820.00890.04280.01380.04225.9348-20.627576.0404
160.4837-0.1417-0.12430.551-0.01370.5156-0.0329-0.0215-0.00040.05020.0292-0.02090.03820.01060.00360.0199-0.0021-0.01240.0208-0.00290.049630.5875-27.621690.0068
172.06310.0108-0.63370.6849-0.04360.9323-0.03480.519-0.2576-0.168-0.00680.07430.042-0.17750.04160.0459-0.0151-0.01180.2077-0.09590.054523.0377-33.716941.7632
181.9529-0.49650.96540.426-0.10971.55330.07550.3288-0.0211-0.0299-0.0311-0.0444-0.01870.2597-0.04440.0433-0.02410.01680.1033-0.01080.043248.4454-24.99356.9833
192.2798-0.00930.45872.5287-0.48692.81140.00290.07030.0212-0.01990.0293-0.0373-0.07140.072-0.03230.0058-0.01270.00380.0429-0.01980.028347.8442-26.333167.2902
201.6733-0.0655-0.6260.5630.2150.884-0.05350.2174-0.14380.012-0.01190.0470.0202-0.09960.06540.00610.0035-0.00030.0663-0.02590.026922.0803-28.720953.8597
210.85760.25660.19191.00270.07860.8894-0.0133-0.0181-0.00870.08480.0220.19320.0353-0.1633-0.00870.0422-0.00380.02130.04190.00970.054838.2829-16.64711.5989
221.2989-0.068-1.10110.1834-0.11892.1577-0.07370.25230.0164-0.0704-0.0144-0.0250.1722-0.18170.08810.0983-0.02310.00820.06280.01860.023253.9147-4.0099-22.0093
233.0608-1.4071-1.79182.54742.23254.3878-0.1333-0.04180.02150.15380.0969-0.15410.40120.39920.03640.10740.04340.0270.0890.03120.031764.4425-5.8793-22.8523
240.54780.2070.02851.0717-0.11290.6607-0.0096-0.0105-0.03690.06130.0153-0.0357-0.00820.001-0.00570.0456-0.00150.0050.0207-0.00140.018551.1651-13.06152.6644
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 79
2X-RAY DIFFRACTION2A80 - 158
3X-RAY DIFFRACTION3A159 - 215
4X-RAY DIFFRACTION4A216 - 392
5X-RAY DIFFRACTION5B3 - 31
6X-RAY DIFFRACTION6B32 - 100
7X-RAY DIFFRACTION7B101 - 216
8X-RAY DIFFRACTION8B217 - 392
9X-RAY DIFFRACTION9C3 - 98
10X-RAY DIFFRACTION10C99 - 140
11X-RAY DIFFRACTION11C141 - 215
12X-RAY DIFFRACTION12C216 - 392
13X-RAY DIFFRACTION13D3 - 79
14X-RAY DIFFRACTION14D80 - 158
15X-RAY DIFFRACTION15D159 - 215
16X-RAY DIFFRACTION16D216 - 392
17X-RAY DIFFRACTION17E3 - 79
18X-RAY DIFFRACTION18E80 - 158
19X-RAY DIFFRACTION19E159 - 215
20X-RAY DIFFRACTION20E216 - 392
21X-RAY DIFFRACTION21F3 - 79
22X-RAY DIFFRACTION22F80 - 158
23X-RAY DIFFRACTION23F159 - 215
24X-RAY DIFFRACTION24F216 - 392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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