PDB-3un3: phosphopentomutase T85Q variant soaked with glucose 1,6-bisphosphate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3un3

タイトル

phosphopentomutase T85Q variant soaked with glucose 1,6-bisphosphate

要素

Phosphopentomutase

キーワード

ISOMERASE / alkaline phosphatase family

機能・相同性

機能・相同性情報

metabolic compound salvage / phosphopentomutase / phosphopentomutase activity / 2-deoxyribose 1-phosphate catabolic process / 5-phosphoribose 1-diphosphate biosynthetic process / nucleotide metabolic process / manganese ion binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Iverson, T.M. / Birmingham, W.R. / Panosian, T.D. / Nannemann, D.P. / Bachmann, B.O.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Molecular Differences between a Mutase and a Phosphatase: Investigations of the Activation Step in Bacillus cereus Phosphopentomutase.
著者: Iverson, T.M. / Panosian, T.D. / Birmingham, W.R. / Nannemann, D.P. / Bachmann, B.O.

履歴

登録	2011年11月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月21日	Group: Database references
改定 1.2	2019年7月17日	Group: Advisory / Data collection / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3un3.cif.gz	501.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3un3.ent.gz	413 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3un3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/3un3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/3un3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3twzC 3tx0C 3un2C 3un5C 3unyC 3uo0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3uny-6 4lrc-2 3m8y-1 3uny-2 4lr7-2 3m8y-2 4lr7-3 3un5-6 4lr7-1 4lre-1 4lrf-2 3uo0-2 3m8z-1 3un2-2 3m8z-3 3un2-3 3uo0-3 1kct-d 3m8z-2 4n7t-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Phosphopentomutase

B: Phosphopentomutase

C: Phosphopentomutase

ヘテロ分子

135 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Phosphopentomutase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Phosphopentomutase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Phosphopentomutase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	91.560, 76.781, 106.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.55, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Phosphopentomutase / Phosphodeoxyribomutase

分子量: 44538.352 Da / 分子数: 3 / 変異: T85Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: deoB, BC_4087 / プラスミド: pET / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q818Z9, phosphopentomutase

#2: 化合物

ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION

分子量: 54.938 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

#3: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#4: 糖

ChemComp-G16 / 1,6-di-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE 1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-alpha-D-glucose / 1,6-di-O-phosphono-D-glucose / 1,6-di-O-phosphono-glucose

タイプ: D-saccharide / 分子量: 339.108 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₃O₁₂P₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 887 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, 50 mM manganese chloride, 17% PEG3350, 75 mM ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月21日
放射	モノクロメーター: Diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 130496 / Num. obs: 125668 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / % possible all: 77.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109 an CNS 1.3	精密化
CNS		精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 5.061 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19115	5997	4.8 %	RANDOM
R_work	0.1645	-	-	-
obs	0.16576	119209	96.46 %	-
all	-	130496	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.788 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.8 Å²	0 Å²	-1.05 Å²
2-	-	-1.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9182	0	70	887	10139

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	9457
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.092	1.991	12781
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.472	5	1176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.027	25.147	443
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.14	15	1682
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.014	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1396
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	7170
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.315	1.5	5825
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.614	2	9390
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.207	3	3632
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.047	4.5	3391
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.304	337	-
R_work	0.268	6823	-
obs	-	-	75.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1613	-0.1541	-0.378	1.6305	0.3111	1.2044	0.0048	0.3188	-0.005	-0.2862	0.0105	0.0787	-0.0061	-0.0403	-0.0152	0.0944	0.001	-0.0056	0.0608	0.0123	0.0247	1.464	5.801	-14.514
2	3.5853	-0.1198	2.3644	0.1327	-0.3397	2.6733	0.162	0.0363	-0.0407	-0.0173	-0.0936	-0.0988	0.121	0.4325	-0.0684	0.0936	0	0.0049	0.151	-0.0228	0.1796	21.25	18.14	6.689
3	2.9015	-1.2331	1.6422	5.7461	-3.9485	5.3193	0.2006	-0.2172	-0.1452	0.0045	-0.0372	0.2127	0.1738	-0.0453	-0.1634	0.034	-0.0242	-0.0228	0.1391	-0.0343	0.0999	18.788	15.567	16.397
4	1.2365	-0.1182	-0.357	1.8009	0.1991	0.9507	-0.0247	-0.0447	0.0379	0.014	0.0128	0.1331	0.0017	-0.0285	0.0119	0.0311	-0.0051	0.0026	0.0076	0.0026	0.0197	-2.2	9.231	-2.323
5	2.7565	-0.348	2.2559	1.0714	-0.6063	4.9617	-0.0817	0.0128	0.1096	-0.1063	0.0446	0.1833	-0.1777	-0.3292	0.0371	0.025	0.0082	-0.0149	0.0391	-0.0022	0.1	-27.205	-0.672	46.369
6	1.0462	0.8659	0.0782	2.6225	0.0607	1.551	-0.0234	0.108	-0.0492	-0.0465	0.0831	0.2706	0.1084	-0.2535	-0.0598	0.0309	0.0026	-0.0147	0.0829	0.0076	0.119	-30.2	-5.062	46.255
7	4.6023	-1.6522	-0.3333	1.921	0.5555	2.4156	0.0658	0.3635	0.082	-0.0239	-0.0954	0.0057	0.0834	0.0326	0.0297	0.0853	-0.0202	0.0076	0.0999	0.0311	0.0538	-1.279	3.746	29.451
8	0.8717	0.2118	0.357	1.523	-0.0338	1.4361	-0.0061	-0.0294	0.0002	0.0286	0.0262	0.0623	-0.02	0.0019	-0.0202	0.0112	0.0017	0.0205	0.0021	0.0018	0.0558	-19.983	-3.409	52.746
9	1.2109	-0.5539	1.4711	1.8214	-1.4483	4.7113	0.0862	0.1431	0.0148	-0.0892	-0.2362	-0.2055	0.4575	1.1713	0.15	0.0629	0.1407	0.0107	0.4898	0.0422	0.1118	25.389	-7.797	62.096
10	5.4157	0.5797	-1.6562	1.7716	-0.8669	2.8901	0.0189	-0.8117	0.0972	0.0971	-0.0598	-0.1505	-0.1181	0.6186	0.0408	0.1383	0.0215	-0.0021	0.3451	-0.0423	0.0881	2.274	-1.512	85.139
11	4.6808	-0.1293	-0.3391	3.3133	0.0867	4.647	-0.1255	-0.1607	0.0255	-0.0485	0.1062	-0.0318	-0.0519	0.2798	0.0194	0.0411	0.037	0.0177	0.1055	-0.0187	0.0423	-3.995	-3.408	78.022
12	1.0993	-0.5034	1.0771	1.4934	-1.2827	4.8131	0.1081	0.0861	0.0099	-0.1545	-0.1099	0.002	0.3496	0.6654	0.0018	0.0571	0.0782	0.0072	0.2173	0.0025	0.0723	16.536	-5.114	56.196

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 79
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	80 - 158
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	159 - 215
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	216 - 392
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	3 - 31
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	32 - 100
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	101 - 216
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	217 - 392
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	3 - 98
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	99 - 140
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	141 - 215
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	216 - 392

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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