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万見
- PDB-3umj: Crystal Structure of D311E Lipase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3umj
タイトルCrystal Structure of D311E Lipase
要素Thermostable lipase
キーワードHYDROLASE / thermostable D311E lipase
機能・相同性
機能・相同性情報


triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
triacylglycerol lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus zalihae (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ruslan, R. / Rahman, R.N.Z.R.A. / Leow, T.C. / Ali, M.S.M. / Basri, M. / Salleh, A.B.
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2012
タイトル: Improvement of Thermal Stability via Outer-Loop Ion Pair Interaction of Mutated T1 Lipase from Geobacillus zalihae Strain T1
著者: Ruslan, R. / Rahman, R.N.Z.R.A. / Leow, T.C. / Ali, M.S.M. / Basri, M. / Salleh, A.B.
履歴
登録2011年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thermostable lipase
B: Thermostable lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,01013
ポリマ－86,4062
非ポリマー60411
水11,205622
1
A: Thermostable lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5517
ポリマ－43,2031
非ポリマー3486
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Thermostable lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4596
ポリマ－43,2031
非ポリマー2565
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.323, 81.162, 100.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.49, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-389-

HOH

21B-620-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Thermostable lipase


分子量: 43203.094 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 30-416 / 変異: D311E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus zalihae (バクテリア)
プラスミド: PGEX/T1S / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q842J9, triacylglycerol lipase

-
非ポリマー , 6種, 633分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 622 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.13 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M MES, 0.1M Sodium phosphate, 0.1M Potassium phosphate, 1.5M NaCl, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月4日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→37.57 Å / Num. obs: 88705 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 4.9 / 冗長度: 2.93 % / Rmerge(I) obs: 0.0833 / Rsym value: 0.092
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 2.15 % / Rmerge(I) obs: 0.1946 / Mean I/σ(I) obs: 4.01 / % possible all: 91.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSデータ収集
XPREPデータ削減
REFMAC5.5.0109精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DSN

2dsn


解像度: 2.1→33.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 4.106 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21163 2677 5.1 %RANDOM
Rwork0.15518 ---
obs0.15806 50139 96.78 %-
all-88705 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.722 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→33.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6102 0 26 622 6750
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0216285
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7861.9358543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.435771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.82223.121314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.68115951
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4831550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2893
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214956
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0641.53825
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.81726124
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.10832460
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8224.52419
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 185 -
Rwork0.21 3443 -
obs--91.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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