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- PDB-3umc: Crystal Structure of the L-2-Haloacid Dehalogenase PA0810 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3umc
タイトルCrystal Structure of the L-2-Haloacid Dehalogenase PA0810
要素haloacid dehalogenase
キーワードHYDROLASE / Haloacid dehalogenase-like hydrolase protein superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


(S)-2-haloacid dehalogenase / (S)-2-haloacid dehalogenase activity
類似検索 - 分子機能
L-2-Haloacid dehalogenase / : / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 ...L-2-Haloacid dehalogenase / : / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(S)-2-haloacid dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Petit, P. / Chan, P.W.Y. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F. / Edwards, E.A. / Pai, E.F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural adaptations of L-2-haloacid dehalogenases that enable hydrolytic defluorination
著者: Chan, P.W.Y. / To, T.K.W. / Petit, P. / Tran, C. / Waelti, M. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F. / Edwards, E.A. / Pai, E.F.
履歴
登録2011年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: haloacid dehalogenase
B: haloacid dehalogenase
C: haloacid dehalogenase
D: haloacid dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,34810
ポリマ－116,1604
非ポリマー1886
水8,737485
1
A: haloacid dehalogenase
C: haloacid dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1745
ポリマ－58,0802
非ポリマー943
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area19540 Å2
手法PISA
2
B: haloacid dehalogenase
D: haloacid dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1745
ポリマ－58,0802
非ポリマー943
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area19150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.424, 123.867, 125.599
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.970, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
haloacid dehalogenase / L-2-Haloacid Dehalogenase PA0810


分子量: 29039.936 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA0810 / プラスミド: p15TV-L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I5C9, (S)-2-haloacid dehalogenase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 485 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG3350, 0.2 M diammonium citrate, cryoprotectant: Paratone N, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月1日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→125.581 Å / Num. all: 60928 / Num. obs: 60928 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.15-2.276.60.3012.45837588720.301100
2.27-2.46.60.2183.45552284260.218100
2.4-2.576.60.1574.85204478960.157100
2.57-2.786.60.10674835173430.106100
2.78-3.046.60.0769.74447067740.076100
3.04-3.46.50.0514.34005661270.05100
3.4-3.936.50.03917.43498854150.039100
3.93-4.816.30.034192894645940.034100
4.81-6.86.50.03518.62309835430.035100
6.8-28.3776.20.03515.61195019380.03597.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.15データスケーリング
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→28.377 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 4.967 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2361 3025 5.1 %RANDOM
Rwork0.1903 ---
obs0.1927 59609 97.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 83.35 Å2 / Biso mean: 30.4834 Å2 / Biso min: 4.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.09 Å20 Å2-0.59 Å2
2--0.51 Å20 Å2
3---0.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→28.377 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7401 0 6 485 7892
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0217594
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025134
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7171.95710331
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.013312410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.755925
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.93123.44375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.374151221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4211564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.21107
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0218530
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021602
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1181.54631
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2711.51870
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.02227338
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.14232963
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6114.52993
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 232 -
Rwork0.233 4012 -
all-4244 -
obs--94.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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