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- PDB-3umb: Crystal Structure of the L-2-Haloacid Dehalogenase RSc1362 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3umb
タイトルCrystal Structure of the L-2-Haloacid Dehalogenase RSc1362
要素dehalogenase-like hydrolase
キーワードHYDROLASE / Haloacid dehalogenase-like hydrolase protein superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


(S)-2-haloacid dehalogenase / (S)-2-haloacid dehalogenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
L-2-Haloacid dehalogenase / : / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 ...L-2-Haloacid dehalogenase / : / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / (S)-2-haloacid dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia solanacearum (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Petit, P. / Chan, P.W.Y. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F. / Edwards, E.A. / Pai, E.F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural adaptations of L-2-haloacid dehalogenases that enable hydrolytic defluorination
著者: Chan, P.W.Y. / To, T.K.W. / Petit, P. / Tran, C. / Waelti, M. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F. / Edwards, E.A. / Pai, E.F.
履歴
登録2011年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dehalogenase-like hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2079
ポリマ－25,9511
非ポリマー2568
水1,24369
1
A: dehalogenase-like hydrolase
ヘテロ分子

A: dehalogenase-like hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,41418
ポリマ－51,9012
非ポリマー51216
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
Buried area3860 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area17560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.380, 129.570, 54.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-234-

K

21A-236-

CL

31A-240-

MG

41A-241-

MG

51A-248-

HOH

61A-255-

HOH

71A-305-

HOH

81A-306-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 dehalogenase-like hydrolase / L-2-Haloacid Dehalogenase RSc1362


分子量: 25950.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia solanacearum (バクテリア)
遺伝子: RSc1362 / プラスミド: p15TV-L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8XZN3, (S)-2-haloacid dehalogenase

-
非ポリマー , 5種, 77分子

#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 15% isopropanol, 0.1 M potassium chloride, 25 mM magnesium chloride, 2% 1,4-dioxane, 50 mM sodium cacodylate, pH 6.0, cryoprotectant: Paratone N, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年5月1日 / 詳細: Varimax optics
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→64.785 Å / Num. all: 12258 / Num. obs: 12258 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.2-2.3270.2143.51229917540.214100
2.32-2.467.10.14951181916700.149100
2.46-2.637.10.1076.91097915520.107100
2.63-2.847.10.073101061714900.073100
2.84-3.117.10.05113.8962213480.051100
3.11-3.487.10.03718.2876912310.037100
3.48-4.027.10.0321.6778710950.03100
4.02-4.927.10.03120.266369410.031100
4.92-6.966.90.02822.251567450.028100
6.96-24.676.30.02419.827054320.02497.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.15データスケーリング
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QH9

1qh9


解像度: 2.2→24.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 8.389 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.334 / ESU R Free: 0.25 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2828 585 4.8 %RANDOM
Rwork0.2302 ---
obs0.2328 12255 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.58 Å2 / Biso mean: 33.9067 Å2 / Biso min: 6.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.82 Å20 Å20 Å2
2---1.53 Å20 Å2
3---0.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→24.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1751 0 8 69 1828
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221799
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021203
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6091.9492454
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97832904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8215226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.69422.580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.8215264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9771515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212038
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02396
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8551.51131
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1661.5456
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.57321804
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2823668
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3774.5650
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 42 -
Rwork0.332 840 -
all-882 -
obs--99.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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