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- PDB-3ulp: Plasmodium falciparum SSB complex with ssDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ulp
タイトルPlasmodium falciparum SSB complex with ssDNA
要素
  • DNA (35-MER)
  • Single-strand binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / OB-fold / DNA binding / single-stranded DNA / apicoplast / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of helicase activity / apicoplast / mitochondrial DNA replication / nucleoid / mitochondrial nucleoid / single-stranded DNA binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Single-stranded DNA-binding protein / Single-strand binding protein family / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Single-stranded DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
Synthetic DNA (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Antony, E. / Lohman, T.M. / Korolev, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Plasmodium falciparum SSB Tetramer Wraps Single-Stranded DNA with Similar Topology but Opposite Polarity to E. coli SSB.
著者: Antony, E. / Weiland, E.A. / Korolev, S. / Lohman, T.M.
履歴
登録2011年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single-strand binding protein
B: Single-strand binding protein
C: Single-strand binding protein
D: Single-strand binding protein
R: DNA (35-MER)
Q: DNA (35-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7506
ポリマ－79,7506
非ポリマー00
水4,107228
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20700 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area25530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.017, 82.794, 87.556
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.57, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-229-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Single-strand binding protein


分子量: 14636.719 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 77-200 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: PFE0435c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8I415
#2: DNA鎖 DNA (35-MER)


分子量: 10601.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic DNA (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris Propane, pH 8.5, 20 % PEG 3350, 0.2 M sodium bromide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年3月21日
放射モノクロメーター: VHF optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 48456 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.068
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 2375 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASES位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EQQ

1eqq


解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 5.001 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27557 2438 5.1 %RANDOM
Rwork0.21795 ---
obs0.22084 45791 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.239 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1 Å20 Å20.03 Å2
2--0.73 Å20 Å2
3----1.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3638 1000 0 228 4866
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0224812
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4682.2166693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.2575447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.69123.892167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.65415691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6681528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2770
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0190.023201
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2331.52252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.73123617
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.72732560
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.5544.53076
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 185 -
Rwork0.283 3372 -
obs--99.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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