PDB-3ulk: E. coli Ketol-acid reductoisomerase in complex with NADPH and Mg2+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ulk

タイトル

E. coli Ketol-acid reductoisomerase in complex with NADPH and Mg2+

要素

Ketol-acid reductoisomerase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Branched-chain amino acid biosynthesis / Rossmann fold / reductoisomerase / Acetolactate

機能・相同性

機能・相同性情報

2-dehydropantoate 2-reductase activity / ketol-acid reductoisomerase (NADP+) / ketol-acid reductoisomerase activity / pantothenate biosynthetic process / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / NADP binding / magnesium ion binding / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Wong, S.H. / Lonhienne, T.G.A. / Winzor, D.J. / Schenk, G. / Guddat, L.W.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Bacterial and plant ketol-acid reductoisomerases have different mechanisms of induced fit during the catalytic cycle
著者: Wong, S.H. / Lonhienne, T.G.A. / Winzor, D.J. / Schenk, G. / Guddat, L.W.

履歴

登録	2011年11月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月26日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ulk.cif.gz	407.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ulk.ent.gz	335.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ulk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3ulk_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ulk_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3ulk_validation.xml.gz	45.5 KB	表示
CIF形式データ	3ulk_validation.cif.gz	66.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/3ulk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/3ulk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1yrlS 1yve 3fr7 3fr8 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1yrl-d 6vfl-d 3k35-d 6vrw-d 6vl5-d 6v0r-d 6q93-d 1485 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (9) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ketol-acid reductoisomerase

B: Ketol-acid reductoisomerase

ヘテロ分子

111 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Ketol-acid reductoisomerase

ヘテロ分子

A: Ketol-acid reductoisomerase

ヘテロ分子

B: Ketol-acid reductoisomerase

ヘテロ分子

B: Ketol-acid reductoisomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
221 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ketol-acid reductoisomerase

ヘテロ分子

B: Ketol-acid reductoisomerase

ヘテロ分子

A: Ketol-acid reductoisomerase

ヘテロ分子

A: Ketol-acid reductoisomerase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
221 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	144.459, 144.459, 217.545
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

#1: タンパク質	Ketol-acid reductoisomerase / Acetohydroxy-acid isomeroreductase / Alpha-keto-beta-hydroxylacil reductoisomerase 分子量: 54145.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ilvC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P05793, ketol-acid reductoisomerase (NADP+)
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE 分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 770 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.34 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M LiSO4, 0.1M Tris, 15% PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月15日
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→36.2 Å / Num. all: 59991 / Num. obs: 59991 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 22 % / B_iso Wilson estimate: 27.41 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / R_sym value: 0.1 / Net I/σ(I): 57.2
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / R_merge(I) obs: 0.416 / Mean I/σ(I) obs: 12.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1yrl

1yrl

解像度: 2.3→36.15 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7921 / SU ML: 0.34 / 交差検証法: R-free / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2359	3011	5.06 %	Random
R_work	0.1744	-	-	-
all	0.1802	59548	-	-
obs	0.1774	59548	99.26 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.921 Å² / k_sol: 0.358 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 198.26 Å² / B_iso mean: 29.8796 Å² / B_iso min: 8.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.2515 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.2515 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.5031 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→36.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7558	0	145	770	8473

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8064
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.09	10935
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	1182
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1426
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.008	3065

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3003-2.3363	0.282	135	0.1988	2489	2624	98
2.3363-2.3745	0.28	121	0.1835	2543	2664	100
2.3745-2.4155	0.3119	119	0.2141	2554	2673	100
2.4155-2.4594	0.3636	124	0.2089	2518	2642	99
2.4594-2.5067	0.2935	142	0.2013	2517	2659	99
2.5067-2.5578	0.3046	148	0.1975	2503	2651	99
2.5578-2.6134	0.2958	140	0.1899	2542	2682	99
2.6134-2.6742	0.2599	159	0.1934	2521	2680	99
2.6742-2.7411	0.2892	138	0.1922	2514	2652	99
2.7411-2.8152	0.2909	145	0.21	2507	2652	99
2.8152-2.898	0.2924	107	0.1964	2581	2688	99
2.898-2.9915	0.2819	147	0.199	2536	2683	99
2.9915-3.0983	0.265	151	0.1948	2536	2687	99
3.0983-3.2223	0.2399	137	0.1894	2567	2704	100
3.2223-3.3689	0.2429	130	0.1864	2585	2715	100
3.3689-3.5463	0.2516	125	0.1865	2590	2715	100
3.5463-3.7683	0.2395	135	0.1658	2599	2734	100
3.7683-4.0589	0.1929	146	0.1524	2571	2717	99
4.0589-4.4667	0.1673	121	0.1231	2613	2734	99
4.4667-5.1115	0.1717	138	0.1203	2640	2778	99
5.1115-6.434	0.1909	143	0.174	2682	2825	100
6.434-36.1547	0.1828	160	0.1744	2829	2989	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0337	0.0354	0.0507	0.0388	0.051	0.0736	0.021	0.0176	-0.0011	-0.028	0.0928	-0.0985	-0.0138	0.1015	0.0499	0.0737	-0.0951	-0.046	0.2962	-0.0072	0.1655	25.9995	42.4892	80.9497
2	0.0109	-0.0237	0.0259	0.1048	-0.066	0.0674	-0.0652	-0.0315	-0.0531	-0.0495	0.069	-0.0187	-0.0257	-0.0274	-0.0043	0.1428	-0.0293	0.0656	0.2693	0.0482	0.1843	21.2239	46.8549	58.5734
3	0.0053	-0.0052	-0.0021	0.0052	0.0022	0.0034	-0.0032	0.0277	-0.0016	-0.0446	0.0247	0.0076	-0.0122	0.0169	-0.0028	0.1663	-0.0928	-0.0422	0.2439	0.0283	0.1166	9.8662	44.1115	52.6708
4	0.1246	-0.0893	-0.0409	0.3944	0.1172	0.0452	0.0164	0.0278	-0.0159	-0.1054	0.0727	-0.0287	0.0147	-0.0352	-0.0381	0.1348	0.0021	-0.0075	0.2412	-0.023	0.0877	14.4311	34.9359	60.7218
5	0.1396	0.0189	-0.0739	0.0105	-0.0189	0.1132	0.0637	0.0121	0.0248	-0.019	0.0214	0.0066	0.0363	0.0179	-0.0562	0.0999	0.0364	-0.0024	0.2733	-0.03	0.1645	19.1844	33.1997	70.3313
6	0.2	0.1172	0.1492	0.1735	0.0135	0.1682	0.0493	-0.0685	-0.059	-0.0081	0.0193	-0.0736	-0.0577	0.1687	0.0384	0.0849	-0.0157	0.0587	0.1539	0.0072	0.1183	21.5047	48.9832	69.4933
7	0.0028	0.0157	0.0043	0.0608	-0.0025	0.0094	-0.0701	-0.0009	0.0849	-0.1024	-0.0216	0.0593	-0.0404	-0.018	-0.03	0.0944	-0.0437	-0.0584	0.2788	-0.0713	0.19	7.1002	58.0038	82.3038
8	0.1582	-0.0673	0.0572	0.0689	-0.0565	0.0649	0.0093	-0.0452	0.0617	0.0206	-0.0305	-0.0394	0.0312	0.0084	0.0051	0.069	-0.0569	-0.021	0.2405	-0.0224	0.1068	6.2542	54.7189	97.2932
9	0.0195	0.0073	0.0075	0.0023	0.0024	0.0003	-0.0004	0.0017	0.0003	-0.0097	-0.0741	0.0513	0.0078	-0.0757	-0.0306	0.0204	-0.0313	-0.0829	0.2137	-0.081	0.2105	-5.5219	52.0205	81.517
10	0.0199	-0.0281	-0.0009	0.0548	0.0021	0.0104	0.0109	0.0206	0.0394	-0.0284	-0.0669	-0.0134	-0.0182	0.0106	-0.0049	0.0444	-0.0584	-0.0476	0.3034	-0.0574	0.1245	5.4943	53.5495	84.4941
11	0.0058	-0.0085	0.0049	0.043	0.011	0.0785	-0.0535	0.0485	0.0077	0.0056	-0.0914	0.0117	-0.0453	0.02	-0.0197	0.0595	-0.0746	-0.0337	0.2454	-0.069	0.167	11.771	67.1323	93.2129
12	0.1116	0.0804	-0.0458	0.0891	-0.0156	0.0752	0.0471	0.1288	-0.0189	0.0503	0.0711	-0.0225	0.0405	0.0444	0.0567	0.0925	0.0504	-0.0705	0.1538	-0.0206	0.0857	18.9313	43.1693	168.6766
13	0.1269	-0.0485	-0.0303	0.1187	-0.0177	0.0881	0.0223	-0.0321	-0.0176	0.0106	-0.0096	0.0703	0.0127	0.0101	0.0079	0.1366	0.0257	-0.0169	0.0747	-0.0164	0.1037	3.3644	57.6719	189.0945

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resseq 1:32)	A	1 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and (resseq 33:58)	A	33 - 58
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and (resseq 59:87)	A	59 - 87
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and (resseq 88:121)	A	88 - 121
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and (resseq 122:147)	A	122 - 147
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain A and (resseq 148:186)	A	148 - 186
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain A and (resseq 187:278)	A	187 - 278
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain A and (resseq 279:309)	A	279 - 309
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain A and (resseq 310:358)	A	310 - 358
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain A and (resseq 359:431)	A	359 - 431
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain A and (resseq 432:489)	A	432 - 489
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain B and (resseq 1:226)	B	1 - 226
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain B and (resseq 227:489)	B	227 - 489

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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