[日本語] English
万見
- PDB-3ulf: The light state structure of the blue-light photoreceptor Aureoch... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ulf
タイトルThe light state structure of the blue-light photoreceptor Aureochrome1 LOV
要素Aureochrome1
キーワードSIGNALING PROTEIN / PAS/LOV domain / FMN-binding blue-light photoreceptor
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Basic region leucine zipper / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain superfamily / Basic-leucine zipper domain / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) ...Basic region leucine zipper / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain superfamily / Basic-leucine zipper domain / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Aureochrome1
類似検索 - 構成要素
生物種Vaucheria frigida (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Mitra, D. / Yang, X. / Moffat, K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Crystal structures of Aureochrome1 LOV suggest new design strategies for optogenetics.
著者: Mitra, D. / Yang, X. / Moffat, K.
履歴
登録2011年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月20日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Aureochrome1
B: Aureochrome1
C: Aureochrome1
D: Aureochrome1
E: Aureochrome1
F: Aureochrome1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,23914
ポリマ－113,3116
非ポリマー2,9288
水1,35175
1
A: Aureochrome1
B: Aureochrome1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7785
ポリマ－37,7702
非ポリマー1,0083
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area12960 Å2
手法PISA
2
C: Aureochrome1
D: Aureochrome1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6834
ポリマ－37,7702
非ポリマー9132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3200 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area13710 Å2
手法PISA
3
E: Aureochrome1
F: Aureochrome1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7785
ポリマ－37,7702
非ポリマー1,0083
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area13100 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17740 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area33710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.980, 73.980, 176.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

#1: タンパク質
Aureochrome1


分子量: 18885.207 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 176-337 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaucheria frigida (真核生物) / 遺伝子: AUREO1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8QW55
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 100 mM phosphate-citrate buffer (pH 4.2), 20% (w/v) PEG 8000, and 200 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月18日
放射モノクロメーター: Bent Ge(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 21113 / Num. obs: 21007 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.615 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→34.105 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2641 1071 5.14 %
Rwork0.201 --
obs0.2043 20832 99.4 %
all-20958 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 81.284 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.2098 Å20 Å2-0 Å2
2--12.2098 Å20 Å2
3----24.4195 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→34.105 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6092 0 196 75 6363
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036415
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7038734
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8642316
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05983
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021109
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.03190.35681350.2712435X-RAY DIFFRACTION99
3.0319-3.19170.291410.21912491X-RAY DIFFRACTION99
3.1917-3.39150.27911320.18892433X-RAY DIFFRACTION99
3.3915-3.6530.23411380.17412460X-RAY DIFFRACTION99
3.653-4.02010.26411470.17632458X-RAY DIFFRACTION100
4.0201-4.60070.26151350.16742478X-RAY DIFFRACTION100
4.6007-5.79170.21411230.17642495X-RAY DIFFRACTION100
5.7917-34.10750.26941200.22622511X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6111-2.0821.02322.9355-0.24543.51150.02280.0438-0.1177-0.0513-0.13490.049-0.0765-0.4670.11220.2453-0.1142-0.00340.4463-0.06350.3716.5456-16.183516.2898
22.61790.3257-0.99763.3012-0.39013.9104-0.03720.36410.091-0.3346-0.03630.0821-0.02740.10570.08620.18980.10560.01180.35550.03630.309-4.3361-10.20470.4937
31.71610.4438-0.12211.06590.14030.12550.6068-1.1281-0.18350.6545-0.91980.36010.1078-0.39080.20131.3547-0.29250.55671.2456-0.23291.3298-2.6119-42.800815.1247
41.0278-0.12550.11442.3642-0.13710.5625-0.62340.4648-0.1727-0.49960.31571.35910.09790.14320.26591.1436-0.24510.20581.25-0.48151.2935-5.6043-39.3381-13.7095
53.8746-2.45180.60162.0617-1.22422.6686-0.0381-0.1109-0.1885-0.12570.17420.07730.41030.0113-0.06210.3515-0.08840.04730.19770.02420.238520.8418-20.4364-16.0521
62.3558-0.10010.0582.83790.66873.6837-0.0072-0.3129-0.20310.3108-0.1123-0.1046-0.04450.0090.11350.4230.0993-0.04980.2852-0.03880.312926.7111-41.3547-0.2494
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D
5X-RAY DIFFRACTION5chain E
6X-RAY DIFFRACTION6chain F

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る