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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ul4
タイトルCrystal structure of Coh-OlpA(Cthe_3080)-Doc918(Cthe_0918) complex: A novel type I Cohesin-Dockerin complex from Clostridium thermocellum ATTC 27405
要素
  • Cellulosome enzyme, dockerin type I
  • Cellulosome-anchoring protein
キーワードCELL ADHESION/PROTEIN BINDING / CELLULOSOME / COHESIN / DOCKERIN / TYPE I COHESIN-DOCKERIN COMPLEX / PROTEIN-PROTEIN INTERACTION / CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM / CELL ADHESION / CELL ADHESION-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


S-layer / cell wall / cellulose catabolic process / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Type 1 dockerin domain / Dockerin domain / Immunoglobulin-like - #680 / S-layer homology domain / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / S-layer homology domain / S-layer homology (SLH) domain profile. / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Dockerin domain ...Type 1 dockerin domain / Dockerin domain / Immunoglobulin-like - #680 / S-layer homology domain / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / S-layer homology domain / S-layer homology (SLH) domain profile. / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / : / Cellulosome enzyme, dockerin type I / Cellulosome-anchoring protein
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Alves, V.D. / Carvalho, A.L. / Najmudin, S.H. / Bras, J. / Prates, J.A.M. / Fontes, C.M.G.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Novel Clostridium thermocellum Type I Cohesin-Dockerin Complexes Reveal a Single Binding Mode.
著者: Bras, J.L. / Alves, V.D. / Carvalho, A.L. / Najmudin, S. / Prates, J.A. / Ferreira, L.M. / Bolam, D.N. / Romao, M.J. / Gilbert, H.J. / Fontes, C.M.
履歴
登録2011年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellulosome-anchoring protein
B: Cellulosome enzyme, dockerin type I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,63212
ポリマ－24,7432
非ポリマー88910
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area10200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.050, 130.050, 70.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-69-

SO4

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cellulosome-anchoring protein


分子量: 17426.791 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 30-175 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
株: ATCC 27405 / 遺伝子: ancA, Cthe_3080 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner cells / 参照: UniProt: Q06848
#2: タンパク質 Cellulosome enzyme, dockerin type I


分子量: 7316.546 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 1146-1209 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
株: ATCC 27405 / 遺伝子: Cthe_0918 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner cells / 参照: UniProt: A3DDX3, UniProt: L7MTK2*PLUS

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非ポリマー , 4種, 188分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.98 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7.5
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 10% w/v PEG 8000+, 10% w/v PEG 1000, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.946→91.959 Å / Num. obs: 22341 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.4 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 1.95→2.05 Å / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.42 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.9データスケーリング
PHENIX1.7.2_865精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→32.79 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.69 / SU ML: 0.53 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 1141 5.11 %
Rwork0.175 --
obs0.176 22324 100 %
all-22332 -
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.23 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.2934 Å2-0 Å20 Å2
2---9.2934 Å2-0 Å2
3---18.5869 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→32.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1596 0 50 178 1824
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141673
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3142264
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.056627
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076264
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005280
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9461-2.03470.24861440.20582583X-RAY DIFFRACTION100
2.0347-2.14190.2181560.16832595X-RAY DIFFRACTION100
2.1419-2.27610.22341350.15292607X-RAY DIFFRACTION100
2.2761-2.45180.21671570.16162621X-RAY DIFFRACTION100
2.4518-2.69840.2031480.17142618X-RAY DIFFRACTION100
2.6984-3.08860.20811230.17822666X-RAY DIFFRACTION100
3.0886-3.89040.23131270.17482696X-RAY DIFFRACTION100
3.8904-32.7930.17721510.17932797X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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