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- PDB-3ukd: UMP/CMP KINASE FROM SLIME MOLD COMPLEXED WITH ADP, CMP, AND ALF3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ukd
タイトルUMP/CMP KINASE FROM SLIME MOLD COMPLEXED WITH ADP, CMP, AND ALF3
要素URIDYLMONOPHOSPHATE/CYTIDYLMONOPHOSPHATE KINASE
キーワードTRANSFERASE / NUCLEOSIDE MONOPHOSPHATE KINASE / NMP KINASE / PHOSPHORYL TRANSFER / TRANSITION STATE ANALOG COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine nucleobase salvage / nucleotide salvage / UMP/CMP kinase / CMP kinase activity / dCMP kinase activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / phosphotransferase activity, phosphate group as acceptor / CDP biosynthetic process / (d)CMP kinase activity / UMP kinase activity ...pyrimidine nucleobase salvage / nucleotide salvage / UMP/CMP kinase / CMP kinase activity / dCMP kinase activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / phosphotransferase activity, phosphate group as acceptor / CDP biosynthetic process / (d)CMP kinase activity / UMP kinase activity / adenylate kinase activity / UDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / phosphorylation / magnesium ion binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
UMP-CMP kinase / Adenylate kinase / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ALUMINUM FLUORIDE / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP-CMP kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Schlichting, I. / Reinstein, J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Structures of active conformations of UMP kinase from Dictyostelium discoideum suggest phosphoryl transfer is associative.
著者: Schlichting, I. / Reinstein, J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Crystal Structure of the Complex of Ump/Cmp Kinase from Dictyostelium Discoideum and the Bisubstrate Inhibitor P1-(5'-Adenosyl) P5-(5'-Uridyl) Pentaphosphate (Up5A) and Mg2+ at 2.2 A: ...タイトル: Crystal Structure of the Complex of Ump/Cmp Kinase from Dictyostelium Discoideum and the Bisubstrate Inhibitor P1-(5'-Adenosyl) P5-(5'-Uridyl) Pentaphosphate (Up5A) and Mg2+ at 2.2 A: Implications for Water-Mediated Specificity
著者: Scheffzek, K. / Kliche, W. / Wiesmuller, L. / Reinstein, J.
#2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1995
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Ump/Cmp-Kinase from Dictyostelium Discoideum with the Specific Bisubstrate Inhibitor P1-(Adenosine 5')-P5-(Uridine 5')-Pentaphosphate (Up5A)
著者: Wiesmuller, L. / Scheffzek, K. / Kliche, W. / Goody, R.S. / Wittinghofer, A. / Reinstein, J.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990
タイトル: Cdna-Derived Sequence of Ump-Cmp Kinase from Dictyostelium Discoideum and Expression of the Enzyme in Escherichia Coli
著者: Wiesmuller, L. / Noegel, A.A. / Barzu, O. / Gerisch, G. / Schleicher, M.
履歴
登録1997年5月20日処理サイト: BNL
改定 1.01998年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: URIDYLMONOPHOSPHATE/CYTIDYLMONOPHOSPHATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8305
ポリマ－21,9711
非ポリマー8594
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.800, 78.800, 100.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 URIDYLMONOPHOSPHATE/CYTIDYLMONOPHOSPHATE KINASE / UMP/CMP KINASE


分子量: 21970.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
株: AX2-214 / 遺伝子: KCY_DICDI / プラスミド: PIMS5-CDUK-1 / 遺伝子 (発現宿主): KCY_DICDI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20425, UMP/CMP kinase

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非ポリマー , 5種, 158分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP


分子量: 323.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O8P
#5: 化合物 ChemComp-AF3 / ALUMINUM FLUORIDE / トリフルオロアルミニウム


分子量: 83.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細ALF3 IS A PLANAR TRIGONAL TRANSITION STATE ANALOG OF THE PHOSPHORYL GROUP BEING TRANSFERRED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.64 mMUmpKdicty11
20.8 mMADP11
30.8 mMCMP11or UMP
4100 mMTris-HCl11
530 mM11MgCl2
640 mMDTE11
70.8 mM11or BeCl2AlCl3
84 mM11NaF
9PEG400012

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE AREA DETECTOR / 日付: 1996年6月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Y / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→9.9 Å / Num. obs: 24834 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.087
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.346 / % possible all: 79
反射
*PLUS
Num. measured all: 101015
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 79 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 1.9→9.9 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 -5 %
Rwork0.198 --
obs0.198 24834 93 %
原子変位パラメータBiso mean: 27.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→9.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1515 0 52 154 1721
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.19
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d2.21
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg2.21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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