PDB-3ngw: Crystal Structure of Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ngw

タイトル

Crystal Structure of Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein A from Archaeoglobus fulgidus, Northeast Structural Genomics Consortium Target GR189

要素

Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein A (MobA)

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / alpha-beta protein / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG

機能・相同性

機能・相同性情報

Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / nucleotidyltransferase activity / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Archaeoglobus fulgidus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.31 Å

データ登録者

Forouhar, F. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Patel, P. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target GR189
著者: Forouhar, F. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Patel, P. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.

履歴

登録	2010年6月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.name
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ngw.cif.gz	54.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ngw.ent.gz	39.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ngw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/3ngw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/3ngw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2tps-1 5ycb-1 2tps-2 1zyn-1 1e5k-d 3sd9-2 1ukz-d 6ldq-2 1g4e-2 5x6l-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GR189

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein A (MobA)

ヘテロ分子

24.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering

2

A: Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein A (MobA)

ヘテロ分子

A: Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein A (MobA)

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
48.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.100, 116.100, 116.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	199
Space group name H-M	I2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-210- CA

詳細

The current crystal structure reveals that the protein forms dimer, whereas the static light scattering data suggests that it forms monomer in the solution.

#1: タンパク質	Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein A (MobA) 分子量: 24015.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: DSM 4304 / 遺伝子: AF_2005, mobA / プラスミド: pET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: O28274
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.7 %
結晶化	温度: 277 K / pH: 7 詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: 0.1M Bis-Tris Propane (pH 7), 20% (W/V) PEG 8k, 0.1M calcium chloride dihydrate, and 20% ...詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: 0.1M Bis-Tris Propane (pH 7), 20% (W/V) PEG 8k, 0.1M calcium chloride dihydrate, and 20% ethylene glycol as the cryo-protectant, Microbatch, under oil, temperature 277K

結晶

マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.7 %

結晶化

温度: 277 K / pH: 7
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: 0.1M Bis-Tris Propane (pH 7), 20% (W/V) PEG 8k, 0.1M calcium chloride dihydrate, and 20% ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97908 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月3日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97908 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 22242 / Num. obs: 21953 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 26.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.093 / R_sym value: 0.067 / Net I/σ(I): 20.05
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.498 / Mean I/σ(I) obs: 2.96 / Num. unique all: 2218 / R_sym value: 0.433 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1.2	精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SnB	followed by SOLVE/RESOLVE	位相決定
REFMAC		精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.31→19.91 Å / R_factor R_free error: 0.005 / Data cutoff high absF: 365342.156 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.226	1757	9.4 %	RANDOM
R_work	0.183	-	-	-
all	0.192	22240	-	-
obs	0.187	18771	84.4 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 40.634 Å² / k_sol: 0.35 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.32 Å	0.25 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.26 Å	0.2 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.31→19.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1559	0	2	58	1619

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.2
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	22.5
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.77

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.38 Å / R_factor R_free error: 0.022 / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	126	9.4 %
R_work	0.209	1211	-
obs	-	1337	58.4 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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