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万見
- PDB-3uk3: Crystal structure of ZNF217 bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uk3
タイトルCrystal structure of ZNF217 bound to DNA
要素
  • 5'-D(*AP*AP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*CP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*CP*A)-3'
  • Zinc finger protein 217
キーワードDNA/METAL BINDING PROTEIN / Zinc Finger / Transcription factor / DNA binding / DNA-METAL BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone deacetylase complex / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription ...histone deacetylase complex / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Classic Zinc Finger / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Zinc finger protein 217
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Vandevenne, M.S. / Jacques, D.A. / Guss, J.M. / Mackay, J.P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Rediscovering DNA recognition by classical Zinc Fingers.
著者: Vandevenne, M.S. / Jacques, D.A. / Guss, J.M. / Mackay, J.P.
履歴
登録2011年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*TP*TP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*CP*A)-3'
B: 5'-D(*AP*AP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*CP*A)-3'
C: Zinc finger protein 217
D: Zinc finger protein 217
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,52213
ポリマ－25,9634
非ポリマー5599
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5670 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area13050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.670, 40.980, 52.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.210, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*CP*A)-3'


分子量: 6123.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*CP*A)-3'


分子量: 6142.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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タンパク質 , 1種, 2分子 CD

#3: タンパク質 Zinc finger protein 217 / transcription factor ZnF217


分子量: 6848.725 Da / 分子数: 2 / Fragment: Zinc fingers 6 and 7 (UNP RESIDUES 469-523) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZNF217, ZABC1 / プラスミド: pMal / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: O75362

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非ポリマー , 3種, 66分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.57 % / Mosaicity: 1.731 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.01M Zinc chloride, 0.1M MES, 20% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年10月7日 / 詳細: osmic mirrors
放射モノクロメーター: OSMIC VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→61.84 Å / Num. all: 15360 / Num. obs: 15360 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.147.90.8987681.0571100
2.14-2.177.90.7887761.0481100
2.17-2.227.90.7037351.071100
2.22-2.267.90.6657981.0581100
2.26-2.3180.5957321.0511100
2.31-2.367.90.5297741.0211100
2.36-2.4280.4677561.0971100
2.42-2.497.90.4027441.0421100
2.49-2.568.10.327791.0791100
2.56-2.6480.277681.0251100
2.64-2.748.10.2087731.0211100
2.74-2.858.10.1967410.981100
2.85-2.978.10.177750.9591100
2.97-3.138.20.1347791.0271100
3.13-3.3280.0847441.028199.1
3.32-3.588.10.0847650.9441100
3.58-3.938.20.077790.9581100
3.93-4.498.20.0617791.051100
4.49-5.68.20.0567881.088199.9
5.6-1580.0618071.0111100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 44.53 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.1 Å14.99 Å
Translation2.1 Å14.99 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / WRfactor Rfree: 0.2676 / WRfactor Rwork: 0.2417 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7771 / SU B: 15.002 / SU ML: 0.174 / SU R Cruickshank DPI: 0.2375 / SU Rfree: 0.1931 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2558 769 5 %RANDOM
Rwork0.2236 ---
obs0.2253 15288 98.33 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 110.15 Å2 / Biso mean: 52.0382 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.58 Å20 Å20.4 Å2
2--1.33 Å20 Å2
3---2.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数909 814 9 57 1789
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0211858
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021041
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1832.4822673
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9132534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2425106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.89621.09155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.01915160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.5041510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0490.2277
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021475
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02323
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0422529
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2642213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.913843
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.01541329
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.27761829
LS精密化 シェル解像度: 2.098→2.153 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.538 60 -
Rwork0.428 970 -
all-1030 -
obs--89.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.58363.7592-0.13253.25060.74921.3724-0.14640.2549-0.62450.00320.0658-0.2031-0.04760.01630.08060.306-0.0165-0.01270.18270.0340.128519.3587-1.594441.866
26.53974.1171.47463.07180.8080.4202-0.0019-0.20890.11620.0538-0.0558-0.1092-0.01960.06190.05770.3333-0.06420.01410.34970.01250.273226.59240.716941.8937
36.08670.90832.08656.57424.04679.08710.03740.68820.0845-0.0557-0.3277-0.0172-0.1135-0.70930.29030.2714-0.01030.03840.47020.00920.121234.90978.449933.6502
44.83230.21890.93335.34190.03334.2381-0.23720.41490.7919-0.1501-0.07060.2485-0.3698-0.1160.30780.347-0.0166-0.03810.15530.11030.32437.9806-1.864532.4413
524.722910.66183.499617.9603-6.85335.7343-0.09590.2950.13780.2475-0.5153-0.9868-0.19650.41290.61120.15790.0140.0270.24340.36150.77522.0628-0.48436.8457
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 20
3X-RAY DIFFRACTION3C471 - 522
4X-RAY DIFFRACTION4D470 - 523
5X-RAY DIFFRACTION5C1
6X-RAY DIFFRACTION5B21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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