PDB-3uid: Crystal Structure of Protein Ms6760 from Mycobacterium smegmatis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uid

タイトル

Crystal Structure of Protein Ms6760 from Mycobacterium smegmatis

要素

Putative uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / uncharacterized protein / SRPBCC superfamily / beta sandwich / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC

機能・相同性

Activator of Hsp90 ATPase homologue 1-like / Activator of Hsp90 ATPase homolog 1-like protein / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Activator of Hsp90 ATPase homologue 1/2-like C-terminal domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.571 Å

データ登録者

Bajaj, R.A. / Miallau, L. / Cascio, D. / Arbing, M. / Eisenberg, D. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of the toxin Msmeg_6760, the structural homolog of Mycobacterium tuberculosis Rv2035, a novel type II toxin involved in the hypoxic response.
著者: Bajaj, R.A. / Arbing, M.A. / Shin, A. / Cascio, D. / Miallau, L.

履歴

登録	2011年11月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月14日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uid.cif.gz	139.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uid.ent.gz	109 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uid.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/3uid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/3uid	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xuvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2y2b-2 4dm4-1 1ohu-1 3esr-d 4o2l-1 6v8s-11 3gwi-d 6vsd-1 1j0s-d 6vv4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

B: Putative uncharacterized protein

37.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative uncharacterized protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative uncharacterized protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.320, 60.210, 100.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein 分子量: 18567.389 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 株: MC2-155 / 遺伝子: MSMEG_6760 / プラスミド: pMAPLe3 (pET 28 derivative) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: A0R731
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.81 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M Na Acetate pH 4.5, 20% PEG 3000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月16日

放射

モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.57→19.63 Å / Num. obs: 39602 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 22.699 Å² / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 16.43

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.57-1.61		0.517	2.03	4757	2082	68.7
1.61-1.66		0.435	2.65	7377	2673	90.5
1.66-1.71		0.366	3.35	8280	2774	96.2
1.71-1.76		0.292	4.17	8443	2720	96.9
1.76-1.82		0.222	5.36	8333	2634	96.7
1.82-1.88		0.165	7.25	8330	2565	97.4
1.88-1.95		0.131	9.08	8372	2501	98.1
1.95-2.03		0.093	12.78	8354	2422	97.9
2.03-2.12		0.073	15.94	8055	2299	98.1
2.12-2.22		0.062	18.72	7879	2212	98
2.22-2.34		0.057	20.65	7604	2112	98.2
2.34-2.49		0.051	22.45	7284	2016	98.1
2.49-2.66		0.045	24.68	6788	1876	98.1
2.66-2.87		0.037	29.07	6335	1779	98.1
2.87-3.15		0.033	32.59	5799	1621	98.5
3.15-3.52		0.026	37.42	5232	1491	98.2
3.52-4.06		0.025	40.29	4606	1321	97.3
4.06-4.97		0.021	42.71	3876	1115	97.9
4.97-7.03		0.021	41.59	3191	906	98.2
	7.03	0.019	42.2	1607	483	89.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1XUV

1xuv

解像度: 1.571→19.627 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8723 / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.86 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.213	3965	10 %	RANDOM
R_work	0.1917	-	-	-
obs	0.1939	-	94.9 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 22.002 Å² / k_sol: 0.353 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 88.16 Å² / B_iso mean: 17.7685 Å² / B_iso min: 4.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.8706 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.5151 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.3858 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.571→19.627 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2478	0	0	197	2675

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2620
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.043	3607
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	403
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	474
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.925	921

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.571-1.5905	0.2857	86	0.2505	775	861	59
1.5905-1.6107	0.248	115	0.2275	1030	1145	77
1.6107-1.6319	0.3234	124	0.239	1114	1238	85
1.6319-1.6542	0.2586	138	0.2179	1241	1379	94
1.6542-1.6778	0.276	141	0.211	1271	1412	96
1.6778-1.7028	0.234	141	0.2218	1273	1414	97
1.7028-1.7294	0.2729	146	0.2099	1314	1460	97
1.7294-1.7578	0.2467	139	0.2084	1250	1389	96
1.7578-1.7881	0.2301	144	0.2048	1289	1433	97
1.7881-1.8206	0.2264	139	0.1878	1258	1397	96
1.8206-1.8555	0.199	146	0.1812	1311	1457	98
1.8555-1.8934	0.24	144	0.1915	1299	1443	97
1.8934-1.9345	0.2209	147	0.1994	1326	1473	98
1.9345-1.9795	0.2296	143	0.1879	1287	1430	98
1.9795-2.0289	0.2145	147	0.1884	1319	1466	97
2.0289-2.0837	0.2168	144	0.1785	1298	1442	98
2.0837-2.145	0.2046	146	0.1939	1318	1464	98
2.145-2.2141	0.1971	145	0.1855	1299	1444	98
2.2141-2.2932	0.2317	146	0.1834	1317	1463	98
2.2932-2.3848	0.2085	146	0.188	1312	1458	98
2.3848-2.4931	0.2131	148	0.1946	1336	1484	98
2.4931-2.6243	0.2065	145	0.2024	1305	1450	98
2.6243-2.7883	0.2464	148	0.1992	1334	1482	99
2.7883-3.0029	0.2506	150	0.224	1341	1491	98
3.0029-3.3038	0.2069	147	0.2038	1327	1474	98
3.3038-3.7789	0.1769	151	0.1854	1357	1508	98
3.7789-4.7498	0.1529	151	0.1511	1361	1512	97
4.7498-19.629	0.2019	158	0.1805	1430	1588	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4936	-0.0214	-0.2373	1.0504	0.2087	1.133	-0.0469	-0.0031	-0.0257	-0.0212	0.0413	-0.0216	-0.0079	0.0482	0.0194	0.0297	-0.0067	-0.0057	0.0511	-0.0051	0.0551	-1.5029	5.0374	-6.7276
2	1.1055	-0.042	0.563	1.2235	0.3525	1.3597	-0.045	-0.1795	-0.086	0.1102	0.0653	0.1349	-0.012	-0.1478	-0.0047	0.0897	0.0182	0.004	0.0863	0.0315	0.075	13.2994	-7.2955	15.0533

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	2 - 164
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	2 - 163

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