ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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XSCALE | | データスケーリング | | MOLREP | | 位相決定 | | PHENIX | 1.7.1_743精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.1 | データ抽出 | | XDS | | データ削減 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1XUV 解像度: 1.571→19.627 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8723 / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.86 / 立体化学のターゲット値: MLHL
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.213 | 3965 | 10 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1917 | - | - | - |
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obs | 0.1939 | - | 94.9 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 22.002 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 88.16 Å2 / Biso mean: 17.7685 Å2 / Biso min: 4.3 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.8706 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -0.5151 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 1.3858 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.571→19.627 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2478 | 0 | 0 | 197 | 2675 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.006 | 2620 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.043 | 3607 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.075 | 403 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.005 | 474 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d11.925 | 921 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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1.571-1.5905 | 0.2857 | 86 | 0.2505 | 775 | 861 | 59 | 1.5905-1.6107 | 0.248 | 115 | 0.2275 | 1030 | 1145 | 77 | 1.6107-1.6319 | 0.3234 | 124 | 0.239 | 1114 | 1238 | 85 | 1.6319-1.6542 | 0.2586 | 138 | 0.2179 | 1241 | 1379 | 94 | 1.6542-1.6778 | 0.276 | 141 | 0.211 | 1271 | 1412 | 96 | 1.6778-1.7028 | 0.234 | 141 | 0.2218 | 1273 | 1414 | 97 | 1.7028-1.7294 | 0.2729 | 146 | 0.2099 | 1314 | 1460 | 97 | 1.7294-1.7578 | 0.2467 | 139 | 0.2084 | 1250 | 1389 | 96 | 1.7578-1.7881 | 0.2301 | 144 | 0.2048 | 1289 | 1433 | 97 | 1.7881-1.8206 | 0.2264 | 139 | 0.1878 | 1258 | 1397 | 96 | 1.8206-1.8555 | 0.199 | 146 | 0.1812 | 1311 | 1457 | 98 | 1.8555-1.8934 | 0.24 | 144 | 0.1915 | 1299 | 1443 | 97 | 1.8934-1.9345 | 0.2209 | 147 | 0.1994 | 1326 | 1473 | 98 | 1.9345-1.9795 | 0.2296 | 143 | 0.1879 | 1287 | 1430 | 98 | 1.9795-2.0289 | 0.2145 | 147 | 0.1884 | 1319 | 1466 | 97 | 2.0289-2.0837 | 0.2168 | 144 | 0.1785 | 1298 | 1442 | 98 | 2.0837-2.145 | 0.2046 | 146 | 0.1939 | 1318 | 1464 | 98 | 2.145-2.2141 | 0.1971 | 145 | 0.1855 | 1299 | 1444 | 98 | 2.2141-2.2932 | 0.2317 | 146 | 0.1834 | 1317 | 1463 | 98 | 2.2932-2.3848 | 0.2085 | 146 | 0.188 | 1312 | 1458 | 98 | 2.3848-2.4931 | 0.2131 | 148 | 0.1946 | 1336 | 1484 | 98 | 2.4931-2.6243 | 0.2065 | 145 | 0.2024 | 1305 | 1450 | 98 | 2.6243-2.7883 | 0.2464 | 148 | 0.1992 | 1334 | 1482 | 99 | 2.7883-3.0029 | 0.2506 | 150 | 0.224 | 1341 | 1491 | 98 | 3.0029-3.3038 | 0.2069 | 147 | 0.2038 | 1327 | 1474 | 98 | 3.3038-3.7789 | 0.1769 | 151 | 0.1854 | 1357 | 1508 | 98 | 3.7789-4.7498 | 0.1529 | 151 | 0.1511 | 1361 | 1512 | 97 | 4.7498-19.629 | 0.2019 | 158 | 0.1805 | 1430 | 1588 | 97 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.4936 | -0.0214 | -0.2373 | 1.0504 | 0.2087 | 1.133 | -0.0469 | -0.0031 | -0.0257 | -0.0212 | 0.0413 | -0.0216 | -0.0079 | 0.0482 | 0.0194 | 0.0297 | -0.0067 | -0.0057 | 0.0511 | -0.0051 | 0.0551 | -1.5029 | 5.0374 | -6.7276 | 2 | 1.1055 | -0.042 | 0.563 | 1.2235 | 0.3525 | 1.3597 | -0.045 | -0.1795 | -0.086 | 0.1102 | 0.0653 | 0.1349 | -0.012 | -0.1478 | -0.0047 | 0.0897 | 0.0182 | 0.004 | 0.0863 | 0.0315 | 0.075 | 13.2994 | -7.2955 | 15.0533 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain AA2 - 164 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain BB2 - 163 | | | | |
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