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万見
- PDB-3ui6: 0.89 A resolution crystal structure of human Parvulin 14 in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ui6
タイトル0.89 A resolution crystal structure of human Parvulin 14 in complex with oxidized DTT
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 4
キーワードISOMERASE / peptidyl-prolyl-isomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


bent DNA binding / preribosome / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / spindle / rRNA processing / chromosome / double-stranded DNA binding / mitochondrial matrix ...bent DNA binding / preribosome / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / spindle / rRNA processing / chromosome / double-stranded DNA binding / mitochondrial matrix / nucleolus / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase PIN4 / PPIC-type PPIASE domain / PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, PpiC-type / Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(4S,5S)-1,2-DITHIANE-4,5-DIOL / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 0.89 Å
データ登録者Mueller, J.W. / Link, N.M. / Matena, A. / Hoppstock, L. / Rueppel, A. / Bayer, P. / Blankenfeldt, W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 0.89 A resolution crystal structure of human Parvulin 14 in complex with oxidized DTT
著者: Mueller, J.W. / Link, N.M. / Matena, A. / Hoppstock, L. / Rueppel, A. / Bayer, P. / Blankenfeldt, W.
履歴
登録2011年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Structure summary
改定 1.22018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8409
ポリマ－11,1611
非ポリマー6798
水3,423190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.240, 47.020, 51.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 4 / Parvulin-14 / Par14 / hPar14 / Parvulin-17 / Par17 / hPar17 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase ...Parvulin-14 / Par14 / hPar14 / Parvulin-17 / Par17 / hPar17 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase Pin4 / PPIase Pin4 / Peptidyl-prolyl cis/trans isomerase EPVH / hEPVH / Rotamase Pin4


分子量: 11161.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIN4, Q9Y237 / プラスミド: pET-41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y237, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-D1D / (4S,5S)-1,2-DITHIANE-4,5-DIOL / 1,2-ジチアン-4β,5α-ジオ-ル


分子量: 152.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2S2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris, 2.5 M (NH4)2SO4, 3-20 mM Ala-Pro, pH 8.0, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.82656 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月26日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.82656 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 0.89 Å / Num. obs: 64302 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 7.483 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 20.91
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
0.89-0.990.2028.9751641699197.1
0.99-10.14513.8784241436100
1-1.10.10117.556762411226100
1.1-1.50.06524.381286292071199.9
1.5-20.06331.0859787793899.9
2-30.06138.39393554132100
3-50.03735.969070143499.9
5-80.03834.17184831599.7
8-120.02932.7739882100
12-250.02929.5514033100
250.01825.31134100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.6.0077精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 0.89→34.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.98 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 0.247 / SU ML: 0.007 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.014 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1159 3259 5.1 %RANDOM
Rwork0.1028 ---
obs0.1034 64298 99.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 84.71 Å2 / Biso mean: 9.1823 Å2 / Biso min: 2.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.89→34.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数778 0 35 190 1003
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.022911
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.010.02667
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.0172.0081238
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.763.0011636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5495125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.42823.61136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.18215185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.501156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.4380.2130
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021993
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02176
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr11.36935235
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free21.7275192
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.72551552
LS精密化 シェル解像度: 0.89→0.913 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.181 203 -
Rwork0.162 4193 -
all-4396 -
obs--93.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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