PDB-3uhp: Crystal Structure of Glutamate Racemase from Campylobacter jejuni...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uhp

タイトル

Crystal Structure of Glutamate Racemase from Campylobacter jejuni subsp. jejuni

要素

Glutamate racemase

キーワード

ISOMERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta sandwich fold / cytosole

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate racemase / glutamate racemase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.794 Å

データ登録者

Maltseva, N. / Mulligan, R. / Kwon, K. / Kim, Y. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of Glutamate Racemase from Campylobacter jejuni subsp. jejuni
著者: Maltseva, N. / Mulligan, R. / Kwon, K. / Kim, Y. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / CSGID

履歴

登録	2011年11月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uhp.cif.gz	216.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uhp.ent.gz	176.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uhp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3uhp_validation.pdf.gz	440.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3uhp_full_validation.pdf.gz	449.7 KB	表示
XML形式データ	3uhp_validation.xml.gz	19.7 KB	表示
CIF形式データ	3uhp_validation.cif.gz	25.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/3uhp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/3uhp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3uhfSC 3uhoC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2aqd-d 3s30-1 4nko-2 2cep-d 1bej-d 1dj5-d 4oq7-d 3m27-d 4xva-2 3w67-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP00328

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glutamate racemase

B: Glutamate racemase

61.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamate racemase

登録者が定義した集合体
30.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glutamate racemase

登録者が定義した集合体
30.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.285, 50.285, 182.044
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

詳細

two monomers in the asymmetric unit

#1: タンパク質	Glutamate racemase 分子量: 30863.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 株: NCTC 11168 / 遺伝子: Cj1652c, murI / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21magic / 参照: UniProt: Q9PM24, glutamate racemase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.86 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M Calcium Chloride, 1M Tris pH 8.5, 30% PEG400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月29日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.794→50 Å / Num. all: 12747 / Num. obs: 12747 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 81.4 Å² / R_sym value: 0.091 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 581 / R_sym value: 0.759 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_851)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3UHF

3uhf

解像度: 2.794→43.548 Å / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 37.19 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.212	621	4.89 %	random
R_work	0.165	-	-	-
all	0.167	12704	-	-
obs	0.167	12704	99.8 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 72.594 Å² / k_sol: 0.33 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 105.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.5755 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	7.5755 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-15.151 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.794→43.548 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3988	0	0	19	4007

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4099
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.785	5539
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.072	1487
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	626
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	700

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / % reflection obs: 95 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs
2.7952-3.075	0.3749	160	0.2994	2952	3112
3.075-3.5165	0.2786	153	0.244	3032	3185
3.5165-4.4172	0.2039	158	0.1742	3011	3169
4.4172-16.8718	0.1777	150	0.1173	3035	3185

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.037	2.2935	-0.4047	3.7555	-1.3544	0.5292	0.2599	0.1622	-1.0791	0.1653	-0.259	-0.0255	0.7222	-0.4359	-0.0136	0.8293	-0.278	0.0684	0.4296	-0.1488	0.3632	-2.4158	-14.4794	-0.2261
2	5.219	-1.9637	0.6468	5.2614	-1.2244	6.0119	0.4197	0.786	-0.2694	0.171	-0.1901	0.538	0.3277	-1.3287	-0.2009	0.8259	-0.2234	0.0145	1.0377	-0.0837	0.5391	-9.0215	-3.7454	-5.1032
3	6.5696	0.7813	2.0175	0.4669	1.323	3.7993	-0.0595	-0.2585	0.3228	0.3317	-0.2046	-0.068	-0.0884	-0.5189	0.1311	0.8924	-0.3098	0.0156	0.3066	0.0121	0.6455	-4.7712	-2.2491	5.9289
4	2.722	0.2967	-0.5886	3.017	-0.1458	5.801	0.3196	-0.1164	0.2892	0.4626	-0.4631	-0.5711	-0.2601	0.7815	0.1442	0.6127	-0.2518	-0.0409	0.5817	0.1473	0.5713	13.9018	4.5947	-0.576
5	4.6693	2.4205	-2.8372	3.9512	-0.6271	4.1735	-0.4809	-0.1155	0.2888	0.7093	0.0069	-0.2119	0.6621	0.6738	0.4812	0.8785	-0.2483	-0.1662	0.5247	0.1536	0.3079	9.1457	-5.9857	8.3267
6	2.447	-0.3408	-0.2939	2.0379	1.4417	2.1676	0.0843	0.4252	-0.7946	0.4201	-0.401	-0.2699	0.5495	-0.0518	0.3691	1.1546	-0.432	0.0606	0.8218	-0.1258	0.6994	-3.5178	-17.9181	0.574
7	5.1521	1.1459	3.4422	5.7599	-3.5685	8.6809	-0.2024	0.4819	0.1987	-0.5897	-0.651	0.6564	-0.3766	1.2896	0.2156	1.6195	-0.4719	0.3401	0.864	-0.2311	0.7254	4.0792	-14.9231	-12.4256
8	3.0602	-1.941	0.3362	6.1232	-0.9646	0.3526	-0.7607	0.3438	-0.1336	0.2244	0.5489	0.1379	-0.2947	-0.1141	0.0317	1.1327	0.175	-0.1804	0.6858	-0.2048	0.6551	-3.3415	24.6004	-31.2418
9	4.1428	2.532	0.4638	3.2505	-0.1928	5.9677	0.3201	-0.2674	0.5295	-0.7656	-0.3866	0.1788	-0.0908	-1.0885	0.1314	0.8591	0.3762	0.1254	0.7475	-0.2064	0.6565	-8.6654	13.3576	-28.4617
10	3.9702	-0.6247	0.0704	1.1536	-0.3819	5.9559	0.171	0.278	-0.3229	-0.5528	-0.2024	-0.0539	-0.3619	0.4493	0.0555	0.7621	0.1523	0.0536	0.2939	-0.0526	0.4012	9.5676	7.4368	-34.142
11	3.9962	2.1434	-0.0927	2.1221	-0.1972	2.2038	0.6635	0.1378	0.607	0.1238	-0.5687	0.8218	-1.0166	0.3838	-0.1343	1.3763	0.2822	-0.2086	1.0511	-0.142	0.7718	-0.9959	25.9922	-26.6854

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq -4:22)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 23:61)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 62:104)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 105:194)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 195:214)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 215:233)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 234:247)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq -5:22)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 23:77)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 78:214)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 215:246)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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