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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3uh2 | ||||||
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タイトル | Tankyrase-1 in complexed with PJ34 | ||||||
![]() | Tankyrase-1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Transferase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, telomeric / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / regulation of telomere maintenance via telomerase / XAV939 stabilizes AXIN / positive regulation of telomere capping / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region ...: / negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, telomeric / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / regulation of telomere maintenance via telomerase / XAV939 stabilizes AXIN / positive regulation of telomere capping / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / mitotic spindle pole / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / pericentriolar material / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / peptidyl-threonine phosphorylation / mRNA transport / nuclear pore / spindle assembly / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / nucleotidyltransferase activity / mitotic spindle organization / TCF dependent signaling in response to WNT / Degradation of AXIN / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / protein polyubiquitination / peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein transport / nuclear membrane / histone binding / chromosome, telomeric region / Ub-specific processing proteases / nuclear body / Golgi membrane / cell division / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kirby, C.A. / Stams, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of human tankyrase 1 in complex with small-molecule inhibitors PJ34 and XAV939. 著者: Kirby, C.A. / Cheung, A. / Fazal, A. / Shultz, M.D. / Stams, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 102 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 77.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25409.711 Da / 分子数: 2 / 断片: Catalytic Domain (UNP residues 1105-1327) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-P34 / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.92 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 16% PEG3350, 100mM Bis-Tris pH5.8, 300mM Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→62.61 Å / Num. obs: 31795 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.61 % / Biso Wilson estimate: 27.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.415 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 4548 / % possible all: 96.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ID=2RF5 解像度: 2→62.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9119 / SU R Cruickshank DPI: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.64 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.198 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→62.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Total num. of bins used: 16
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