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万見
- PDB-3ugm: Structure of TAL effector PthXo1 bound to its DNA target -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ugm
タイトルStructure of TAL effector PthXo1 bound to its DNA target
要素
  • DNA-1
  • DNA-2
  • TAL effector AvrBs3/PthA
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Tal effector / TRANSCRIPTION-DNA complex / DNA binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host defense-related programmed cell death / : / host cell nucleus / DNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
TAL effector repeat / TAL effector repeat
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / TAL effector protein PthXo1
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas oryzae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Mak, A.N.S. / Bradley, P. / Cernadas, R.A. / Bogdanove, A.J. / Stoddard, B.L.
引用ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: The Crystal Structure of TAL Effector PthXo1 Bound to Its DNA Target.
著者: Mak, A.N. / Bradley, P. / Cernadas, R.A. / Bogdanove, A.J. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2011年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月25日Group: Database references
改定 1.22012年2月22日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TAL effector AvrBs3/PthA
B: DNA-1
C: DNA-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,2923
ポリマ－132,2923
非ポリマー00
水3,891216
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9650 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area46280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.578, 248.481, 54.646
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 TAL effector AvrBs3/PthA


分子量: 108904.258 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-1043 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Xanthomonas oryzae (バクテリア) / 株: PXO99A / 遺伝子: pthXo1, PXO_00227 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2SU53
#2: DNA鎖 DNA-1


分子量: 11527.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA
#3: DNA鎖 DNA-2


分子量: 11860.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20mM Tris HCl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.975 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月1日
放射モノクロメーター: single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 26980 / Num. obs: 25841 / % possible obs: 95.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASES位相決定
CNS精密化
精密化解像度: 3→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2937 1308 4.8 %
Rwork0.2664 24417 -
obs-25725 95.3 %
溶媒の処理Bsol: 84.6854 Å2
原子変位パラメータBiso max: 200 Å2 / Biso mean: 85.0875 Å2 / Biso min: 10.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.631 Å20 Å20 Å2
2--5.324 Å20 Å2
3---1.307 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6085 1552 0 216 7853
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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