PDB-3ug6: Crystal Structure of Get3 from Methanocaldococcus jannaschii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ug6

タイトル

Crystal Structure of Get3 from Methanocaldococcus jannaschii

要素

arsenical pump-driving ATPase

キーワード

HYDROLASE / tail-anchored / membrane protein / targeting factor / ATP-binding / GET3 / TRC40 / ATPase / ARSA / nucleotide-binding / protein targeting / protein transport

機能・相同性

機能・相同性情報

arsenite-transporting ATPase / ATPase-coupled arsenite transmembrane transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Suloway, C.J.M. / Rome, M.E. / Clemons Jr., W.M.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2012
タイトル: Tail-anchor targeting by a Get3 tetramer: the structure of an archaeal homologue.
著者: Suloway, C.J. / Rome, M.E. / Clemons, W.M.

履歴

登録	2011年11月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月11日	Group: Database references
改定 1.2	2012年2月15日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ug6.cif.gz	503.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ug6.ent.gz	423.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ug6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3ug6_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ug6_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	3ug6_validation.xml.gz	45.7 KB	表示
CIF形式データ	3ug6_validation.cif.gz	61.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/3ug6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/3ug6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3ug7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ug7-2 3ug7-1 5gvm-d 5xmv-d 5xms-d 5gvp-d 5yg0-d 4xpf-d 5yg4-d 1ub7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: arsenical pump-driving ATPase

B: arsenical pump-driving ATPase

C: arsenical pump-driving ATPase

D: arsenical pump-driving ATPase

ヘテロ分子

162 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.736, 76.874, 127.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.828, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain 'A' and (resseq 24:192 or resseq 210:333 )
2	1	1	chain 'B' and (resseq 24:192 or resseq 210:333 )
3	1	1	chain 'C' and (resseq 24:192 or resseq 210:333 )
4	1	1	chain 'D' and (resseq 24:192 or resseq 210:333 )

#1: タンパク質	arsenical pump-driving ATPase / ATPase Get3 / Arsenical resistance ATPase / Arsenite-translocating ATPase / Arsenite-transporting ATPase 分子量: 39977.574 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 遺伝子: MJ1142 / プラスミド: pET33b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58542, EC: 3.6.3.16
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.66 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 9% PEG3350, 0.1 M sodium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 173 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.292→120.971 Å / Num. all: 24112 / Num. obs: 23100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
Blu-Ice		データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.3→42.864 Å / SU ML: 0.98 / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2875	1190	5.19 %
R_work	0.2486	-	-
obs	0.2506	22945	95.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.442 Å² / k_sol: 0.311 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	21.1021 Å²	-0 Å²	14.7112 Å²
2-	-	-8.5416 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.5922 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→42.864 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9708	0	114	0	9822

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.022	9996
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.664	13416
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.332	3932
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.089	1492
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1688

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2342	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2342	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.063
1	3	C	2342	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054
1	4	D	2342	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.061

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3-3.4321	0.3617	127	0.3492	2325	X-RAY DIFFRACTION	94
3.4321-3.5882	0.3548	139	0.3214	2468	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5882-3.7773	0.3473	117	0.2949	2430	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7773-4.0138	0.3191	121	0.2883	2402	X-RAY DIFFRACTION	95
4.0138-4.3234	0.281	124	0.2539	2360	X-RAY DIFFRACTION	94
4.3234-4.758	0.2656	137	0.2188	2464	X-RAY DIFFRACTION	97
4.758-5.4453	0.2391	141	0.2157	2405	X-RAY DIFFRACTION	96
5.4453-6.856	0.3403	158	0.2448	2430	X-RAY DIFFRACTION	96
6.856-42.8678	0.2241	126	0.2039	2471	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0854	-1.7345	-0.2709	3.4782	0.1106	3.1637	1.2528	0.1888	0.983	-0.6066	0.2878	-1.7151	-0.4238	1.3513	-0.4438	0.3479	0.1827	-0.8567	1.0978	-0.2789	0.7254	-34.89	112.091	77.5751
2	9.086	-1.1635	-6.6794	1.6581	-0.5227	9.6776	0.8854	1.4278	0.1781	-0.9492	-0.3227	-0.2597	1.0254	2.2441	-0.8296	1.4048	0.1372	-0.0357	1.623	-0.1731	0.891	-21.5238	111.6272	54.0176
3	6.612	-3.5163	-3.7359	3.2386	2.1508	4.9256	0.5216	0.9048	-0.3602	-1.0929	0.4385	-0.8468	0.8212	1.0173	-0.5738	0.5165	0.5267	0.0451	1.7555	-0.626	0.6707	-26.0797	113.099	44.9568
4	2.5348	1.5794	-0.0985	1.559	1.6825	3.991	0.1724	-0.0147	0.0322	-0.1401	0.3865	-1.0917	-0.4555	0.9225	-0.248	-0.9816	0.4797	-1.0197	0.8676	0.0216	0.2892	-40.5059	104.8309	66.441
5	3.4088	-1.0893	-3.441	3.7014	3.6803	6.2708	0.0374	0.3405	-0.0957	-0.5634	-0.0945	-0.8663	1.1772	0.3467	0.2905	0.9217	0.2212	0.0205	0.7196	0.1182	0.6397	-43.0698	87.5019	38.3545
6	4.9331	-0.6701	-4.6322	4.1082	3.6614	7.4394	-0.3513	-0.0712	-0.6666	0.2255	0.0893	-0.9836	0.3753	1.5024	0.146	0.6372	0.2275	-0.1683	0.8827	0.0506	0.6957	-41.6378	93.5466	57.9005
7	2.3467	-0.0303	0.796	1.4658	0.4109	2.5681	-0.2663	-0.1889	0.0272	-0.4534	0.4544	0.3612	0.0154	-0.3782	-0.1565	0.5922	-0.0823	-0.2998	0.6561	0.0209	0.5614	-54.3082	111.1635	75.9785
8	1.4037	-1.5102	0.9144	4.9564	-0.0874	3.0114	0.2193	-0.7455	-0.3224	0.9859	-0.029	0.1339	0.1223	0.0522	-0.2783	0.9555	-0.1975	-0.3144	1.1842	-0.13	0.5902	-57.2708	132.8333	92.0943
9	7.2284	-0.1497	0.4778	4.9468	-0.9685	2.9738	0.3642	0.1442	0.1136	0.588	-0.2078	0.1502	0.6091	0.1061	-0.1813	0.4988	-0.0078	-0.2453	0.8092	-0.1835	0.6583	-51.9342	118.9869	86.2887
10	3.5889	-0.4172	-1.6041	5.9513	0.1995	3.9128	0.2715	0.1377	-0.4733	-0.5209	-0.172	0.6022	0.3601	-0.415	-0.0518	0.2975	0.0588	-0.071	0.5613	-0.0548	0.5744	-58.3255	129.8034	58.4975
11	1.3129	2.441	1.3034	5.7281	4.5672	5.7799	1.2787	1.3809	-1.3321	-0.5845	-0.774	1.2483	0.4482	-0.1937	-0.2343	1.0814	0.3625	-0.824	1.6987	-0.6782	1.3747	-59.056	106.4495	44.7916
12	4.0624	1.3201	2.8752	4.5244	5.5296	8.6459	0.1041	0.7662	-1.0359	-0.2519	-0.6945	0.9542	0.2237	-0.927	-0.046	-0.5629	0.05	-1.9124	1.1422	-0.195	-0.5896	-51.4653	99.595	44.9758
13	0.8754	-0.1329	-1.0718	3.5039	2.0611	2.0723	0.2027	0.2221	-0.7754	-0.3138	0.0414	0.5506	-0.0233	-0.225	-0.1242	0.489	0.0895	-0.12	0.7716	-0.0881	0.6278	-46.6699	125.6276	51.0795
14	1.5639	-1.1488	-1.3254	4.0189	5.7195	8.0978	0.0066	0.457	-0.6333	-1.877	-0.1499	-0.2858	-0.0643	0.2347	0.5239	1.3763	0.0898	0.228	0.719	-0.2826	0.9602	-27.5159	111.1347	28.4076
15	5.3085	-4.2567	-2.3165	2.153	8.7726	2.2898	0.3737	0.6103	-0.4314	-1.5077	-0.698	0.6326	-0.5196	-0.0507	0.4428	0.8843	0.0979	-0.0515	0.5776	-0.0036	0.4519	-39.0167	124.1361	39.2301
16	2.3731	-1.2658	-0.0914	3.1173	0.2288	3.3676	-0.0049	-0.4598	0.2462	0.0208	-0.1382	-0.9625	-0.4884	0.9408	0.1844	0.4525	-0.1276	-0.143	0.5142	-0.1263	0.7751	-40.7054	134.7114	65.3059
17	2.6539	-0.9197	1.0391	2.8262	-0.6332	4.1201	-0.0467	0.1653	0.6922	0.1575	0.0252	0.1173	-0.9198	-0.4213	0.2324	1.0234	-0.0325	-0.5919	1.8266	-0.6934	0.3714	-50.82	138.8876	90.1859
18	2.6038	0.2834	0.1821	2.6999	-0.0957	5.9066	0.1967	-0.8142	0.5188	0.4178	0.0947	-0.0469	-0.9221	0.246	-0.071	0.3797	0.136	-0.1445	0.7749	-0.18	0.7344	-49.3315	138.9223	74.3086
19	4.7006	0.0684	2.1007	3.701	-0.8053	2.8256	-0.0495	-0.2289	0.6339	0.4736	0.2693	-1.3214	-0.8779	0.6995	-0.1262	0.8743	-0.1695	0.0134	0.894	-0.1473	0.6928	-21.8225	95.0376	-6.3197
20	2.8017	2.6785	0.5764	3.2007	2.5073	6.5475	0.1734	-0.4596	0.5437	0.9285	0.8426	-0.2805	-1.6632	0.4052	-0.7488	1.5065	-0.1497	0.0062	1.2811	-0.1806	1.1238	-15.7852	103.7418	18.6115
21	2.2106	2.9805	0.8347	7.295	5.3908	6.5027	0.906	-0.0332	0.4506	0.6134	0.0429	-0.1744	-0.9132	0.5952	-0.5257	1.1494	0.0766	-0.1501	0.9286	-0.3675	0.741	-18.8322	98.919	27.1159
22	1.7702	-0.0082	0.5253	1.7696	1.9341	2.5112	-0.0984	-0.4084	0.0557	-0.6638	0.0046	-0.5894	-0.5183	0.4685	0.112	1.0341	0.0093	-0.0874	0.6644	-0.0318	0.5561	-32.174	95.2762	3.7305
23	0.8783	0.4296	0.3794	0.7879	1.2137	4.1545	0.9673	-0.5993	0.3096	0.811	0.283	0.2277	-1.2638	-0.4719	-0.815	0.6806	0.349	-0.2245	0.7894	0.1795	0.4725	-49.5085	103.7766	30.5158
24	3.8116	0.7074	-2.3941	5.6168	3.5802	8.825	-0.4608	-0.0973	0.1941	0.1386	-0.4682	0.0088	-1.2298	0.5593	0.4016	0.5167	0.1626	-0.1983	0.4645	-0.0423	0.4924	-42.1004	101.6838	11.5753
25	2.6981	0.48	0.4045	1.8754	0.2194	1.575	0.1496	-0.1613	-0.2239	-0.031	-0.3236	-0.0133	-0.3214	0.2925	0.1564	0.5188	0.0722	-0.0692	0.6484	-0.0365	0.3696	-35.8267	81.4651	-7.0788
26	1.1148	-0.5526	-0.24	3.8098	-0.7632	1.292	-0.2277	0.7558	0.1448	-0.8238	-0.061	0.1509	-0.0317	-0.0678	0.1034	0.8037	-0.1797	-0.037	1.3536	-0.3478	0.9283	-20.2242	65.3807	-22.4459
27	7.458	2.011	-0.3904	5.7681	-0.1638	1.3513	0.2697	-0.0356	0.4754	-0.6016	0.1099	-0.7179	-0.6243	0.7861	-0.1257	0.7324	-0.1656	0.0849	0.6275	-0.1909	0.4122	-27.3446	78.4204	-16.6802
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29	3.9968	-0.9034	0.6753	3.4538	0.1118	0.1402	-0.5612	0.1688	-0.0455	0.6925	0.9106	0.5625	-0.2369	-0.3681	-0.0425	1.3804	0.2251	0.0999	0.9444	0.0887	1.6716	-46.2306	79.042	22.996
30	2.1236	-0.3681	-6.7077	3.6123	1.5336	9.0831	-0.2557	0.118	-1.2274	0.5465	-0.1561	-0.0808	0.2483	-0.1735	0.3547	0.4203	0.103	0.0205	0.6227	0.1339	0.7467	-46.2388	89.2646	23.3476
31	2.596	-1.16	0.3912	1.0779	1.1268	2.8452	0.0805	-0.442	0.2194	0.2734	0.5345	0.5553	0.3932	-0.4178	-0.4094	0.8341	0.1787	-0.0449	0.7234	-0.1388	0.6444	-23.0956	75.685	19.1556
32	0.5903	0.1499	-0.6237	2.6525	1.89	1.77	-0.0526	-0.7826	0.3382	2.5693	0.2608	0.541	-1.1158	-0.1433	-0.4954	0.252	1.7468	-0.1604	1.2001	-0.3311	0.8963	-23.6476	98.4338	43.1613
33	5.6005	-4.4052	-4.3659	9.6242	2.6074	5.4798	0.1939	-0.4906	-0.4433	1.196	0.0375	0.7664	0.4239	0.2045	0.1689	0.642	0.1725	-0.382	1.1989	-0.2107	0.3968	-20.4944	81.7459	31.7139
34	0.4689	0.2798	0.7211	2.5106	-0.2988	1.6947	-0.2255	-0.2286	0.5796	0.3339	0.3818	-0.9067	0.109	1.1131	-0.0197	0.5928	0.2505	-0.2027	0.9047	-0.2974	0.9569	-10.7906	74.7638	6.1747
35	1.9075	0.3185	1.1605	2.8236	-1.1393	2.9413	0.4823	-0.1204	-0.427	0.0867	-0.013	-0.7587	0.7097	0.3248	-0.0505	1.1193	-0.3476	0.092	1.4362	-0.318	0.802	-11.5794	65.7462	-19.4561
36	4.1891	0.8899	-0.8268	3.3174	-2.0235	4.3675	-0.6081	-0.0231	-0.098	-0.4971	0.6844	-0.8602	0.8708	1.1458	-0.0834	0.9299	0.004	-0.0956	1.0254	-0.4668	0.6058	-12.3688	66.0108	-3.5388

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 24:95)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 96:112)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 113:133)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 134:172)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 173:201)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 210:235)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 236:277)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 278:288)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 289:333)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 24:95)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 96:112)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 113:133)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 134:172)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 173:201)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 210:235)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 236:277)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 278:288)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 289:333)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain C and resid 24:95)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain C and resid 96:112)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain C and resid 113:133)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain C and resid 134:172)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain C and resid 173:201)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain C and resid 210:235)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain C and resid 236:277)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain C and resid 278:288)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain C and resid 289:333)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain D and resid 24:95)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain D and resid 96:112)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain D and resid 113:133)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain D and resid 134:172)
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33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain D and resid 210:235)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain D and resid 236:277)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain D and resid 278:288)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain D and resid 289:333)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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