[日本語] English
万見
- PDB-3uf0: Crystal structure of a putative NAD(P) dependent gluconate 5-dehy... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uf0
タイトルCrystal structure of a putative NAD(P) dependent gluconate 5-dehydrogenase from Beutenbergia cavernae(EFI target EFI-502044) with bound NADP (low occupancy)
要素Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
キーワードOXIDOREDUCTASE / gluconate / gluconate 5-dehydratase / NAD(P) dependent / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase / 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
類似検索 - 構成要素
生物種Beutenbergia cavernae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Hillerich, B. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Zencheck, W.D. ...Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Hillerich, B. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Zencheck, W.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative NAD(P) dependent gluconate 5-dehydrogenase from Beutenbergia cavernae(EFI target EFI-502044) with bound NADP (low occupancy)
著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Hillerich, B. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Zencheck, W.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / ...著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Hillerich, B. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Zencheck, W.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2011年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5274
ポリマ－56,0412
非ポリマー1,4872
水3,279182
1
A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
ヘテロ分子

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,0558
ポリマ－112,0814
非ポリマー2,9744
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area17480 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area29920 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18190 Å2
手法PISA
3
A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
ヘテロ分子

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,0558
ポリマ－112,0814
非ポリマー2,9744
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area5030 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area18670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.470, 115.470, 76.182
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-321-

HOH

詳細biological unit is an tetramer

-
要素

#1: タンパク質 Short-chain dehydrogenase/reductase SDR


分子量: 28020.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Beutenbergia cavernae (バクテリア)
株: DSM 12333 / 遺伝子: Bcav_0642 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: C5BY10, 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffuction / pH: 4.6
詳細: Protein (10 mM Hepes, pH 7.8, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 5 mM DTT, 5 mM MgCl2; Reservoir (100 mM NaAcetate pH 4.6, 2 M NaFormate); Cryoprotection (Reservoir + 20% glycerol), sitting drop ...詳細: Protein (10 mM Hepes, pH 7.8, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 5 mM DTT, 5 mM MgCl2; Reservoir (100 mM NaAcetate pH 4.6, 2 M NaFormate); Cryoprotection (Reservoir + 20% glycerol), sitting drop vapor diffuction, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→81.685 Å / Num. all: 35340 / Num. obs: 35340 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.9 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2-2.1110.50.4241.85302950480.42499.9
2.11-2.2410.60.2762.85103748130.276100
2.24-2.3910.70.1923.94839445270.19299.9
2.39-2.5810.70.1435.14548842320.143100
2.58-2.8310.90.17.34248939150.1100
2.83-3.1611.20.0729.73986835540.072100
3.16-3.6511.30.0659.53573731630.065100
3.65-4.4710.70.05611.22896727100.056100
4.47-6.3212.20.04114.42590321310.041100
6.32-42.7410.90.03318.81356712470.03398.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
MOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3o03

3o03


解像度: 2→42.745 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / FOM work R set: 0.8781 / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 18.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1946 1712 5 %RANDOM
Rwork0.1616 ---
all0.1633 34249 --
obs0.1633 34249 96.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.733 Å2 / ksol: 0.368 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 110.49 Å2 / Biso mean: 36.6866 Å2 / Biso min: 11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3279 Å2-0 Å20 Å2
2---1.3279 Å20 Å2
3---2.6559 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→42.745 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3556 0 96 182 3834
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073803
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0345208
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095597
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004678
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7251296
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9993-2.05810.21511320.17162486261891
2.0581-2.12450.24191210.16462602272394
2.1245-2.20050.22251310.15712588271994
2.2005-2.28860.20621250.15692620274594
2.2886-2.39270.22811460.16442665281196
2.3927-2.51890.28221350.17682689282497
2.5189-2.67660.21361480.17552705285398
2.6766-2.88330.20311240.17422780290499
2.8833-3.17330.21211520.17622771292399
3.1733-3.63230.18521680.166728022970100
3.6323-4.57550.1531660.142528282994100
4.5755-42.75480.18731640.156130013165100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2407-0.07870.24090.55390.00590.4622-0.01760.1394-0.00580.00590.0335-0.38530.15920.4201-0.02660.21510.08090.0650.2911-0.03340.295639.9518-0.061928.9669
20.25980.4576-0.02810.85630.1550.83780.1768-0.08920.1958-0.12320.0175-0.49580.0970.38640.12630.2720.08850.16580.4297-0.00240.374745.11920.064820.7913
31.92470.79350.15840.74710.55010.57350.21570.2419-0.3166-0.6926-0.0365-0.1751-0.3869-0.1356-0.07030.44620.090.03850.2458-0.0550.27430.5357-3.983413.6425
40.453-0.26810.05170.23620.13570.35820.05520.16640.2339-0.10080.0275-0.2745-0.19670.2437-0.04780.3717-0.00480.06080.2673-0.00320.375832.02879.147321.7896
50.8252-0.37740.04630.39410.14390.59880.14130.2054-0.1883-0.1839-0.07160.02410.10670.1961-0.01930.27380.00710.06160.228-0.03520.221325.98696.262618.4995
60.5855-0.3-0.02650.15840.07910.66350.0065-0.02050.10850.11220.0112-0.0498-0.21090.072-0.01150.1971-0.0250.02320.1708-0.00910.225123.90510.182628.4581
70.15420.11670.15830.3250.140.3468-0.06930.0225-0.0341-0.07010.0741-0.1939-0.0030.21450.02860.1536-0.02280.03090.2239-0.01190.230235.030915.28436.002
80.09210.1763-0.06870.62840.19740.51410.1570.28790.0325-0.472-0.1080.2984-0.0479-0.2230.04270.47130.1275-0.13290.35820.04750.18342.718429.745312.2227
90.4414-0.33330.08940.27750.04670.40530.06590.1348-0.0521-0.1450.01950.1709-0.0202-0.06880.00340.2034-0.0108-0.00250.1080.02170.123414.783720.998719.9096
100.6083-0.3284-0.05150.17890.00190.94370.06940.0988-0.0633-0.1624-0.03880.1321-0.0068-0.1944-0.01290.20540.0057-0.05060.19-0.02560.20762.81418.846329.9624
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 26:64)A26 - 64
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 65:90)A65 - 90
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 91:104)A91 - 104
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 105:126)A105 - 126
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 127:155)A127 - 155
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 156:199)A156 - 199
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 200:273)A200 - 273
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 26:104)B26 - 104
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 105:199)B105 - 199
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 200:273)B200 - 273

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る