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- PDB-3udt: Inositol 1,3,4,5,6-pentakisphosphate 2-kinase from A. thaliana in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3udt
タイトルInositol 1,3,4,5,6-pentakisphosphate 2-kinase from A. thaliana in complex with ADP and IP5.
要素Inositol-pentakisphosphate 2-kinase
キーワードTRANSFERASE / inositol / ipk / ins5p 2-k / atipk1 / ip5 2-k / polyphosphate kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol-1,4,5,6-tetrakisphosphate 2-kinase activity / inositol-pentakisphosphate 2-kinase / inositol-1,3,4,5,6-pentakisphosphate 2-kinase activity / myo-inositol hexakisphosphate biosynthetic process / lateral root development / intracellular phosphate ion homeostasis / phosphate ion homeostasis / defense response to fungus / defense response to virus / defense response to bacterium ...inositol-1,4,5,6-tetrakisphosphate 2-kinase activity / inositol-pentakisphosphate 2-kinase / inositol-1,3,4,5,6-pentakisphosphate 2-kinase activity / myo-inositol hexakisphosphate biosynthetic process / lateral root development / intracellular phosphate ion homeostasis / phosphate ion homeostasis / defense response to fungus / defense response to virus / defense response to bacterium / phosphorylation / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inositol-pentakisphosphate 2-kinase, N-lobe / Inositol-pentakisphosphate 2-kinase / Inositol-pentakisphosphate 2-kinase, N-terminal lobe / Inositol-pentakisphosphate 2-kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MYO-INOSITOL-(1,3,4,5,6)-PENTAKISPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Inositol-pentakisphosphate 2-kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Gosein, V. / Leung, T.-F. / Krajden, O. / Miller, G.J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2012
タイトル: Inositol phosphate-induced stabilization of inositol 1,3,4,5,6-pentakisphosphate 2-kinase and its role in substrate specificity.
著者: Gosein, V. / Leung, T.F. / Krajden, O. / Miller, G.J.
履歴
登録2011年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月9日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol-pentakisphosphate 2-kinase
B: Inositol-pentakisphosphate 2-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,85710
ポリマ－110,6632
非ポリマー2,1948
水00
1
A: Inositol-pentakisphosphate 2-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4295
ポリマ－55,3321
非ポリマー1,0974
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Inositol-pentakisphosphate 2-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4295
ポリマ－55,3321
非ポリマー1,0974
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.362, 59.913, 83.146
Angle α, β, γ (deg.)90.02, 97.04, 116.81
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Inositol-pentakisphosphate 2-kinase / Inositol-1 / 3 / 4 / 5 / 6-pentakisphosphate 2-kinase / Ins(1 / 3 / 4 / 5 / 6)P5 2-kinase / AtIPK1 ...Inositol-1 / 3 / 4 / 5 / 6-pentakisphosphate 2-kinase / Ins(1 / 3 / 4 / 5 / 6)P5 2-kinase / AtIPK1 / InsP5 2-kinase


分子量: 55331.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At5g42810, IPK1, MJB21.19 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI
参照: UniProt: Q93YN9, inositol-pentakisphosphate 2-kinase
#2: 化合物 ChemComp-5MY / MYO-INOSITOL-(1,3,4,5,6)-PENTAKISPHOSPHATE / イノシト-ル1,3,4,5,6-ペンタキスりん酸


分子量: 580.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H17O21P5
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.09M MES, 18% PEG4000, 0.54M NaCl, 0.01M Trimethylamine HCl, Protein: 5mg/mL, Temp: 293K, pH 6.5, vapor diffusion

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月14日 / 詳細: VariMax HF
放射モノクロメーター: Confocal dual reflection mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 32677 / Biso Wilson estimate: 31.39 Å2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.3_473精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
StructureStudioデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→44.629 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7922 / SU ML: 0.41 / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 28.4 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2762 930 5.26 %
Rwork0.2098 --
obs0.2134 17694 96.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 3.857 Å2 / ksol: 0.312 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 75.41 Å2 / Biso mean: 26.4289 Å2 / Biso min: 6.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8464 Å20.398 Å28.2093 Å2
2---0.1808 Å23.9612 Å2
3---1.0271 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→44.629 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6145 0 122 0 6267
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116385
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2878628
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073969
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051068
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.4772480
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1-3.26340.36191320.24532352248495
3.2634-3.46780.30811180.21662439255797
3.4678-3.73550.26491290.21412391252096
3.7355-4.11110.28271320.20142366249896
4.1111-4.70550.23481480.18052371251996
4.7055-5.92620.26041340.21042428256297
5.9262-44.63350.27351370.21672417255498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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