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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ud6 | |||||||||
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タイトル | Structural analyses of covalent enzyme-substrate analogue complexes reveal strengths and limitations of de novo enzyme design | |||||||||
要素 | RETRO-ALDOLASE | |||||||||
キーワード | LYASE/LYASE INHIBITOR / Computationally Designed / Retroaldolase / Tim Barrel / LYASE-LYASE INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | Aldolase class I / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / 1-(6-METHOXYNAPHTHALEN-2-YL)BUTANE-1,3-DIONE 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | ARTIFICIAL GENE (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.091 Å | |||||||||
データ登録者 | Baker, D. / Stoddard, B.L. / Althoff, E.A. / Wang, L. / Jiang, L. / Moody, J. / Bolduc, J. / Lassila, J. / Hilvert, D. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012 タイトル: Structural analyses of covalent enzyme-substrate analog complexes reveal strengths and limitations of de novo enzyme design. 著者: Wang, L. / Althoff, E.A. / Bolduc, J. / Jiang, L. / Moody, J. / Lassila, J.K. / Giger, L. / Hilvert, D. / Stoddard, B. / Baker, D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ud6.cif.gz | 65.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ud6.ent.gz | 47.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ud6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3ud6_validation.pdf.gz | 451.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3ud6_full_validation.pdf.gz | 454.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3ud6_validation.xml.gz | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3ud6_validation.cif.gz | 16.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/3ud6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/3ud6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29736.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The Sequence Was Computationally Designed Based On Indole 3 Glycerol Phosphate Synthase Naturally Found in Sulfolobus Solfataricus. 由来: (組換発現) ARTIFICIAL GENE (人工物) 解説: THE SEQUENCE WAS COMPUTATIONALLY DESIGNED BASED ON INDOLE-3-GLYCEROL PHOSPHATE SYNTHASE NATURALLY FOUND IN SULFOLOBUS SOLFATARICUS. プラスミド: PET29B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-3NK / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | 1-(6-METHOXY-2-NAPTHALENYL)-1,3-BUTANEDIONE (3NK) WAS REACTED WITH THE PROTEIN AND QUENCHED WITH ...1-(6-METHOXY-2-NAPTHALENY | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.72 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: Protein at 5mg/ml in 100mm NaCl, 25mm TRIS pH7.5. Crystals grew at and near 2M ammonium sulfate, 4% PEG400, 100mN Na acetate pH5.5, vapor diffusion, temperature 298k, VAPOR DIFFUSION |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月18日 / 詳細: VARIMAX HF |
放射 | モノクロメーター: VARIMAX HR MIRRORS/OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.091→50 Å / Num. obs: 17137 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 29.82 Å2 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 22 |
反射 シェル | 解像度: 2.091→2.16 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 6.86 / Rsym value: 0.153 / % possible all: 95.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1A53, MODIFIED TO PREVENT MODEL BIAS 解像度: 2.091→19.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 4.894 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.247 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.85 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.268 Å / Luzzati d res low obs: 19.47 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.091→19.47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.091→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
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