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- PDB-3ucs: Crystal structure of the complex between CBPA J-domain and CBPM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ucs
タイトルCrystal structure of the complex between CBPA J-domain and CBPM
要素
  • Chaperone-modulator protein CbpM
  • Curved DNA-binding protein
キーワードCHAPERONE / protein-protein complex / Structural Genomics / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI / co-chaperone regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial nucleoid / bent DNA binding / chaperone cofactor-dependent protein refolding / unfolded protein binding / protein refolding / DNA binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MerR HTH family regulatory protein / DNA-binding protein, curved-DNA / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / DnaJ domain / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / HSP40/DnaJ peptide-binding / Chaperone DnaJ, C-terminal / DnaJ C terminal domain / Nt-dnaJ domain signature. / DnaJ domain, conserved site ...MerR HTH family regulatory protein / DNA-binding protein, curved-DNA / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / DnaJ domain / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / HSP40/DnaJ peptide-binding / Chaperone DnaJ, C-terminal / DnaJ C terminal domain / Nt-dnaJ domain signature. / DnaJ domain, conserved site / DnaJ domain / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chaperone-modulator protein CbpM / Curved DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Shi, R. / Sarraf, N.S. / Cygler, M. / Ekiel, I. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structure of the complex between CbpA J-domain and CbpM provides a link between chaperone and transcription regulation in bacterial heat shock response
著者: Sarraf, N.S. / Shi, R. / Zhang, L. / Cygler, M. / Ekiel, I.
履歴
登録2011年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperone-modulator protein CbpM
B: Chaperone-modulator protein CbpM
C: Curved DNA-binding protein
D: Curved DNA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5624
ポリマ－40,5624
非ポリマー00
水8,107450
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.816, 77.094, 111.231
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Chaperone-modulator protein CbpM


分子量: 11432.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 株: 342 / 遺伝子: cbpM, KPK_5158 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: B5Y388
#2: タンパク質 Curved DNA-binding protein


分子量: 8847.874 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b1000, cbpA, JW0985 / プラスミド: pMAL-c2X / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: P36659
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M HEPES pH 7.0, 20% PEG 8000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2010年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→50 Å / Num. obs: 38222 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 1.087 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.87-1.947.60.48937140.984198.7
1.94-2.018.20.35237681.087199.9
2.01-2.118.20.23737671.14199.9
2.11-2.228.20.16837931.1231100
2.22-2.368.20.12737811.1581100
2.36-2.548.20.1138021.2431100
2.54-2.798.20.09338271.0591100
2.79-3.28.20.05938421.0051100
3.2-4.038.10.05438961.0291100
4.03-507.80.0340321.037198.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.87→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / WRfactor Rfree: 0.2447 / WRfactor Rwork: 0.2097 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8542 / SU B: 6.108 / SU ML: 0.084 / SU R Cruickshank DPI: 0.1399 / SU Rfree: 0.1324 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2317 1911 5 %RANDOM
Rwork0.1959 ---
obs0.1977 38164 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 90.2 Å2 / Biso mean: 31.658 Å2 / Biso min: 14.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.13 Å20 Å20 Å2
2--0.64 Å20 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2790 0 0 450 3240
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222871
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.151.9573903
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6335348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.96523.467150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.19415510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6171531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212191
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7441.51723
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.42422791
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.22931148
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8014.51107
LS精密化 シェル解像度: 1.871→1.919 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 120 -
Rwork0.241 2593 -
all-2713 -
obs--98.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.11810.06750.02760.0529-0.01160.1423-0.03140.0326-0.01410.00120.0032-0.0039-0.04940.00480.02820.0329-0.0118-0.00570.0459-0.02070.04042.3324-4.741-37.4405
20.18380.062-0.00140.1001-0.1030.1363-0.0045-0.0665-0.04380.0167-0.0339-0.0311-0.03750.03170.03840.0331-0.0097-0.02080.0674-0.00150.052718.949-1.2181-17.4236
31.5234-0.4346-0.57490.52830.3060.4939-0.0357-0.15240.03130.05020.03270.02130.03840.00120.00290.04160.00130.00910.0346-0.00180.0054-5.02625.2998-12.4177
41.8654-0.28760.18833.0866-0.06780.2509-0.07780.35940.1185-0.28970.0952-0.232-0.02270.0941-0.01740.0449-0.04870.02050.11130.00180.027221.57738.6535-42.9538
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 100
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 101
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 73
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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