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- PDB-3uc9: Crystal Structure of Yeast Irc6p - A Novel Type of Conserved Clat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uc9
タイトルCrystal Structure of Yeast Irc6p - A Novel Type of Conserved Clathrin Accessory Protein
要素Increased recombination centers protein 6
キーワードRECOMBINATION / Rossmann-fold / Clathrin accessory factor
機能・相同性Rossmann fold - #11960 / Increased recombination centres protein 6 / vesicle-mediated transport / protein-macromolecule adaptor activity / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Increased recombination centers protein 6
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Gorynia, S. / Payne, G.S. / Cascio, D. / Sawaya, M.R.
引用ジャーナル: Mol Biol Cell / 年: 2012
タイトル: Yeast Irc6p is a novel type of conserved clathrin coat accessory factor related to small G proteins.
著者: Gorynia, S. / Lorenz, T.C. / Costaguta, G. / Daboussi, L. / Cascio, D. / Payne, G.S.
履歴
登録2011年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Database references
改定 1.22012年11月28日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Increased recombination centers protein 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4191
ポリマ－27,4191
非ポリマー00
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.638, 61.638, 95.144
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Increased recombination centers protein 6


分子量: 27419.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: IRC6, YFR043C / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P43615
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 MES, 30 % w/v PEG monomethyl ether 5000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月15日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→80 Å / Num. obs: 18511 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 14.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 1.006 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.8-1.867.80.5413.9618171.0196.5
1.86-1.947.80.3525.7818281.00796.9
1.94-2.037.80.244818341.00896.9
2.03-2.137.70.1899.6418571.00697.4
2.13-2.277.50.13812.3918611.00697.5
2.27-2.447.30.11413.8518301.00497.8
2.44-2.696.90.08815.8218781.00398.2
2.69-3.086.30.05819.4918601.00698
3.08-3.885.10.03229.041871198.2
3.88-804.80.02345.2718751.00296.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→27.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 5.374 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2181 963 5.2 %RANDOM
Rwork0.1966 ---
obs0.1977 18510 97.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 48.24 Å2 / Biso mean: 25.72 Å2 / Biso min: 4.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20.06 Å20 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.18 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.119 Å0.134 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→27.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1498 0 0 40 1538
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221534
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02991
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1041.922089
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81732429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7135178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.66325.69886
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.41115262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.329155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2234
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02298
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1221.5900
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3411.5357
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.06521476
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2533634
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1774.5613
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.848 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 64 -
Rwork0.223 1260 -
all-1324 -
obs--96.01 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.8344 Å / Origin y: 17.5676 Å / Origin z: -7.1722 Å
111213212223313233
T0.0197 Å2-0.013 Å20.0015 Å2-0.0245 Å2-0.0126 Å2--0.0529 Å2
L0.9316 °20.0123 °2-0.7714 °2-1.3807 °20.0869 °2--1.7464 °2
S-0.0388 Å °0.0201 Å °-0.0437 Å °0.1026 Å °0.0376 Å °-0.0241 Å °0.0539 Å °-0.0383 Å °0.0012 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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